Type
Stagiaire
Sujet
Développement d’une méthode bioinformatique pour l’identification du méthylome bactérien dans les données métagénomiques issues du séquençage Nanopore et analyse de ses liens avec l’abondance microbienne
Date de début
Date de fin
Encadrant(s)
Guillaume Gautreau
Equipe(s)
StatInfOmics
Ecole/université (pour les thèses et les stages)
Université Paris-Saclay
Niveau/diplôme (pour les stages)
Master bioinfo AMI2B
Description/résumé
Le stage vise à développer une méthode bioinformatique robuste permettant :
- L’identification des motifs de méthylation (6mA, 4mC, 5mC) dans des données métagénomiques ONT
- L’association entre les motifs détectés et les espèces
- l’étude des relations entre profils de méthylation et abondances microbiennes, afin d’explorer des corrélations entre variations épigénétiques et dynamiques de réplication et d’abondance.