Mathématiques et Informatique Appliquées
du Génome à l'Environnement

 

 

GET-A-PAN

Titre complet
Graph Expertise and Techniques For All PANgenomes
Description succinte

Le réseau GET-A-PAN a pour objectif de fédérer les chercheurs et ingénieurs INRAE directement impliqués dans les aspects méthodologiques des analyses pangénomiques.  Fort de nos compétences pour de nombreuses espèces d’intérêt, nous souhaitons créer une dynamique d'échanges et de projets partagés afin d'accélérer cette transition de la génomique vers la pangénomique au sein de notre institut. Un réseau structuré, pérenne et multidisciplinaire sollicitant toutes les compétences liées au modèle pangénome semble aujourd’hui nécessaire pour exploiter efficacement cette nouvelle structure de données et mener de front une recherche informatique et bioinformatique répondant aux défis imposés par le sujet de la pangénomique.

Nous établirons une assemblée annuelle abordant les développements en cours ou envisagés, et nous établirons des groupes de travail portés par les expertises des participants au réseau (ex : algorithmique et mise à l’échelle, visualisation, spécificités des génomes de plantes, annotations,  principes FAIR pour les données pangénomes...).  Une fois établi, nous souhaitons que ce réseau puisse accompagner et apporter son expertise à tout collègue souhaitant innover en abordant la transition pangénomique.

Thématique(s)
pangénomique
Type d'animation implication
Réseau
Implication scientifique
Participation
Membre(s) de l'unité impliqué.e.s
Guillaume Gautreau
Equipe(s)
StatInfOmics
Période
2025-2026