Les méthodes de séquençage métagénomique amplicon et métabolomique permettent de faire des études précises sur la composition en espèces et sur les métabolites produites dans différents milieux, dont les selles. Ces méthodes ont été utilisées pour la mise au point d’un processus standardisé et sécurisé de préparation de transplants pour Transfert de Microbiote Fécal (TMF), en collaboration entre les unités Micalis (équipe Fonctionalité de l'Ecosystème Intestinal)  et MaIAGE (équipes Bioinformatique et Statistique des données Omiques et Modélisation dynamique et statistique pour les écosystèmes, l'épidémiologie et l'argronomie). Le processus s’appuie sur des analyses de diversité et d’activité microbienne et des tests de viabilité en temps réel, aboutissant à des recommandations rigoureuses concernant la collecte, le délai de préparation du transplant, sa cryoconservation et sa revivification.

Contact : Catherine JUSTE, Christel BERA-MAILLET, Anne-Laure ABRAHAM, Micalis/MaIAGE, Centre INRAE Jouy en Josas catherine.juste@inrae.fr - anne-laure.abraham@inrae.fr