Thèses soutenues


HAGHEBAERT Marie
: Outils et méthodes pour la modélisation de la dynamique d’écosystèmes microbiens complexe à partir d’observations expérimentales temporelles : application à la dynamique du microbiote intestinal - ED574 EDMH - Soutenue le : - Directeur.trice : Béatrice Laroche - Equipe(s): Dynenvie

EPAIN Victor
: Développement de méthodes efficaces, précises et conviviales pour corriger, assembler et aligner des lectures issues des technologies de séquençage 3e génération. - ED601 MathSTIC - Soutenue le : - Directeur.trice : R. Andonov INRIA - J-F Gibrat INRAE - Encadrant(s) : D Lavenier (INRIA) - Equipe(s): StatInfOmics

FAURE LĂ©on
: Le métabolisme bactérien comme réseau de neurones artificiels, pour la détection multiplexe de biomarqueurs d’agents pathogènes - ED577 SDSV - Soutenue le : - Directeur.trice : Jean-Loup Faulon - Encadrant(s) : Wolfram Liebermeister - Equipe(s): BioSys

TANG Anfu
: Extraction of relational information from text in specific domain - adaptability and scalability - ED STIC - Soutenue le : - Directeur.trice : A. Denise - Encadrant(s) : C. Nédellec, L. Deléger, P. Zweigenbaum - Equipe(s): Bibliome

ZAHERDDINE Jana
: Modèles mathématiques de l’allocation dynamique des ressources dans une cellule de bactérie. - ED 386-SCIENCES MATHÉMATIQUES DE PARIS CENTRE - Soutenue le : - Directeur.trice : P. Robert (INRIA) et V. Fromion - Equipe(s): BioSys

BEREUX Stéphane
: Modéliser et prédire les modifications microbiennes associées à l’émergence de maladies - ED 574 EDMH - Soutenue le : - Directeur.trice : Mahendra Mariadassou - Encadrant(s) : Magali Berland, Sébastien Fromentin - Equipe(s): StatInfOmics

DE SOUSA VIOLANTE Madeleine
: Genomics of Salmonella sevovars Mbandaka, Typhimurium and its monophasic variant in milk and pork food sectors - ABIES - Soutenue le : - Directeur.trice : Michel-Yves Mistou - Encadrant(s) : Nicolas Radomski, Ludovic Mallet, Valérie Michel - Equipe(s): StatInfOmics

KOUYE Henri Mermoz
: Approches d’analyse de sensibilité de modèles stochastiques. Application aux modèles compartimentaux en épidémiologie - ED574 EDMH - Soutenue le : - Directeur.trice : Elisabeta Vergu - Encadrant(s) : Gildas Mazo, Elisabeta Vergu, Clémentine Prieur et Gael Thebaud - Equipe(s): Dynenvie

TANNEUR Irène
: Modélisation et mise en oeuvre d'un système d'évolution dirigée dans la bactérie Bacillus subtilisée - ED577 SDSV - Soutenue le : - Directeur.trice : P. Nicolas - Encadrant(s) : M. Jules (Micalis) - Equipe(s): StatInfOmics

GOUTORBE Benoit
: Développement et application d'une méthode précise et efficace pour l'analyse du microbiote humain à visée clinique - ED577 SDSV - Soutenue le : - Directeur.trice : Sophie Schbath - Encadrant(s) : P. Halfo (Alphabio), G. Bidaut (INSERM Marseille) - Equipe(s): StatInfOmics

NARCI Romain
: Modélisation et inférence par une approche couplant filtrage et algorithmes stochastiques pour des dynamiques épidémiques partiellement observées - ED574 EDMH - Soutenue le : - Directeur.trice : C. Laredo (MaIAGE) - Encadrant(s) : E. Vergu (MaIAGE), M.Delattre (AgroParisTech) - Equipe(s): Dynenvie

CRISTANCHO-FAJARDO Lina
: Modeling of epidemic spreading through animal trade networks accounting for farmers decision making : assessment of control strategies for enzootic diseases - ED581 ABIES - Soutenue le : - Directeur.trice : P. Ezanno (BioEpar, INRA Nantes), E. Vergu (MaIAGE) - Equipe(s): Dynenvie

BICHAT Antoine
: Prise en compte de l’organisation hiérarchique des espèces pour la découverte de signatures métagénomiques multi-échelles - ED574 EDMH - Soutenue le : - Directeur.trice : C. Ambroise (Univ. Very, LaMME) - Encadrant(s) : M. Mariadassou (MaIAGE), J. Plassais (Enterome) - Equipe(s): StatInfOmics

MOULIN CĂ©cile
: Analyse des voies métaboliques au cours du cycle cellulaire: application au métabolisme du cancer - ED580 STIC - Soutenue le : - Directeur.trice : S. Péres (UPSaclay, LRI) - Encadrant(s) : L. Tournier (MaIAGE) - Equipe(s): BioSys

LAO Julie
: Création d'un outil de recherche et d'analyse des éléments mobiles conjugatifs dans les génomes de Firmicutes - ED607 SIRENA - Soutenue le : - Directeur.trice : N. Leblond-Bourget (INRA, DynAMic), H. Chiapello (MaIAGE) - Equipe(s): StatInfOmics

DARRIGADE LĂ©o
: Modélisation du dialogue hôte-microbiote au voisinage de l’épithélium de l’intestin distal - ED574 EDMH - Soutenue le : - Directeur.trice : B. Laroche (MaIAGE) - Encadrant(s) : B. Laroche (MaIAGE), S. Labarthe (MaIAGE), C. Cherbuy (MICALIS), M. Thomas (MICALIS) - Equipe(s): Dynenvie

DIOP Ousmane
: Analyse mathématique de la dynamique de réseaux de régulation biologique - ED580 STIC - Soutenue le : - Directeur.trice : V. Fromion (MaIAGE) - Encadrant(s) : L. Tournier (MaIAGE) - Equipe(s): BioSys

LU Yunjiao
: Dynamiques intracellulaires et imagerie de super-résolution : la paroi bactérienne sondée à l'échelle moléculaire - ED601 MathSTIC - Soutenue le : - Directeur.trice : C. Kervrann (INRIA, Rennes) - Encadrant(s) : A. Trubuil (MaIAGE), R. Carballido-Lopez (INRA, Micalis) - Equipe(s): BioSys

OODALLY Ajmal
: Estimation dans les modèles de fragilité à corrélations spatiales à partir d'une vraisemblance partielle pour analyser la propagation de la malaria en Ethiopie - ED574 EDMH - Soutenue le : - Directeur.trice : E. Kuhn (MaIAGE) - Encadrant(s) : L. Duchateau (Univ. Ghent, Belgique) - Equipe(s): Dynenvie

KAMARI Halaleh
: Qualité prédictive des méta-modèles construits sur des espaces de Hilbert à noyau auto-reproduisant et analyse de sensibilité des modèles complexes. - ED574 EDMH - Soutenue le : - Directeur.trice : M.-L. Taupin (Univ. Very, LaMME) - Encadrant(s) : S. Huet (MaIAGE) - Equipe(s): Dynenvie

BASSIGNANI Ariane
: Intégration et analyse de données de métaprotéomique quantitative en shotgun pour explorer les fonctionnalités du microbiote intestinal humain dans le cadre des maladies cardiométaboliques - ED394 Physiologie Physiopathologie et Thérapeutique - Soutenue le : - Directeur.trice : C. Juste (INRA-Micalis) - Encadrant(s) : S. Plancade (MaIAGE), M. Berland (INRA-MGP) - Equipe(s): StatInfOmics

VILA NOVA Meryl
: Détection et identification des mutations et des voies métaboliques associées à l’adaptation à l’hôte dans le pangénome de Salmonella - ED581 ABIES - Soutenue le : - Directeur.trice : M.-Y. Mistou (ANSES) - Encadrant(s) : N. Radomski (Anses), M. Mariadassou (MaIAGE) - Equipe(s): StatInfOmics

GARNAULT Maxime
: Composantes du risque de résistance aux fongicides anti-septoriose chez Zymoseptoria tritici et identification de stratégies anti-résistance durables - ED581 ABIES - Soutenue le : - Directeur.trice : C. Lannou (INRA, BioGer) - Encadrant(s) : O. David (MaIAGE), Anne-Sophie Walker (INRA Bioger), F. Carpentier (INRA, Bioger) - Equipe(s): Dynenvie

ZAAROUR Marwa
: Analysis and rerouting of cellular resources for improvement of heterologous protein production in Bacillus subtilis - ED577 SDSV - Soutenue le : - Directeur.trice : V. Sauveplane (INRA, MICALIS) - Encadrant(s) : V. Fromion (MaIAGE), A. Goelzer (MaIAGE), M. Jules (INRA, MICALIS) - Equipe(s): BioSys

MONTAGNON Pierre
: Dynamiques de populations et propagation d'épidémies sur des graphes dynamiques - ED574 EDMH - Soutenue le : - Directeur.trice : V. Bansaye (Ecole Polytechnique, CMAP), E. Vergu (INRA, MaIAGE) - Equipe(s): Dynenvie

SULTAN Ibrahim
: Statistical modeling of bacterial promoter sequences for regulatory motif discovery - ED577 SDSV - Soutenue le : - Directeur.trice : S. Schbath (MaIAGE, INRA Jouy en Josas) - Encadrant(s) : P. Nicolas (MaIAGE, INRA Jouy en Josas) - Equipe(s): StatInfOmics

FERRE Arnaud
: Acquisition automatique de connaissances à partir d’articles scientifiques pour la modélisation du développement de la graine chez Arabidopsis thaliana - ED580 STIC - Soutenue le : - Directeur.trice : C. Nédellec (MaIAGE), P. Zweigenbaum (CNRS, LIMSI) - Equipe(s): Bibliome

JEANNE Guillaume
: Optimisation de la conception de bioprocédés : vers une approche intégrée biologie de synthèse et conduite du procédé - ED580 STIC - Soutenue le : - Directeur.trice : V. Fromion (MaIAGE) - Encadrant(s) : A. Goelzer (MaIAGE) - Equipe(s): BioSys

BAUDIER Claire
: Décoder les mécanismes moléculaires sous-jacents à l'allocation dynamique des ressources chez la bactérie par une approche couplant modélisation et expérimentation - ED577 SDSV - Soutenue le : - Directeur.trice : V. Fromion (MaIAGE) - Encadrant(s) : P. Robert (INRIA) - Equipe(s): BioSys

COLAS Floriane
: Développement d'un modèle d'aide à la décision pour la gestion intégrée de la flore adventice. Méta-modélisation et analyse de sensibilité d'un modèle mécaniste complexe (FLORSYS) des effets des systèmes de culture sur la dynamique de la flore adventice - - Soutenue le : - Directeur.trice : Colbach (INRA, Dijon) - Encadrant(s) : J.-P. Gauchi (MaIAGE), Villerd (INRA, Nancy) - Equipe(s): Dynenvie

DESLANDES François
: Modélisation de la biogénèse des oléosomes chez Arabidopsis thaliana - ED581 ABIES - Soutenue le : - Directeur.trice : B. Laroche (MaIAGE) - Encadrant(s) : A. Trubuil (MaIAGE), R. Carballido-Lopez (INRA, Micalis) - Equipe(s): BioSys, Dynenvie

BASTIDE Paul
: Processus stochastiques avec sauts sur arbres : application à l'évolution adaptative sur des phylogénies - ED574 EDMH - Soutenue le : - Directeur.trice : S. Robin (INRA, MIA-PAris) - Encadrant(s) : M. Mariadassou (MaIAGE) - Equipe(s): StatInfOmics

GIGUELAY Jade
: Estimation d'une densité discrète sous contrainte de k-monotonie. Application à l'estimation du nombre d'espèces dans une population - ED574 EDMH - Soutenue le : - Directeur.trice : C. Giraud (LMO) - Encadrant(s) : S. Huet (MaIAGE) - Equipe(s): StatInfOmics

LAIB Khaled
: Analyse hiérarchisée de la robustesse des systèmes incertains de grande dimension - ED160 EEA - Soutenue le : - Directeur.trice : G. Scorletti (Ecole Centrale Lyon) - Encadrant(s) : A. Korniienko (ECL), F. Morel (ECL), M. Dinh (MaIAGE) - Equipe(s): BioSys

LARUELLE Elise
: Vers une modélisation des grands plans d’organisation de l’embryon d'Arabidopsis thaliana - ED567 SDV - Soutenue le : - Directeur.trice : J-C Palauqui, (INRA Versailles) - Encadrant(s) : A. Trubuil (MaIAGE), R. Carballido-Lopez (INRA, Micalis) - Equipe(s): BioSys

AUBERT Julie
: Analyse statistique de données biologiques à haut débit - ED574 EDMH - Soutenue le : - Directeur.trice : S. Schbath (MaIAGE) - Encadrant(s) : S. Robin (INRA, MIA-Paris) - Equipe(s): StatInfOmics

VALSAMOU Dialekti
: Extraction d'information à partir d'articles scientifiques appliquée à la prédiction de régulations biologiques impliquées dans le développement de la graine chez A. Thaliana - ED580 STIC - Soutenue le : - Directeur.trice : C. Nédellec (MaIAGE) - Equipe(s): Bibliome

DESSALLES Renaud
: Stochastic models for protein production: the impact of autoregulation, cell cycle and protein production interactions on gene expression - ED574 EDMH - Soutenue le : - Directeur.trice : V. Fromion (MaIAGE) et P. Robert (RAP, INRIA Rocquencourt) - Equipe(s): BioSys