FAURE Léon

Les microorganismes sont capables de détecter de nombreux signaux environnementaux simultanément, de les transmettre et de les traiter au travers de circuits complexes pour au final prendre des décisions, modifiant leurs phénotypes. L’objet de cette thèse est d’exploiter et de modifier les circuits décisionnels des microorganismes pour le développement d’outils diagnostics permettant la détection multiplexe de biomarqueurs d’agents pathogènes.

HAGHEBAERT Marie

Les microbiotes sont les communautés de microorganismes formées par des bactéries, phages, virus, archées, champignons associées à un hôte vivant, végétal, animal ou humain. Les microbiotes et leur hôte établissent un dialogue permanent qui joue un rôle crucial dans la physiologie et la santé de celui- ci.

TANG Anfu

This thesis addresses the extraction of relational information from scientific documents in Life Sciences, i.e. transforming unstructured text into machine-readable structured information. The extraction of semantic relationships between entities detected in text makes explicit and formalizes the underlying structures. Current state-of-the art methods rely on supervised machine learning. Supervised learning, and even more so recent deep learning methods, require many training examples that are costly to produce, all the more in specific domains such as Life Sciences.

EPAIN Victor

Le développement d’algorithmes efficaces et parcimonieux en matière de ressources informatiques et leur implémentation sous forme de logiciels faciles à utiliser ont un très fort impact sur la communauté des sciences de la vie. Ces logiciels sont largement utilisés par de très nombreuses équipes de par le monde.

ZAHERDDINE Jana

Dans l’ensemble des mécanismes de la bactérie pour adapter sa configuration aux ressources, nous souhaitons étudier en détail le rôle de la protéine appelée RelA. Cette protéine est associée à la traduction de la bactérie  (production des protéines) qui mobilise pour cela une si ce n’est la plus grande partie des ressources disponibles.

ZAAROUR Marwa

Recombinant protein production in microorganisms is of great interest for the production of biopharmaceuticals, therapeutics and industrial enzymes. However, recombinant protein production has always shown a harmful effect on the microorganism cell physiology when excessively produced. Cell resources (i.e. metabolites, energy, molecular machinery, cytosolic space, etc.) are used to produce the host's proteins and the overproduced gratuitous protein. As a result, this unnatural extra load typically leads to slower growth and lower protein yields, a phenomenon known as ʻburdenʼ.

SULTAN Ibrahim

Transcription factors play a key role in mediating the adaptation of bacteria to environmental conditions. Powerful algorithms and approaches have been developed for the discovery of their binding sites but automatic de novo identification of the main regulons of a bacterium from genome and transcriptome data remains a challenge. The approach that we propose here to address this task is based on a probabilistic model of the DNA sequence that can make use of precise information on the position of the transcription start sites and of condition-dependent transcription profiles.