Le projet Fugace a pour objectif d’identifier des flux de gènes de résistance aux antibiotiques dans des microbiotes de caeca de poulets d’élevage dans une ferme expérimentale. Dans le cadre de ce projet, les caeca des poulets ont été séquencés par séquençage métagénomique.

Conception d’un workflow bioinformatique permettant la caractérisation fine de la qualité des assemblages et de la diversité génomique des 250 souches de lactobacilles et une comparaison des propriétés fonctionnelles d’intérêt biotechnologique des souches à partir d'une analyse du pan-génome