Contrats et projets achevés



ACToP
- ANR- ANR blanche
Défi et/ou Axe : DEFI 1 – G ESTION SOBRE DES RESSOURCES ET ADAPTATION AU CHANGEMENT CLIMATIQUE Axe : Axe 1 : Comprendre et prévoir les évolutions de notre environnement
(2015-2019)
Titre : Adaptation of a bacterial multispecies biofilm community to perturbations: a pluridisciplinary approach
Coordinateur : Nelly Henry (Laboratoire Jean Perrin, CNRS UMR 8237)
Partenaires : Laboratoire Jean Perrin (CNRS UMR 8237), Institut MICALIS (INRA UMR1319)
Participants MaIAGE : P. Nicolas, C. Guérin, P. Hoscheit, C. Larédo, G. André-Leroux, H. Chiapello, V. Fromion, A. Goelzer - Equipe(s) : StatInfOmics

Alter-Ome
- INRAE- Appel à projet MICA 2019- (2019-2020)
Titre : Comprendre et maîtriser l'altération (microbiologique) des fromages par l'intégration de données multi-omiques.
Coordinateur : S. Helinck (GMPA Grignon)
Partenaires : GMPA
Participants MaIAGE : B. Laroche - Equipe(s) : Dynenvie

AMAIZING
- ANR- Investissement d'avenir - Initiatives d'Excellence "Biotechnologies et Bioressources" (2011-2019)
Titre : Développer de nouvelles variétés de maïs pour une agriculture durable: une approche intégrée de la génomique à la sélection
Coordinateur : A. Charcosset (INRA, Le Moulon)
Partenaires : UMR GV du Moulon, LEPSE Montpellier, UMR MIA Paris, ...
Participants MaIAGE : H. Monod, E. Kuhn - Equipe(s) : Dynenvie

API-SMAL
- Labex- BASC- (2017-2020)
Titre : Agroecology and policy instruments for sustainable multifunctional agricultural landscapes
Coordinateur : V.Martinet (INRA, Economie Publique)
Participants MaIAGE : S.Labarthe, K.Admaczyk, H. Monod - Equipe(s) : Dynenvie

Articulate
- France-Berkeley Fund- (2019-2020)
Titre : Experimental and mathematical models articulation: a bifocal lens to study the ecology of the colonic microbiota
Coordinateur : A.Bäumler (UC Davis) and S.Labarthe (MaIAGE)
Partenaires : UC Davis (Davis, USA)
Participants MaIAGE : B.Laroche, L.Darrigade, S. Labarthe - Equipe(s) : Dynenvie

Cecotype
- INRAE Métaprogramme- GISA- (2018-2019)
Titre : Intensive genomic and phenotypic characterization of Enterococcus cecorum isolates
Coordinateur : P. Serror (INRA, Micalis)
Partenaires : INRA Micalis, INRA ISP, INRA URA
Participants MaIAGE : V. Loux, A.-L. Abraham - Equipe(s) : Migale / StatInfOmics

COSAC
- ANR- productions durables (2014-2019)
Titre : Évaluation et Conception de Stratégies durables de gestion des Adventices dans un contexte de Changement
Coordinateur : Nathalie Colbach (INRA / EA - Dijon)
Partenaires : INRA 1347 Agroécologie (Dijon), INRA 1240 ECO-INNOV (Versailles), INRA 1132 LAE (Colmar), INRA 1115 PSH (Avignon), ACTA, ARVALIS, CETIOM, INVIVO AGROSOLUTIONS,
Participants MaIAGE : JP Gauchi - Equipe(s) : Dynenvie

Dallish
- ANR- ANR blanche-
Défi et/ou Axe : éfi : Société de l'information et de la communication Axe : Données, Connaissances , Données massives
(2016-2019)
Titre : Data Assimilation and Lattice Light Sheet Imaging for endocytosis/exocytosis pathway modeling in the whole cell
Coordinateur : C. Kervrann (INRIA Rennes)
Partenaires : INRIA-SERPICO, Institut Curie
Participants MaIAGE : A. Trubuil, S. Laparthe, B. Laroche - Equipe(s) : BioSys / Dynenvie

Domestichick
- ANR- ANR blanche (2013-2016)
Titre : Génétique des populations de poules sauvages et domestiques.
Coordinateur : M. Tixier-Boichard (GA)
Participants MaIAGE : F. Rodolphe, M. Mariadassou - Equipe(s) : StatInfOmics

ENovFood
- INRAE Métaprogramme- Metaprogramme MEM- (2018-2020)
Titre : Linking a phenotypic and a network food microbe data bases: an application for food microbial ecology and food innovation
Coordinateur : H. Falentin
Partenaires : STLO, SPO, GQE
Participants MaIAGE : V. Loux, M. Ba, S. Dérozier, C. Nédellec, L. Deléger, R. Bossy - Equipe(s) : Bibliome / Migale / StatInfOmics

France Génomique
- ANR- Investissement d'avenir (2013-2019)
Titre : France Génomique
Coordinateur : P. Le Ber
Partenaires : La majorité des plateformes de séquençage et de bioinformatiques en France
Participants MaIAGE : V. Loux, V. Martin, J.-F. Gibrat, S. Schbath, V. Martin - Equipe(s) : Migale

GFLS
- IFB- (2016-2019)
Titre : Galaxy For Life Science
Coordinateur : O. Inizan (MaIAGE)
Partenaires : URGI, CATI Bios4Biol, Cirad, IRD, GABI
Participants MaIAGE : Olivier Inizan Valentin Marcon - Equipe(s) : Migale

GRAAL
- ANR- ANR blanche- (2014-2019)
Titre : GRaphes et Arbres ALéatoires
Coordinateur : Thomas Duquesne (LPMA)
Partenaires : IECL (Université de Lorraine Institut Elie Cartan de Lorraine), LaBRI (Université de Bordeaux)
Participants MaIAGE : P. Hoscheit - Equipe(s) : Dynenvie

GutMicrobiotaSpodo
- INRAE Métaprogramme- MEM- (2017-2019)
Titre : Description of the Gut Microbiota of a Lepidoptera pest, Spodoptera exigua
Coordinateur : S. Gaudriault
Partenaires : INRA DGIMI (team BIBINE), INRA DGIMI (team DIDI), INRA MICALIS (team GME), INRA MICALIS (team B2L/DivY), CNRS IRBI
Participants MaIAGE : V. Loux, O. Rué - Equipe(s) : Migale

ICycle
- ANR- ANR blanche-
Défi et/ou Axe : Défi 7: Société de l'information et de la communication. Axe : Axe 2: Théorie du contrôle
(2017-01/2020)
Titre : Interconnexion et contrôle de deux oscillateurs biologiques dans des cellules mammaliennes / Interconnection and feedback control of two cyclic modules in mammalian cells
Coordinateur : M. Chaves (Inria, Sophia-Antipolis)
Partenaires : Inria (Sophia-Antipolis), IBV (Institut de Biologie de Valrose, Nice)
Participants MaIAGE : L. Tournier, V. Fromion, A. Goelzer - Equipe(s) : BioSys

IRONMANOMICS
- INRAE Métaprogramme- MEM- (2018-2020)
Titre : Exploring omics data for evaluating microbial interactions for iron
Coordinateur : MC Champomier-Verges (Micalis, Jouy)
Partenaires : MICALIS, MGP, MaIAGE, UMRF (Aurillac), ETH Zurich
Participants MaIAGE : S Labarthe, B Laroche, V Loux - Equipe(s) : Dynenvie / Migale

ITEMAIZE
- Labex BASC (2016-2019)
Titre : Integrative Approaches to Investigate Maize Floral Transition Network and its Evolution
Coordinateur : C. DIllmann (INRA, GQE Le Moulon)
Partenaires : INRA GQE Le Moulon, IJPB, LEGS
Participants MaIAGE : E. Chaix, S. Huet, E. Kuhn (resp. MaIAGE), B. Laroche, C. Nédellec, O. David, S. Plancade, M.L. Taupin - Equipe(s) : Bibliome / Dynenvie

KINETICS
- INRAE Métaprogramme- MEM- (2018-2020)
Titre : Network and modelling analyses to describe the dynamics of the Ixodes ricinus microbiome and its influence in pathogen dynamics
Coordinateur : T Pollet (INRA UMR BIPAR, Maisons Alfort)
Partenaires : BIPAR (Maisons Alfort), EPIA (Theix), MIA Paris
Participants MaIAGE : B Laroche, S Labarthe - Equipe(s) : Dynenvie

List_MAPS
- H2020- ITN (10/2015-12/2019)
Titre : Training and research in Listeria monocytogenes Adaptation through Proteomic and Transcriptome deep Sequencing Analysis
Coordinateur : P. Piveteau (Univ. Bourgogne, Dijon)
Partenaires : Univ. Bourgogne (Dijon), Univ. College Cork (Ireland), KOBENHAVNS Univ., NATIONAL UNIVERSITY OF IRELAND, Wageningen Univ (Netherland), SYDDANSK UNIV, ...
Participants MaIAGE : P. Nicolas, V. Fromion, S. Schbath - Equipe(s) : BioSys / StatInfOmics

OpenMinTeD
- H2020- E-INFRA- (06/2015-05/2018)
Titre : Open Mining INfrastructure for TExt and Data
Coordinateur : Natalia Manola (ATHENA RESEARCH AND INNOVATION CENTER IN INFORMATION COMMUNICATION & KNOWLEDGE)
Partenaires : ARC, UNIVERSITY OF MANCHESTER, UKP-TUDA, INRA, EMBL, Agro-Know I.K.E, LIBER, UNIVERSITEIT VAN AMSTERDAM, Open University, EPFL, CNIO, USFD, GESIS, GRNET, Frontiers
Participants MaIAGE : C. Nédellec, R. Bossy, L. Deléger - Equipe(s) : Bibliome

PathoBactEvol
- ANR (2013-2016)
Titre : Adaptation des bactéries pathogènes à des conditions particulières
Coordinateur : V. Sanchis (INRA - MICA)
Participants MaIAGE : F. Rodolphe, P. Nicolas, M. Maridassou - Equipe(s) : StatInfOmics

PREDICATT
- INRAE Métaprogramme- MP GISA (2016-2017)
Titre : Analysis and prediction of cattle trade in France through a modelling approach
Coordinateur : E. Vergu (INRAE)
Partenaires : UMR BIOEPAR Oniris-INRAE Nantes, Laboratoire de Santé Animale ANSES Maisons Alfort
Participants MaIAGE : C. Bidot, G. Beaunée, P. Hoscheit, C. Larédo, E. Vergu - Equipe(s) : Dynenvie

PREDIGE
- INRAE Métaprogramme- SELGEN (2018-2019)
Titre : Prédiction des Interactions Génotype x Environnement
Coordinateur : R. Rincent (INRA Génétique, Diversité et Ecophysiologie des Céréales, Clermont-Ferrand)
Partenaires : INRA Génétique, Diversité et Ecophysiologie des Céréales, Clermont-Ferrand
Participants MaIAGE : E. Kuhn, M. Delattre - Equipe(s) : Dynenvie

ProtéoCArdis
- ANR- ANR blanche-
Défi et/ou Axe : Vie Santé Bien-être
(2015-2019)
Titre : FONCTIONALITES DU MICROBIOTE INTESTINAL ET MALADIE CARDIOMETABOLIQUE: APPROCHE PROTEOMIQUE
Coordinateur : C. Juste (INRA, Jouy-en-Josas), C. Carapito (CNRS, Strasbourg)
Partenaires : MICALIS-PAPPSO (Jouy-en-Josas), LSBMO (Strasbourg), MetaGenoPolis-IBS (Jouy-en-Josas), ICAN (Paris),
Participants MaIAGE : O. David, A.-L. Abraham, S. Plancade, S. Huet - Equipe(s) : Dynenvie / StatInfOmics

REDLOSSES
- ANR- ANR blanche-
Défi et/ou Axe : Sécurité alimentaire et défi démographique
(2016-2020)
Titre : Réduction des pertes alimentaires par la prédiction des altérations microbiologiques
Coordinateur : Monique Zagorec (INRA-SECALIM)
Partenaires : INRA-SECALIM, IFIP, INRA-MICALIS, Lubem, AERIAL, ITAVI, Cooperl Innovation, LDC, ULg-DDA
Participants MaIAGE : V. Loux, O. Rué - Equipe(s) : Migale

REMOVE
- INRAE- Département MICA- (2018-2020)
Titre : Improving the colonization REsistance of the gut MicrobiOta against Vancomycin-resistant Enterococci
Coordinateur : L Rigottier (Micalis, Jouy)
Partenaires : MICALIS (Jouy); IBPC (Paris), IBMC (Strasbourg), CBM (Orléans).
Participants MaIAGE : B Laroche, S Labarthe - Equipe(s) : Dynenvie

SANT'Innov
- INRAE- PSDR GO- (11/2015-11/2019)
Titre : Innover dans les filières de produits animaux pour concilier écologisation et compétitivité : perspective santé animale
Coordinateur : F. Beaugrand (UMR BioEpAr, INRA-Oniris Nantes)
Partenaires : INRA-Oniris UMR 1300 BioEpAR Nantes; 8 autres partenaires
Participants MaIAGE : E. Vergu - Equipe(s) : Dynenvie

TANGO
- CNIEL- (2018-2020)
Titre : Impact du procédé technologique sur l’expression des potentiels bactériens en fermentation laitière : exemple du fromage.
Coordinateur : H. Falentin (STLO, Rennes)
Partenaires : STLO (Rennes)
Participants MaIAGE : S. Labarthe, B. Laroche - Equipe(s) : Dynenvie