Contrats et projets achevés



ABIM
- ANR- Jeunes chercheurs et jeunes chercheuses (2017-2021)
Titre : Approximations and Behavior of stochastic Individual-based Models
Coordinateur : V. Bansaye (CMAP, Ecole Polytechnique)
Partenaires : Ecole Polytechnique (CMAP, CPHT); Univ. Lille; IRMES
Participants MaIAGE : E. Vergu - Equipe(s) : Dynenvie

ACToP
- ANR- ANR blanche
Défi et/ou Axe : DEFI 1 – G ESTION SOBRE DES RESSOURCES ET ADAPTATION AU CHANGEMENT CLIMATIQUE Axe : Axe 1 : Comprendre et prévoir les évolutions de notre environnement
(2015-2019)
Titre : Adaptation of a bacterial multispecies biofilm community to perturbations: a pluridisciplinary approach
Coordinateur : Nelly Henry (Laboratoire Jean Perrin, CNRS UMR 8237)
Partenaires : Laboratoire Jean Perrin (CNRS UMR 8237), Institut MICALIS (INRA UMR1319)
Participants MaIAGE : P. Nicolas, C. Guérin, P. Hoscheit, C. Larédo, G. André-Leroux, H. Chiapello, V. Fromion, A. Goelzer - Equipe(s) : StatInfOmics

Alter-Ome
- INRAE- Appel à projet MICA 2019- (2019-2020)
Titre : Comprendre et maîtriser l'altération (microbiologique) des fromages par l'intégration de données multi-omiques.
Coordinateur : S. Helinck (GMPA Grignon)
Partenaires : GMPA
Participants MaIAGE : B. Laroche - Equipe(s) : Dynenvie

AMAIZING
- ANR- Investissement d'avenir - Initiatives d'Excellence "Biotechnologies et Bioressources" (2011-2019)
Titre : Développer de nouvelles variétés de maïs pour une agriculture durable: une approche intégrée de la génomique à la sélection
Coordinateur : A. Charcosset (INRA, Le Moulon)
Partenaires : UMR GV du Moulon, LEPSE Montpellier, UMR MIA Paris, ...
Participants MaIAGE : H. Monod, E. Kuhn - Equipe(s) : Dynenvie

API-SMAL
- Labex- BASC- (2017-2020)
Titre : Agroecology and policy instruments for sustainable multifunctional agricultural landscapes
Coordinateur : V.Martinet (INRA, Economie Publique)
Participants MaIAGE : S.Labarthe, K.Admaczyk, H. Monod - Equipe(s) : Dynenvie

Articulate
- France-Berkeley Fund- (2019-2020)
Titre : Experimental and mathematical models articulation: a bifocal lens to study the ecology of the colonic microbiota
Coordinateur : A.Bäumler (UC Davis) and S.Labarthe (MaIAGE)
Partenaires : UC Davis (Davis, USA)
Participants MaIAGE : B.Laroche, L.Darrigade, S. Labarthe - Equipe(s) : Dynenvie

BioBrickEvolver
- ANR- AAPG2018 - PRC
Défi et/ou Axe : Vie, Santé et Bien-être / CES - Bioéconomie : technologies (chimie, biotechnologie, procédés) spécifiques et approches système
(01/2019-12/2022)
Titre : Développement d'un système pour la production de biobriques par évolution dirigée dans la bactérie Bacillus subtilis.
Coordinateur : P. Nicolas (INRA, MaIAGE)
Partenaires : INRA MaIAGE, CNRS I2BC (Equipe P. Tavares), INRA MICALIS (Equipe M. Jules), CEA Cadarache (Eq. C. Berthomieu), TWB (O. Galy)))
Participants MaIAGE : P. Nicolas, C. Guérin, P. Hoscheit, C. Larédo, G. André-Leroux, H. Chiapello, V. Fromion, A. Goelzer - Equipe(s) : BioSys / Dynenvie / StatInfOmics

CADENCE
- ANR- ANR blanche-
Défi et/ou Axe : Défi 5 "Sécurité alimentaire et défi démographique"
(2017-2021)
Titre : Propagation de processus épidémiques sur des réseaux dynamiques de mouvements d’animaux avec application aux bovins en France / Spread of epidemic processes on dynamical networks of animal movements with application to cattle in France
Coordinateur : E. Vergu (MaIAGE)
Partenaires : INRA-Oniris BioEpAR Nantes; ANSES LSAn Maisons Alforts; École Polytechnique CMAP Palaiseau
Participants MaIAGE : G. Beaunée, C. Bidot, P. Hoscheit, E. Kuhn, S. Labarthe, C. Larédo, B. Laroche, M. Olteanu - Equipe(s) : Dynenvie

CARE
- H2020- European Joint project One Health- (2020-2022)
Titre : Cross-sectoral framework for quality Assurance Resources for countries in the European Union
Coordinateur : Rene Hendriksen
Partenaires : DTU (Copenhage), Institut Pasteur (Pasteur), ANSES (Maisons-Alfort), PIWET (Varsaw),
Participants MaIAGE : Michel-Yves Mistou, Forum Shah - Equipe(s) : Migale / StatInfOmics

cAVIAR
- Appel à projets 2018 du plan Ecoantibio 2- (2019-2022)
Titre : cAVIAR : Enterococcus cecorum : Analyse de la VIrulence et de l’AntibioRésistance
Coordinateur : I. Kempf (Anses, Ploufragan)
Partenaires : Unité Mycoplasmologie Bactériologie et Antibiorésistance (Ploufragan), Micalis (Jouy en Josas)
Participants MaIAGE : V. Loux - Equipe(s) : Migale

Cecotype
- INRAE Métaprogramme- GISA- (2018-2019)
Titre : Intensive genomic and phenotypic characterization of Enterococcus cecorum isolates
Coordinateur : P. Serror (INRA, Micalis)
Partenaires : INRA Micalis, INRA ISP, INRA URA
Participants MaIAGE : V. Loux, A.-L. Abraham - Equipe(s) : Migale / StatInfOmics

COOPERATE
- UPSACLAY : POC IN LABS- (2020-2021)
Titre : Bactéries COmmensales en mélange pour améliorer la résistance à la cOlonisation du
microbiote intestinal afin de Prévenir ou limiter la prolifération et la persistance des Entérocoques dont
ceux Résistants à la vancomycine après dysbiose AnTibiotiquE

Coordinateur : L. Rigottier-Gois (MICALIS, INRAE, Jouy)
Partenaires : MICALIS
Participants MaIAGE : B. Laroche, V. Loux, O. Rué - Equipe(s) : Dynenvie / Migale

COSAC
- ANR- productions durables (2014-2019)
Titre : Évaluation et Conception de Stratégies durables de gestion des Adventices dans un contexte de Changement
Coordinateur : Nathalie Colbach (INRA / EA - Dijon)
Partenaires : INRA 1347 Agroécologie (Dijon), INRA 1240 ECO-INNOV (Versailles), INRA 1132 LAE (Colmar), INRA 1115 PSH (Avignon), ACTA, ARVALIS, CETIOM, INVIVO AGROSOLUTIONS,
Participants MaIAGE : JP Gauchi - Equipe(s) : Dynenvie

Dallish
- ANR- ANR blanche-
Défi et/ou Axe : éfi : Société de l'information et de la communication Axe : Données, Connaissances , Données massives
(2016-2019)
Titre : Data Assimilation and Lattice Light Sheet Imaging for endocytosis/exocytosis pathway modeling in the whole cell
Coordinateur : C. Kervrann (INRIA Rennes)
Partenaires : INRIA-SERPICO, Institut Curie
Participants MaIAGE : A. Trubuil, S. Laparthe, B. Laroche - Equipe(s) : BioSys / Dynenvie

Domestichick
- ANR- ANR blanche (2013-2016)
Titre : Génétique des populations de poules sauvages et domestiques.
Coordinateur : M. Tixier-Boichard (GA)
Participants MaIAGE : F. Rodolphe, M. Mariadassou - Equipe(s) : StatInfOmics

ECONET
- ANR- ANR blanche
Défi et/ou Axe : Sober management of resources and adaptation to climatic changes: towards an under- standing of global changes Axe : Fundamental knowledge on natural environments and biodiversity
(2018-2022)
Titre : Advanced statistical modelling of ecological networks
Coordinateur : C. Matias (CNRS - UPMC, LPSM)
Partenaires : LPSM (UPMC), MIA-Paris (INRA), LBBE (Univ. Lyon), ISEM (Univ. Montpellier), IEES (MNHN), EEP (Univ. Lille)
Participants MaIAGE : M. Mariadassou - Equipe(s) : StatInfOmics

ECOS-SUD Mfd-Profiling
- ECOS-Sud (2020-2022)
Titre : In vitro/in silico/in cristallo Potentiation of the Inhibition of Mfd in presence of its Cognate Partner UvrA
Coordinateur : G. André-Leroux (MaIAGE)
Partenaires : IBR CONICET (Argentine), Micalis (Jouy)
Participants MaIAGE : M. Mariadassou - Equipe(s) : StatInfOmics

ENovFood
- INRAE Métaprogramme- Metaprogramme MEM- (2018-2020)
Titre : Linking a phenotypic and a network food microbe data bases: an application for food microbial ecology and food innovation
Coordinateur : H. Falentin
Partenaires : STLO, SPO, GQE
Participants MaIAGE : V. Loux, M. Ba, S. Dérozier, C. Nédellec, L. Deléger, R. Bossy - Equipe(s) : Bibliome / Migale / StatInfOmics

ESPACE
- INRAE Métaprogramme- SMaCH- (2018-2022)
Titre : Estimer les effets des variables paysagères sur les bioagresseurs et auxiliaires des cultures
Coordinateur : Florence Carpentier (Bioger, SPE), Olivier Martin (BioSP,MIA)
Partenaires : BioSP (MIA, Avignon), Bioger (Grignon), PSH (SPE, Avignon), UMR Agroécologie (Dijon), IGEPP (Rennes)
Participants MaIAGE : Katarzyna Adamczyk - Equipe(s) : Dynenvie

FlavoPatho
- ANR- Jeunes chercheurs, jeunes chercheuses
Défi et/ou Axe : Défi : 5 - "Sécurité alimentaire et défi démographique"
(2018-2022)
Titre : Investigation of salmonid fish infection by Flavobacterium psychrophilum: from genes to the ecology of the disease.
Coordinateur : T. Rochat (INRA VIM)
Partenaires : INRA VIM (Jouy-en-Josas)
Participants MaIAGE : C. Guérin, P. Nicolas - - Equipe(s) : StatInfOmics

France Génomique
- ANR- Investissement d'avenir (2013-2019)
Titre : France Génomique
Coordinateur : P. Le Ber
Partenaires : La majorité des plateformes de séquençage et de bioinformatiques en France
Participants MaIAGE : V. Loux, V. Martin, J.-F. Gibrat, S. Schbath, V. Martin - Equipe(s) : Migale

GFLS
- IFB- (2016-2019)
Titre : Galaxy For Life Science
Coordinateur : O. Inizan (MaIAGE)
Partenaires : URGI, CATI Bios4Biol, Cirad, IRD, GABI
Participants MaIAGE : Olivier Inizan Valentin Marcon - Equipe(s) : Migale

GRAAL
- ANR- ANR blanche- (2014-2019)
Titre : GRaphes et Arbres ALéatoires
Coordinateur : Thomas Duquesne (LPMA)
Partenaires : IECL (Université de Lorraine Institut Elie Cartan de Lorraine), LaBRI (Université de Bordeaux)
Participants MaIAGE : P. Hoscheit - Equipe(s) : Dynenvie

GutMicrobiotaSpodo
- INRAE Métaprogramme- MEM- (2017-2019)
Titre : Description of the Gut Microbiota of a Lepidoptera pest, Spodoptera exigua
Coordinateur : S. Gaudriault
Partenaires : INRA DGIMI (team BIBINE), INRA DGIMI (team DIDI), INRA MICALIS (team GME), INRA MICALIS (team B2L/DivY), CNRS IRBI
Participants MaIAGE : V. Loux, O. Rué - Equipe(s) : Migale

ICycle
- ANR- ANR blanche-
Défi et/ou Axe : Défi 7: Société de l'information et de la communication. Axe : Axe 2: Théorie du contrôle
(2017-01/2020)
Titre : Interconnexion et contrôle de deux oscillateurs biologiques dans des cellules mammaliennes / Interconnection and feedback control of two cyclic modules in mammalian cells
Coordinateur : M. Chaves (Inria, Sophia-Antipolis)
Partenaires : Inria (Sophia-Antipolis), IBV (Institut de Biologie de Valrose, Nice)
Participants MaIAGE : L. Tournier, V. Fromion, A. Goelzer - Equipe(s) : BioSys

INITIATE
- INRAE Métaprogramme- SumCrop- (2020-2022)
Titre : INITIATE
Coordinateur : S. Gaba (INRAE) et F. Carpentier (MaIAGE)
Partenaires : Bioger (Grignon), BioSP (Avignon)
Participants MaIAGE : F. Carpentier - Equipe(s) : Dynenvie

IRONMANOMICS
- INRAE Métaprogramme- MEM- (2018-2020)
Titre : Exploring omics data for evaluating microbial interactions for iron
Coordinateur : MC Champomier-Verges (Micalis, Jouy)
Partenaires : MICALIS, MGP, MaIAGE, UMRF (Aurillac), ETH Zurich
Participants MaIAGE : S Labarthe, B Laroche, V Loux - Equipe(s) : Dynenvie / Migale

IS-MIRRI21
- H2020- H2020-INFRADEV-2018-2020- (janvier 2020)
Titre : Implementation and Sustainability of Microbial Resource Research Infrastructure for 21st Century
Coordinateur : Nelson LIMA
Partenaires : University of Minho, University of Valencia, Institut Pasteur, Westerdijk Fungal Biodiversity Institute, University of Torino, INSTITUT OF THE RUSSIAN ACADEMY OF SCIENCES , CIRM (INRAE), University of Latvia ...
Participants MaIAGE : M-Y Mistou, M Zaarour - Equipe(s) : StatInfOmics

ITEMAIZE
- Labex BASC (2016-2019)
Titre : Integrative Approaches to Investigate Maize Floral Transition Network and its Evolution
Coordinateur : C. DIllmann (INRA, GQE Le Moulon)
Partenaires : INRA GQE Le Moulon, IJPB, LEGS
Participants MaIAGE : E. Chaix, S. Huet, E. Kuhn (resp. MaIAGE), B. Laroche, C. Nédellec, O. David, S. Plancade, M.L. Taupin - Equipe(s) : Bibliome / Dynenvie

KINETICS
- INRAE Métaprogramme- MEM- (2018-2020)
Titre : Network and modelling analyses to describe the dynamics of the Ixodes ricinus microbiome and its influence in pathogen dynamics
Coordinateur : T Pollet (INRA UMR BIPAR, Maisons Alfort)
Partenaires : BIPAR (Maisons Alfort), EPIA (Theix), MIA Paris
Participants MaIAGE : B Laroche, S Labarthe - Equipe(s) : Dynenvie

List_MAPS
- H2020- ITN (10/2015-12/2019)
Titre : Training and research in Listeria monocytogenes Adaptation through Proteomic and Transcriptome deep Sequencing Analysis
Coordinateur : P. Piveteau (Univ. Bourgogne, Dijon)
Partenaires : Univ. Bourgogne (Dijon), Univ. College Cork (Ireland), KOBENHAVNS Univ., NATIONAL UNIVERSITY OF IRELAND, Wageningen Univ (Netherland), SYDDANSK UNIV, ...
Participants MaIAGE : P. Nicolas, V. Fromion, S. Schbath - Equipe(s) : BioSys / StatInfOmics

MassMut
- DIM Elicit - Région IdF - Appel à projets 2021 : Allocation postdoc/ingénieur- (2022-2023)
Titre : Développement d’un dispositif microfluidique pour l’analyse de l’accumulation massive de mutations dans des conditions normales et mutagènes
Coordinateur : F. Malloggi
Partenaires : F. Malloggi (LIONS-CEA), J. Soutourina (I2BC-CEA)
Participants MaIAGE : P. Nicolas - Equipe(s) : StatInfOmics

Meta PDO cheeses
- France Génomique- (2017-2021)
Titre : Nature et rôle des moteurs biotiques dans la construction des communautés microbiennes des fromages traditionnels
Coordinateur : F. Irlinger (INRA, Grignon) ; C. Delbès (INRA, Aurillac)
Partenaires : INRA GMPA, INRA URF, INRA MICALIS, Genoscope, RMT Fromages de Terroir, CNAOL , CNIEL
Participants MaIAGE : A.-L. Abraham, V. Loux, M. Mariadassou, O. Rué - Equipe(s) : Migale / StatInfOmics

Metachick-2
- Partenaires industriels- (01/2021-12/2021)
Titre : MetaChick phase 2
Coordinateur : F. Calenge (GABI, Jouy-en-Josas)
Partenaires : GABI (Jouy-en-Josas), MetaGenoPolis (Jouy-en-Josas), UMR ISP (Nouzilly)
Participants MaIAGE : AL. Abraham, H. Chiapello, P. Nicolas, G. Kon-Kam-King - Equipe(s) : StatInfOmics

Mfd Profiling
- TWB 2019- (2019-2021)
Titre : Mfd profiling
Coordinateur : Gwenaëlle andré-Leroux (INRA, MaIAGE) et Nalini Rama Rao (INRA, Micalis)
Partenaires : Micalis
Participants MaIAGE : Gwenaëlle andré-Leroux - Equipe(s) : StatInfOmics

MoMIR-PPC
- H2020- EJP MedVet - (2018-2021)
Titre : Monitoring the gut microbiota and immune response to predict, prevent and control zoonoses in humans and livestock in order to minimize the use of antimicrobials
Coordinateur : P. Velge (ISP, Tours)
Partenaires : 41 partenaires européens dont ISP (INRA Tours), ANSES
Participants MaIAGE : C. Bidot, S. Labarthe, B. Laroche, E. Vergu - Equipe(s) : Dynenvie

OpenMinTeD
- H2020- E-INFRA- (06/2015-05/2018)
Titre : Open Mining INfrastructure for TExt and Data
Coordinateur : Natalia Manola (ATHENA RESEARCH AND INNOVATION CENTER IN INFORMATION COMMUNICATION & KNOWLEDGE)
Partenaires : ARC, UNIVERSITY OF MANCHESTER, UKP-TUDA, INRA, EMBL, Agro-Know I.K.E, LIBER, UNIVERSITEIT VAN AMSTERDAM, Open University, EPFL, CNIO, USFD, GESIS, GRNET, Frontiers
Participants MaIAGE : C. Nédellec, R. Bossy, L. Deléger - Equipe(s) : Bibliome

PathoBactEvol
- ANR (2013-2016)
Titre : Adaptation des bactéries pathogènes à des conditions particulières
Coordinateur : V. Sanchis (INRA - MICA)
Participants MaIAGE : F. Rodolphe, P. Nicolas, M. Maridassou - Equipe(s) : StatInfOmics

PHENODYN
- INRAE Métaprogramme- DIGITBIO consortium (2021-2022)
Titre : Méthodologies pour l'analyse de phénotypes dynamiques
Coordinateur : Nicolas Verzelen (MISTEA)
Partenaires : MISTEA, MIAT, GENPHYSE, GQE Le Moulon, LEPSE
Participants MaIAGE : M. Delattre, E. Kuhn - Equipe(s) : Dynenvie

PhyloVir
- INRAE Métaprogramme- Appel à propositions SumCrop 2020- (2020-2021)
Titre : Mieux comprendre les émergences virales : analyse phylodynamique de deux virus de plantes
Coordinateur : P. Hoscheit (MaIAGE)
Partenaires : Pathologie Végétale (INRAE Avignon)
Participants MaIAGE : P. Hoscheit - Equipe(s) : Dynenvie

PREDICATT
- INRAE Métaprogramme- MP GISA (2016-2017)
Titre : Analysis and prediction of cattle trade in France through a modelling approach
Coordinateur : E. Vergu (INRAE)
Partenaires : UMR BIOEPAR Oniris-INRAE Nantes, Laboratoire de Santé Animale ANSES Maisons Alfort
Participants MaIAGE : C. Bidot, G. Beaunée, P. Hoscheit, C. Larédo, E. Vergu - Equipe(s) : Dynenvie

PREDIGE
- INRAE Métaprogramme- SELGEN (2018-2019)
Titre : Prédiction des Interactions Génotype x Environnement
Coordinateur : R. Rincent (INRA Génétique, Diversité et Ecophysiologie des Céréales, Clermont-Ferrand)
Partenaires : INRA Génétique, Diversité et Ecophysiologie des Céréales, Clermont-Ferrand
Participants MaIAGE : E. Kuhn, M. Delattre - Equipe(s) : Dynenvie

ProtéoCArdis
- ANR- ANR blanche-
Défi et/ou Axe : Vie Santé Bien-être
(2015-2019)
Titre : FONCTIONALITES DU MICROBIOTE INTESTINAL ET MALADIE CARDIOMETABOLIQUE: APPROCHE PROTEOMIQUE
Coordinateur : C. Juste (INRA, Jouy-en-Josas), C. Carapito (CNRS, Strasbourg)
Partenaires : MICALIS-PAPPSO (Jouy-en-Josas), LSBMO (Strasbourg), MetaGenoPolis-IBS (Jouy-en-Josas), ICAN (Paris),
Participants MaIAGE : O. David, A.-L. Abraham, S. Plancade, S. Huet - Equipe(s) : Dynenvie / StatInfOmics

REDLOSSES
- ANR- ANR blanche-
Défi et/ou Axe : Sécurité alimentaire et défi démographique
(2016-2020)
Titre : Réduction des pertes alimentaires par la prédiction des altérations microbiologiques
Coordinateur : Monique Zagorec (INRA-SECALIM)
Partenaires : INRA-SECALIM, IFIP, INRA-MICALIS, Lubem, AERIAL, ITAVI, Cooperl Innovation, LDC, ULg-DDA
Participants MaIAGE : V. Loux, O. Rué - Equipe(s) : Migale

REMOVE
- INRAE- Département MICA- (2018-2020)
Titre : Improving the colonization REsistance of the gut MicrobiOta against Vancomycin-resistant Enterococci
Coordinateur : L Rigottier (Micalis, Jouy)
Partenaires : MICALIS (Jouy); IBPC (Paris), IBMC (Strasbourg), CBM (Orléans).
Participants MaIAGE : B Laroche, S Labarthe - Equipe(s) : Dynenvie

SANT'Innov
- INRAE- PSDR GO- (11/2015-11/2019)
Titre : Innover dans les filières de produits animaux pour concilier écologisation et compétitivité : perspective santé animale
Coordinateur : F. Beaugrand (UMR BioEpAr, INRA-Oniris Nantes)
Partenaires : INRA-Oniris UMR 1300 BioEpAR Nantes; 8 autres partenaires
Participants MaIAGE : E. Vergu - Equipe(s) : Dynenvie

TANGO
- CNIEL- (2018-2020)
Titre : Impact du procédé technologique sur l’expression des potentiels bactériens en fermentation laitière : exemple du fromage.
Coordinateur : H. Falentin (STLO, Rennes)
Partenaires : STLO (Rennes)
Participants MaIAGE : S. Labarthe, B. Laroche - Equipe(s) : Dynenvie

TIERS-ESV
- INRAE- IB2021- (2021)
Titre : Traitement de l’Information et Expertise des Risques Sanitaires pour l’Epidémiosurveillance en Santé Végétal
Coordinateur : Marie Grosdidier
Partenaires : BioSP, PV SPE, DipSO Num4Sci
Participants MaIAGE : Claire Nédellec, Louise Deléger, Robert Bossy, Mouhamadou Ba - Equipe(s) : Bibliome / Migale