Contrats et projets en cours



Agro-Serv
- H2020 - HORIZON-INFRA-2021-SERV-01-02- (2022-2027)
Titre : Integrated SERVices supporting a sustainable AGROecological transition
Coordinateur : Michel Boer Anaee CNRS
Partenaires : 42 partenaires - Infrastructures de recherche: Anaee/Emphasis/Elixir/EMBRC/EURo Bioimaging/EU OpenScreen/MetroFood/SmartCow/IBISBA/LifeWatch/MIRRI
Participants MaIAGE : Michel-Yves Mistou - Equipe(s) : StatInfOmics

AMN
- ANR - AAPG21-
Défi et/ou Axe : Axis 8.5 (CE45)
(2022-2025)
Titre : Artifical Metabolic Networks
Coordinateur : Jean-Loup Faulon
Partenaires : Micalis, AgroParisTech
Participants MaIAGE : Wolfram Liebermeister - Equipe(s) : BioSys

BEYOND
- ANR - Programme Prioritaire de Recherche Cultiver et protéger autrement- (2020-2024)
Titre : Building epidemiological surveillance and prophylaxis with observations both near and distant
Coordinateur : Cindy Morris, (Plant Pathology Research Unit 407 INRAE, Avignon)
Partenaires : INRAE BioSP, INRAE Ecodev, IRSTEA-Montpellier Tetis, IRSTEA-Clermont-Ferrand TSCF, CIRAD/SupAgro/INRAE: Biology and Genetics of Plant-Pathogen Interaction, INRAE-Bordeaux: Fruit Biology and Pathology, .......
Participants MaIAGE : C. Nédellec, R. Bossy, L. Deléger, V. Loux, M. Ba - Equipe(s) : Bibliome / Migale

BioBrickEvolver
- ANR - AAPG2018 - PRC
Défi et/ou Axe : Vie, Santé et Bien-être / CES - Bioéconomie : technologies (chimie, biotechnologie, procédés) spécifiques et approches système
(01/2019-12/2022)
Titre : Développement d'un système pour la production de biobriques par évolution dirigée dans la bactérie Bacillus subtilis.
Coordinateur : P. Nicolas (INRA, MaIAGE)
Partenaires : INRA MaIAGE, CNRS I2BC (Equipe P. Tavares), INRA MICALIS (Equipe M. Jules), CEA Cadarache (Eq. C. Berthomieu), TWB (O. Galy)))
Participants MaIAGE : P. Nicolas, C. Guérin, P. Hoscheit, C. Larédo, G. André-Leroux, H. Chiapello, V. Fromion, A. Goelzer - Equipe(s) : BioSys / Dynenvie / StatInfOmics

cAVIAR
- Appel à projets 2018 du plan Ecoantibio 2- (2019-2022)
Titre : cAVIAR : Enterococcus cecorum : Analyse de la VIrulence et de l’AntibioRésistance
Coordinateur : I. Kempf (Anses, Ploufragan)
Partenaires : Unité Mycoplasmologie Bactériologie et Antibiorésistance (Ploufragan), Micalis (Jouy en Josas)
Participants MaIAGE : V. Loux - Equipe(s) : Migale

COCODIV
- INRAE Métaprogramme - MP Sumcrop- (2022-2024)
Titre : CO-occurrence des maladies en systèmes Céréaliers : déterminants, rÔle et
gestion de la DIVersité cultivée et sauvage de la parcelle au paysage

Coordinateur : Anne-Lise Boixel (BIOGER, Grignon)
Partenaires : Resilience (Chizey), BIOGER (Grignon), BioSP (Avignon), ISA (Sophia-Antipolis), MIAT( Toulouse)
Participants MaIAGE : Florence Carpentier - Equipe(s) : Dynenvie

CoNoCo
- ANR - ANR blanche
Défi et/ou Axe : Vie, Santé et Bien-étre Axe : CES – Génétique, génomique, ARN
(2019-2023)
Titre : Controlling non-coding pervasive transcription to ensure fine-tuning of gene expression in Bacillus subtilis and Staphylococcus aureus.
Coordinateur : E. Bidnenko (INRA Micalis)
Partenaires : Micalis (Jouy); IBPC (Paris), IBMC (Strasbourg), CBM (Orléans).
Participants MaIAGE : C. Guérin, P. Nicolas - Equipe(s) : StatInfOmics

D2KAB
- ANR - ANR blanche-
Défi et/ou Axe : Défi : B.7 Axe : axe 4
(06/2019-05/2023)
Titre : Data to Knowledge in Agriculture and Biodiversity
Coordinateur : C. Jonquet (LIRMM, Montpellier)
Partenaires : UM-LIRMM, CNRS-I3S, INRA-DIST, INRA-URGI, INRA-IATE, INRA-URFM ,IRSTEA-TSCF, CNRS-CEFE, ACTA, STANFORD-BMIR
Participants MaIAGE : R. Bossy, C. Nédellec, L. Deléger - Equipe(s) : Bibliome

DeepImpact
- ANR - PPR-
Défi et/ou Axe : Cultiver et Produire Autrement
(2020 - 2025)
Titre : Deciphering plant-microbiota interactions to enhance crop defenses to pests

Coordinateur : C. Mougel (IGEPP, Rennes)
Partenaires : INRA IGEPP (Rennes), INRA Agroécologie (Dijon), INRA BFP, INRA BIOGER, INRA ECOBIO, INRA GDEC, IRISA (Rennes), CNRS - LBBE LEM (Lyon), INRA LIPM (Toulouse)
Participants MaIAGE : M.Mariadassou, S. Schbath - Equipe(s) : StatInfOmics

DeMuSi
- ITMO Cancer - PCSI 2022-
Défi et/ou Axe : Appel à projets : Approches interdisciplinaires des processus oncogéniques et perspectives thérapeutiques : Apports à l’oncologie de la physique, de la chimie et des sciences de l’ingénieur
(2022-2025)
Titre : Deciphering the mutational signature of transcription and DNA repair processes combined with exogenous DNA damages (DeMuSi)

Coordinateur : J. Soutourina (CEA I2BC)
Partenaires : CEA I2BC (J. Soutourina), CEA Saclay (F. Mallogi), INSERM Gustave-Roussy (S. Nikolaev)
Participants MaIAGE : P. Nicolas, G. Kon Kam King, C. Guérin - Equipe(s) : StatInfOmics

DOMINO
- H2020 - HORIZON-CL6-2021-FARM2FORK-01- (2022-2027)
Titre : Harnessing the microbial potential of fermented foods for healthy and sustainable food systems
Coordinateur : S. Chaillou (INRAE, Jouy-en-Josas)
Partenaires : 21 partenaires, 10 pays
Participants MaIAGE : V. Loux, M. Mariadassou, H. Chiapello - Equipe(s) : Migale / StatInfOmics

DYNAMO
- INRAE - AAP SPE- (2022-2025)
Titre : Déterminants des dynamiques épidémiques des rouilles brune et jaune du blé à l’échelle du paysage de la Zone Atelier Plaine & Val de Sèvre
Coordinateur : Tiphaine Vidal
Partenaires : Resilience (Chizey), BIOGER (Grignon), BioSP (Avignon), ISA (Sophia-Antipolis), Plant Pathology (Avignon)
Participants MaIAGE : K. Adamczyk, F. Carpentier - Equipe(s) : Dynenvie

ECONET
- ANR - ANR blanche
Défi et/ou Axe : Sober management of resources and adaptation to climatic changes: towards an under- standing of global changes Axe : Fundamental knowledge on natural environments and biodiversity
(2018-2022)
Titre : Advanced statistical modelling of ecological networks
Coordinateur : C. Matias (CNRS - UPMC, LPSM)
Partenaires : LPSM (UPMC), MIA-Paris (INRA), LBBE (Univ. Lyon), ISEM (Univ. Montpellier), IEES (MNHN), EEP (Univ. Lille)
Participants MaIAGE : M. Mariadassou - Equipe(s) : StatInfOmics

ECOS-SUD Mfd-Profiling
- ECOS-Sud (2020-2022)
Titre : In vitro/in silico/in cristallo Potentiation of the Inhibition of Mfd in presence of its Cognate Partner UvrA
Coordinateur : G. André-Leroux (MaIAGE)
Partenaires : IBR CONICET (Argentine), Micalis (Jouy)
Participants MaIAGE : M. Mariadassou - Equipe(s) : StatInfOmics

EggToMeat
- INRAE Métaprogramme - HOLOFLUX (2021-2023)
Titre : Impact de l’environnement d’élevage sur les flux bactériens en lien avec la santé, la robustesse des animaux et la qualité des produits chez le poulet de chair
Coordinateur : M. Zagorec (SECALIM, Nantes)
Partenaires : MICALIS, GABI, BOA, PEAT, EASM, ITAVI, ISP, SECALIM
Participants MaIAGE : B. Laroche, M. Mariadassou, V. Loux, C. Hennequet-Antier - Equipe(s) : Dynenvie / Migale / StatInfOmics

ESCAPE
- ANR - ANR aapg 2021
Défi et/ou Axe : CE21 - Alimentation et systèmes alimentaires
(2022-2025)
Titre : Caractérisation de l'interaction ayant lieu entre le pathogène Campylobacter et le microbiote de la viande de volaille en vue d'améliorer la sécurité sanitaire du produit
Coordinateur : N. Haddad (ONIRIS, SECALIM, Nantes)
Partenaires : ONIRIS
Participants MaIAGE : B. Laroche - Equipe(s) : Dynenvie

ESPACE
- INRAE Métaprogramme - SMaCH- (2018-2022)
Titre : Estimer les effets des variables paysagères sur les bioagresseurs et auxiliaires des cultures
Coordinateur : Florence Carpentier (Bioger, SPE), Olivier Martin (BioSP,MIA)
Partenaires : BioSP (MIA, Avignon), Bioger (Grignon), PSH (SPE, Avignon), UMR Agroécologie (Dijon), IGEPP (Rennes)
Participants MaIAGE : Katarzyna Adamczyk - Equipe(s) : Dynenvie

FlavoPatho
- ANR - Jeunes chercheurs, jeunes chercheuses
Défi et/ou Axe : Défi : 5 - "Sécurité alimentaire et défi démographique"
(2018-2022)
Titre : Investigation of salmonid fish infection by Flavobacterium psychrophilum: from genes to the ecology of the disease.
Coordinateur : T. Rochat (INRA VIM)
Partenaires : INRA VIM (Jouy-en-Josas)
Participants MaIAGE : C. Guérin, P. Nicolas - - Equipe(s) : StatInfOmics

HARMONI
- Appel d'offres Ibisa (Infrastructure en BIologie, Santé et Agronomie) 2021 pour les centres de ressources biologiques- (2022-2024)
Titre : Harmonizing microbiota characterization procedures within the national infrastructure RARe
Coordinateur : Michel-Yves Mistou (INRAE, MaIAGE, Jouy)
Partenaires : Michèle Tixier (GABI, @bridge, Jouy), Mathieu Almeida et Christian Morabito (MGP, Jouy), Samuel Mondy (GenoSol), Emmanuelle Helloin (CIRM-BP, Tours), Florence Valence (CIRM-BIA, Rennes)
Participants MaIAGE : MY Mistou - Equipe(s) : StatInfOmics

HoloE2Plant
- H2020 - ERC Starting Grant- (2022-2026)
Titre : Exploring the Holobiont concept through a Plant Evolutionary Experiment study
Coordinateur : Claudia Bartoli
Partenaires : IRISA (Rennes), Department of Systematic and Evolutionary biology (Univ. Zurich)
Participants MaIAGE : M. Mariadassou - Equipe(s) : StatInfOmics

HoloOligo
- ANR - Biologie des animaux, des organismes photosynthétiques et des microorganismes(2021-2024)
Défi et/ou Axe : CE20
(2022-2025)
Titre : Structure diversity, functionality and modulation of milk oligosaccharides in monogastric livestock species: towards optimal development of rabbit and pig holobionts
Coordinateur : Sylvie Combes (GenPhySE, INRAE)
Partenaires : GenPhySE, PEGASE, MICALIS, GABI, LEMM-CEA, IE PECTOUL, UE3P
Participants MaIAGE : Valentin Loux, Mouhamadou Ba, Claire Nédellec, Robert Bossy, Louise Deléger - Equipe(s) : Bibliome / Migale

IMAGO
- INRAE Métaprogramme - DIGIT-BIO- (2022-2024)
Titre : Imagerie et modélisation des dynamiques spatio-temporelles de la signalisation et du trafic des récepteurs couplés aux protéines G (RCPG).
Coordinateur : Frédéric JEAN-ALPHONSE (CNRS, Tours)
Partenaires : PRC (Tours), MUSCA (INRIA Saclay), SERPICO (INRIA Rennes)
Participants MaIAGE : B. Laroche - Equipe(s) : Dynenvie

INITIATE
- INRAE Métaprogramme - SumCrop- (2020-2022)
Titre : INITIATE
Coordinateur : S. Gaba (INRAE) et F. Carpentier (MaIAGE)
Partenaires : Bioger (Grignon), BioSP (Avignon)
Participants MaIAGE : F. Carpentier - Equipe(s) : Dynenvie

InSync
- ANR - Appel à projets générique 2022
Défi et/ou Axe : H.14. Interfaces : mathématiques, sciences du numérique – biologie, santé
(2022-2027)
Titre : Circadian clock synchronization in hepatocytes
Coordinateur : M. Chaves (Inria, Sophia-Antipolis)
Partenaires : Inria (Sophia-Antipolis), Institut de Biologie de Valrose (Nice)
Participants MaIAGE : L. Tournier, M. Mezache, A. Trubuil - Equipe(s) : BioSys

IS-MIRRI21
- H2020 - H2020-INFRADEV-2018-2020- (janvier 2020)
Titre : Implementation and Sustainability of Microbial Resource Research Infrastructure for 21st Century
Coordinateur : Nelson LIMA
Partenaires : University of Minho, University of Valencia, Institut Pasteur, Westerdijk Fungal Biodiversity Institute, University of Torino, INSTITUT OF THE RUSSIAN ACADEMY OF SCIENCES , CIRM (INRAE), University of Latvia ...
Participants MaIAGE : M-Y Mistou, M Zaarour - Equipe(s) : StatInfOmics

MassMut
- DIM Elicit - Région IdF - Appel à projets 2021 : Allocation postdoc/ingénieur- (2022-2023)
Titre : Développement d’un dispositif microfluidique pour l’analyse de l’accumulation massive de mutations dans des conditions normales et mutagènes
Coordinateur : F. Malloggi
Partenaires : F. Malloggi (LIONS-CEA), J. Soutourina (I2BC-CEA)
Participants MaIAGE : P. Nicolas - Equipe(s) : StatInfOmics

MetaSimFood
- ANR - ANR Blanche
Défi et/ou Axe : Axe 1.5 Alimentation et Systèmes Alimentaires
(2021 - 2025)
Titre : Improving the quality, safety and sustainability of fermented vegetable food and fruit beverage using a knowledge-driven synthetic ecology and modelling approach

Coordinateur : S. Chaillou (Micalis, INRAE)
Partenaires : Micalis (INRAE Jouy-en-Josas), SayFood (INRAE Versailles), Aérial (ITAI, Illkirch), UR Oenologie (Univ. Bordeaux), STLO-CIRM (INRAE, Rennes)
Participants MaIAGE : M. Mariadassou, V. Loux, O. Rué - Equipe(s) : Migale / StatInfOmics

MICROBE
- H2020 - HORIZON-INFRA-2022-TECH-01-01 RIA- (2023-2026)
Titre : MICRObiome Biobanking (RI) Enabler
Coordinateur : Tanja KOSTIC - Austrian Institute of Technology (AIT)
Partenaires : AIT (AUS) - DSMZ (GER) - EMBL (UK) - CABI (UK) - HMGU (GER) - MUG (AUS) - SU (FR)
Participants MaIAGE : Michel-Yves Mistou - Equipe(s) : StatInfOmics

MICROMOD
- Institut Convergence - INCEPTION P2I (2022-2023)
Titre : Modelling the role of microbiota in the acquisition and transmission of antibiotic resistant pathogenic bacteria
Coordinateur : E. Vergu (MaIAGE); L. Opatowski (Institut Pasteur/UVSQ)
Partenaires : Epidemiology and Modelling of Antibiotic Evasion (EMAE) Unit (Institut Pasteur)
Participants MaIAGE : B. Laroche, E. Vergu - Equipe(s) : Dynenvie

MIDIIVEC
- INRAE Métaprogramme - DIGIT-BIO (2022-2024)
Titre : Modélisation et inférence de la dynamique d’infection intravecteur à partir de données expérimentales
Coordinateur : Gaël Beaunée
Partenaires : UMR1300 Oniris-INRAE BIOEPAR, Nantes; UMR754 INRAE-Univ Lyon- EPHE IVPC
Participants MaIAGE : Françosi Deslandes, Elisabeta Vergu - Equipe(s) : Dynenvie

MITOTIC (2nd soumission)
- ITMO/ Approches interdisciplinaires des processus oncogéniques et perspectives thérapeutiques : Apports à l’oncologie des mathématiques et de l’informatique- (2021)
Titre : Resource Balance Analysis pour découvrir la vulnérabilité métabolique dans le cancer et identifier de nouvelles thérapies
Coordinateur : Sabine Péres
Partenaires : LRI/UPSA
Participants MaIAGE : Fromion; Dinh; Goelzer - Equipe(s) : BioSys

MOSSAIC
- ANR - ANR blanche
Défi et/ou Axe : CE20 Biologie des animaux, des organismes photosynthétiques et des microorganismes
(2022-2024)
Titre : Deciphering the Mechanisms Of the heterogeneous Shedding of Salmonella in Chicken, and modelling the interactions between the host, the pathogen and the gut microbiota
Coordinateur : P. Velge (ISP, INRAE Tours)
Partenaires : ISP, TOXALIM, PFIE, PRC
Participants MaIAGE : B. Laroche (WP leader), F. Deslandes - Equipe(s) : Dynenvie

MOTHERS
- INRAE Métaprogramme - AMI HOLOFLUX- (2023-2024)
Titre : MONITORING THE GUT MICROBIOTA, RESISTANCE AGAINST SALMONELLA, ANIMAL PERFORMANCE AND IMMUNE RESPONSE THROUGH AN ADULT, PATHOGEN-FREE MICROBIOTA
Coordinateur : F. Kempf (ISP INRAE Tours)
Partenaires : ISP, PFIE, Univ. Munich, univ Aachen
Participants MaIAGE : B. Laroche - Equipe(s) : Dynenvie

MuDiS4LS
- ANR - PIA3 / Appel à manifestations d’intérêt ESR-EquipEx+- (2021-2028)
Titre : Espaces numériques mutualisés pour des données FAIR en biologie-santé
Coordinateur : J. van Helden (IFB)
Partenaires : 17 partenaires
Participants MaIAGE : V. Loux, O. Rué, D. Berry, M. Ba, H. Chiapello, C. Midoux - Equipe(s) : Migale

MutaToR
- ANR - AAPG2022-
Défi et/ou Axe : CE12 Génétique, génomique et ARN
(2023-2026)
Titre : Mechanisms of mutational processes involving transcription and nucleotide-excision DNA repair
Coordinateur : J. Soutourina
Partenaires : J. Soutourina (CEA-CNRS-I2BC), F. Malloggi (LIONS-CEA)
Participants MaIAGE : C. Guérin, G. Kon Kam King, P. Nicolas - Equipe(s) : StatInfOmics

Omnicrobe
- ANSES CRD (2022-2023)
Titre : Omnicrobe : développement d’une base de données qui rassemble des informations sur les habitats et les phénotypes microbiens issus à partir de textes
Coordinateur : Estelle Chaix
Partenaires : UERALIM (ANSES)
Participants MaIAGE : V. Loux, M. Ba, S. Dérozier, C. Nédellec, L. Deléger, R. Bossy - Equipe(s) : Bibliome / Migale

PARTHAGE
- ANR - AAPG 2022 (2023-2026)
Titre : Predicting antibiotic resistance transmission within and between humans by combining mathematical modelling, genomics and epidemiology
Coordinateur : L. Opatowski (Institut Pasteur/UVSQ)
Partenaires : UMR1018 CESP (UVSQ, Inserm, Institut Pasteur), 2I Unit (INSERM/UVSQ), EERA Unit (Institut Pasteur), GRAM 2.0 EA265 (UniCaen-UniRouen)
Participants MaIAGE : B. Laroche, E. Vergu - Equipe(s) : Dynenvie

PHENODYN
- INRAE Métaprogramme - DIGITBIO consortium (2021-2022)
Titre : Méthodologies pour l'analyse de phénotypes dynamiques
Coordinateur : Nicolas Verzelen (MISTEA)
Partenaires : MISTEA, MIAT, GENPHYSE, GQE Le Moulon, LEPSE
Participants MaIAGE : M. Delattre, E. Kuhn - Equipe(s) : Dynenvie

PheroSensor
- ANR - Investissement d'Avenir "Cultiver et protéger autrement" (2021-2025)
Titre : Early detection of pest insects using pheromone receptor-based olfactory sensors
Coordinateur : P. Lucas (INRAE - UMR 1392, iEES Paris Sorbonne Université)
Partenaires : INRA - UMR 1392 iEES ; INRA - UR 1404 MaiAGE ; CEA - LIST ; CNRS - LORIA ; ESIEE - ESYCOM ; EGCE – IRD
Participants MaIAGE : K. Adamczyk, F. Deslandes, S. Labarthe (resp. WP), B. Laroche, E. Vergu - Equipe(s) : Dynenvie

PHHASt
- ANR - AAPG2022-
Défi et/ou Axe : CE20 Biologie des animaux, des organismes photosynthétiques et des micro-organismes
(2022-2026)
Titre : Phenotypic heterogeneity and host adaptation during late infection in sporulating Firmicutes
Coordinateur : L. Slamti
Partenaires : L. Slamti (MICALIS), F. Neulat-Ripoll (IRBA)
Participants MaIAGE : S. Dérozier, C. Guérin, P. Nicolas - Equipe(s) : StatInfOmics

Stat4Plant
- ANR - PRC-
Défi et/ou Axe : Mathématiques et sciences du numérique pour la biologie et la santé
(2021-2025)
Titre : Méthodes statistiques pour caractériser les interactions entre la plante et son environnement/Statistics for characterizing interactions between plant and its environment
Coordinateur : E. Kuhn (INRAE, MaIAGE)
Partenaires : INRAE MIAP, INRAE GQE Le Moulon, CentraleSupelec MICS, UTC Heudiasysc, IJPB
Participants MaIAGE : M. Delattre, G. Kon Kam King, E. Kuhn - Equipe(s) : Dynenvie / StatInfOmics

TANDEM
- INRAE Métaprogramme - projets-phares HOLOFLUX- (2021-2023)
Titre : TrAnfers iN Dairy systEM
Coordinateur : C. Delbès, UMR Fromage, Aurillac
Partenaires : UR OPAALE, UMR Agroécologie, UREP, UMRH, UMR MEDIS, UMRF, UR LBE, UE Herbipôle, UMR Territoires, UMR Innovation
Participants MaIAGE : M. Mariadassou, A-L. Abraham, H. Chiapello, P. Nicolas, G. Kon-Kam-King - Equipe(s) : Migale / StatInfOmics

TIERS-ESV
- INRAE - IB2021- (2021)
Titre : Traitement de l’Information et Expertise des Risques Sanitaires pour l’Epidémiosurveillance en Santé Végétal
Coordinateur : Marie Grosdidier
Partenaires : BioSP, PV SPE, DipSO Num4Sci
Participants MaIAGE : Claire Nédellec, Louise Deléger, Robert Bossy, Mouhamadou Ba - Equipe(s) : Bibliome / Migale

WildPPVRes
- INRAE Métaprogramme - AAP 2022 MP SuMcrop (2022-2023)
Titre : Comprendre les paramètres influant sur le devenir de résistances au virus dans un environnement naturel sans pression de sélection réciproque
Coordinateur : V. Decroocq (INRAE, BFP)
Partenaires : INRAE, BFP, BIOGECO
Participants MaIAGE : M. Delattre, E. Kuhn - Equipe(s) : Dynenvie