Equipe(s)

Agence de moyen

Titre du projet
Flux des Gènes d’Antibiorésistance en Condition d’Elevage avicole
Nom de l'appel d'offre
Holoflux AMI 2019
Défi/axe ANR
AMI 2019
Coordinateur.trice
S. Leclercq (ISP, Nouzilly), H. Chiapello (MaIAGE)
Participants de MaIAGE
H. Chiapello, A-L. Abraham, P. Nicolas
Partenaires (hors MaIAGE)
ISP (Nouzilly)
Année de démarrage - Année de fin de projet
2020-2021
Date de fin du projet
Résumé
Le microbiote des animaux d’élevage est maintenant reconnu comme un réservoir de gènes de résistance aux antibiotiques, potentiellement transmissibles aux pathogènes animaux et humains. Toutefois, les facteurs menant à la transmission de ces gènes entre individus restent très mal compris. Les techniques actuelles de métagénomique shotgun permettent d’avoir accès à majorité des gènes de résistance présents dans un microbiote donné, son résistome, mais n’ont à ce jour pas permis de comprendre comment se réalisaient les flux de gènes entre individus, et ce pour deux raisons principales :
- les microbiotes échantillonnés n’avaient généralement pas de lien direct entre eux.
- un même gène est souvent représenté par un ensemble de variants très proches génétiquement au sein des résistomes, et impossible à distinguer avec les méthodes d’analyses classiques. Or la présence du même gène dans deux microbiotes distincts n’implique pas forcément de flux si les variants sont différents.
Le projet FuGACE se propose de lever ces deux verrous en développant une méthode de détection des variants de gènes dans les microbiotes et d’appliquer cette méthode pour suivre les flux de gène de résistance entre poulets de chair ayant des liens de parenté mère-enfant et frères-sœurs, élevés dans des bâtiments différents. Un tel protocole permettra d’évaluer avec précision les flux de gènes de résistance entre individus, et l’influence relative de la famille par rapport à l’environnement d’élevage dans la constitution du résistome.
Année de soumission
2020