Séminaire

Intervening organization
AgroParisTech-INRA, UMR 518 MIA / IPS2
Name of intervener
Marie-Laure Martin-Magniette
Title
Modèles de mélange gaussiens et de graphes pour mieux comprendre la réponse aux stress de la plante modèle Arabidopsis
Abstract
Les données transcriptomiques sont la source la plus importante de données disponibles actuellement sur les organismes. Pour la plante modèle Arabidopsis, son transcriptome a pu être mesuré dès le début des années 2000 par des puces à ADN. Depuis 2010, nous avons entrepris de faire une étude globale de la réponse aux stress de la plante. Après une présentation du contexte biologique, je présenterai une analyse de coexpression de plusieurs catégories de stress réalisée à l'aide de mélanges gaussiens. Dans la seconde partie de l'exposé, je vous présenterai la construction d'un réseau de corégulation et comment l'étude de ce réseau avec un modèle de mélange de graphes (Stochastic Block Models) a permis de prédire la fonction de certains gènes mal annotés et d'identifier une voie de réponse aux stress.
Place
Salle de réunion 142, bâtiment 210
Date of the day