Softwares

Main software tools developed by MaIAGE

This page lists the main software tools developed by MaIAGE. An exhaustive list of our software tools can be found in the "All software packages" submenu.

  • Agmial est une chaĂźne d'annotation de gĂ©nomes bactĂ©riens qui s'appuie sur un certain nombre d'outils dĂ©veloppĂ©s au laboratoire(SHOW, Prose,Pareo,...). Agmial est actuellement utilisĂ© pour l'annotation ou la rĂ©annotation de plus d'une dizaine de gĂ©nomes. Le logiciel est distribuĂ© sous licence GPL.

  • Alvis NLP/ML est une chaĂźne de traitement pour l'annotation sĂ©mantique de documents textuels, intĂ©grant des outils de traitement automatique des langues naturelles pour la segmentation en mots/phrases, la reconnaissance d'entitĂ©s nommĂ©es, l'analyse de termes, le typage sĂ©mantique et l'extraction de relations. Ces outils exploitent des ressources externes, comme des terminologies ou des ontologies. AlvisNLP/ML propose plusieurs outils pour l'acquisition (semi)-automatique de ces ressources, fondĂ©es sur des techniques d'apprentissage automatique. La chaĂźne est facilement configurable et extensible par ajout de nouveaux composants. Ce travail a Ă©tĂ© partiellement financĂ© par le projet europĂ©en Alvis et le projet Quaero. Voir NĂ©dellec et al., Handbook on Ontology, 2009.

  • (Alvis Annotation Editor) est un Ă©diteur d'annotation en ligne. Il permet de visualiser et d'annoter les entitĂ©s et les relations d'un texte. Il inclut des fonctions de gestion de campagne d'annotation. Il permet d'annoter les entitĂ©s par les concepts d'une ontologie et de rĂ©viser l'ontologie en parallĂšle. Il est intĂ©grĂ© Ă  AlvisNLP. Ce travail a Ă©tĂ© partiellement financĂ© par le projet Quaero. Voir LAW VI paper pour plus de dĂ©tails.

  • BiPSim is a flexible and generic stochastic simulator of bacterial cellular processes, distributed under the GNU GPL licence. This work has been funded by the Lidex-IMSV.

  • Calculation of the Integrated flow of Particles between Polygons.
    CaliFloPP is a software that calculates flows of particles between pairs of polygons, when given a so-called individual dispersal function. The individual dispersal function describes the particle dispersion between pairs of points, and CaliFloPP deduces the total flow between pairs of polygons using an integration algorithm.

    URL : Web site

  • Matlab package for parametric identification, model comparison and optimal sequential sampling of experiments of complex microbiological dynamic systems by nonlinear filtering.

    URL : Web site

  • planor is a R package dedicated to the automatic generation of regular fractional factorial designs with one or several block systems.

  • R'MES is a set of C++ programs dedicated to the identification of statistically unexpected motifs in biological sequences (DNA, protein). R'MES is a free software package available under the GNU General Public License. It can be downloaded from https://mulcyber.toulouse.inra.fr/projec ts/rmes/. Tutorial and user guide are available on the R'MES homepage.