Former internship projects

 

2019


KOUYE Henri Mermoz
: Analyse de sensibilité pour modeles stochastiques - M2 MathSV - Université Paris-Saclay : from to

Supervisor(s) : Gildas Mazo, Elisabeta Vergu -
Team(s): Dynenvie

MOLODIJ Victor
: Modélisation de l'hétérogénéité de transmission d'un pathogène dans une population due aux interactions entre le pathogène, l'hôte et son microbiote - M1 Mathématiques Appliquées - Université Paris Sud - Paris Saclay : from to

Supervisor(s) : Béatrice Laroche -
Team(s): Dynenvie

TANNEUR Irène
: Contrôle du taux de mutation spontanée dans la bactérie Bacillus subtilis - 5e année - INSA Lyon : from to

Supervisor(s) : Pierre Nicolas (MaIAGE), Matthieu Jules (MICALIS) -
Team(s): StatInfOmics

BENOIST Joffrey
: Développement d'un pipeline pour la détection de pseudogènes - Master 1 - Master Bio-informatique/Bio-statistiques et Magistère de biologie, Université Paris Sud Orsay : from to

Supervisor(s) : C. Coluzzi, V. Loux et H. Chiapello -
Team(s): Migale /StatInfOmics

TORELINO Krystel
: Modélisation du comportement du virus de la sharka chez l’abricotier sauvage dans le cadre d’études de génétique d’association génotype/phénotype - Master 2 Mathématiques et Applications - Spécialité Ingénierie Mathématique et Biostatistique - Université Paris Descartes : from to

Supervisor(s) : Estelle Kuhn, Véronique Decroocq (UMR BFR INRA, Bordeaux) -
Team(s): Dynenvie

PAULAY Amandine
: Modélisation de la dégradation des protéines par le microbiote intestinal humain - Master 2 Génomique et Environnement - Université Paris-Saclay : from to

Supervisor(s) : Beatrice Laroche, Marion Leclerc, Simon Labarthe -
Team(s): Dynenvie

GHOUL Amina
: Etude de la distribution de longueurs des lectures produites par les technologies de séquençage de 3ème génération - Master 1 Mathématiques et interactions - Université d'Evry Val d'Essonne : from to

Supervisor(s) : Jean-François Gibrat -
Team(s): StatInfOmics

PINSARD Etienne
: Grands graphes aléatoires : simulation et analyse de données pour l'étude d'épidémies - Master 2 systèmes complexes - Université Paris Sud : from to

Supervisor(s) : Elisabeta Vergu -
Team(s): Dynenvie

NGUYEN-PHAM Khanh-Chi
: La caractérisation moléculaire de l’interaction Mfd -Mutation frequency decline et facteur de virulence- avec sa partenaire UvrA, deux protéines bactériennes. - M1 bioinformatique - Université Paris-Diderot : from to

Supervisor(s) : Gwenaelle Andre-Leroux -
Team(s): StatInfOmics

EL DJOUDI Yassin
: Etude des polymorphismes intraspécifiques des espèces majoritaires du microbiote intestinal à partir de génomes séquencés - L3 sciences de la vie parcours bio-informatique - Université de Poitiers : from to

Supervisor(s) : Anne-Laure Abraham, Hélène Chiapello, Pierre Nicolas -
Team(s): StatInfOmics

GHOULI Zakia
: Interface graphique pour l'annotation de films en biologie du développement - DUT informatique 2ème année - Université Paris Sud - Paris Saclay : from to

Supervisor(s) : Alain Trubuil -
Team(s): BioSys

SOUILLOT Mathilde
: Modélisation et estimation de l'effet du paysage sur la densité et la diversité d'espèces - M2 - AGROCAMPUS Ouest, Rennes : from to

Supervisor(s) : Florence Carpentier, Katarzyna Adamczyk -
Team(s): Dynenvie

MENDOZA Chloe
: Modélisation conjointe des différentes voies de transmission spatio-temporelle des maladies infectieuses chez les animaux d’élevages. - 2ème année - INSA : from to

Supervisor(s) : Elisabeta Vergu, Simon Labarthe -
Team(s): Dynenvie

2018


BEN SAMIR Inès
: Visual representation of resource allocation in living cells - Final project (informatics engineer) - Institut Supérieur des Sciences Appliquées et de Technologie de Sousse : from to

Supervisor(s) : Wolfram Liebermeister -
Team(s): BioSys

MESSOUDI Soundouss
: Utilisation de méthodes d'apprentissage pour la prédiction de viabilité d'embryons bovins à partir de films révélant le développement précoce des embryons - Master 2 Informatique des Organisations - Informatique. Systèmes Intelligents - Université Paris Dauphine : from to

Supervisor(s) : Alain Trubuil, Alline Paula-Reis -
Team(s): BioSys

BRANGER Maxime
: Génomique évolutive des souches de Mycobacterium bovis en France depuis 1978. Séquençage et assemblage d'un génome de référence français de Mycobacterium bovis - Licence professionelle génomique - CNAM - ENCPB : from to

Supervisor(s) : Valentin Loux -
Team(s): Migale

PAME Kévin
: Clustering auto-organisé dans un grand réseau dynamique - M2 Ingénierie Mathématique pour les Sciences du Vivant - Université Paris 5 : from to

Supervisor(s) : Madalina Olteanu, Elisabeta Vergu -
Team(s): Dynenvie

LASGUIGNES Emilien
: Allocations des ressources pour les souches de Streptomyces productrices d'antibiotiques - M2 BioInfo - Université Touloiuse III -Paul Sabatier : from to
Team(s): BioSys

CHERAL Alann
: Inférence par des modèles à effets mixtes d’un modèle de réponse fonctionnelle en écologie - M1 Mathématiques Appliquées - Université Paris Saclay (Univ. Orsay) : from to

Supervisor(s) : Maud Delattre ; Elisabeta Vergu -
Team(s): Dynenvie

HARDY Clément
: Exploration des Méthodes d'analyse de données compositionnelles pour l'étude du lien entre microbiote instestinal et santé - Master 1 Mathématiques Appliquées - Université Paris Sud : from to

Supervisor(s) : Mahendra Mariadassou, Magali Berland -
Team(s): StatInfOmics

BANKOLE Alexia
: Programmation d’un outil de construction de matrices d’occurrences de gènes dans des populations de génomes microbiens - L3 en double licence Sciences de la vie et informatique - Université Paris Saclay - Université Evry : from to

Supervisor(s) : Hélène Chiapello, Olivier Inizan -
Team(s): StatInfOmics

CHAPUT Maxime
: Structure du microbiote intestinal relativement aux fonctions impactant la cholesterolémie de l’hôte - M2 - Master Bioinformatique Paris Saclay : from to

Supervisor(s) : Simon Labarthe, Moez Rhimi (Micalis) -
Team(s): Dynenvie

DE MURAT Daniel
: Etude comparative d’outils d’analyses de données de séquençage métagénomiques - Master 1 de bioinformatique - Université Paris 7 : from to

Supervisor(s) : Anne-Laure Abraham, Olivier Rué -
Team(s): Migale /StatInfOmics

SAMSON Samantha
: Identification des homologues structuraux de PknB chez S. thermophilus. Validation in vitro. - Master 1 - Université des Sciences et Techniques de Paris Diderot : from to

Supervisor(s) : Véronqiue Monnet (MICALIS) et Gwenaëlle André-Leroux -
Team(s): StatInfOmics

ALBERT Solène
: Caractérisation in silico de la structure/fonction/pathogénie de Mfd -Mutation frequency decline- chez diverses souches de B. cereus. Validation in vitro. - Master 2 - Université des Sciences et Techniques de Paris Diderot : from to

Supervisor(s) : Nalini RamaRao (MICALIS) ; Gwenaëlle André-Leroux -
Team(s): StatInfOmics

LAYAN Maylis
: Induction and mitigation of durable dysbiosis in the gut ecosystem - M2 - ENS Cachan : from to

Supervisor(s) : Maarten Van de Guchte, Béatrice Laroche -
Team(s): Dynenvie

DUBUS Nuno
: Etude de la transition florale du maïs - L2 Biologie - Paris Sud : from to

Supervisor(s) : Sylvie Huet, Sandra Plancade -
Team(s): Dynenvie

DENOEUD Alexis
: Caractérisation structurale in silico de FstA de Streptococcus thermophilus - Licence L3 - Faculté des Sciences d'Orsay - Université Paris Sud : from to

Supervisor(s) : Gwenaëlle André-LerouxGwenaëlle André-Leroux -
Team(s): StatInfOmics

2017


SOLDATKINA Oleksandra
: Inférence de modèles d'interactions en écologie microbienne: application aux bactéries du microbiote intestinal - Master 2 - Université Paris Saclay - Orsay : from to

Supervisor(s) : Béatrice Laroche -
Team(s): Dynenvie

XIE Hengjia
: Analyse statistique des changements métaboliques suite à une perturbation chez la chèvre - M2 - Université Paris-Descartes : from to

Supervisor(s) : Masoomeh Taghipoor, Sandra Plancade, Céline Domange -
Team(s): StatInfOmics

BELGHITI Mounia
: Modélisation prédictive du développemen embryonnaire in vitro et automatisation de l'analyse d'images - Master 2 - Université de Strasbourg : from to

Supervisor(s) : Alain Trubuil (MaIAGE, INRA), Alline de Paula Reis (ENVA/BDR) -
Team(s): BioSys

BRAUNE Arthur
: Evaluation de l'impact de mélanges de bactéries nageuses sur la diffusion-réaction au sein d'un biofilm - M1 - Centrale Lille : from to

Supervisor(s) : Alain Trubuil, Simon Labarthe, Béatrice Laroche -
Team(s): BioSys

DAOUDA OUMOU SALAMA Abdourahim
: Modélisation et estimation du phyllochrone du maïs. Etude des effets du génotype et de l'environnement - Master 1 - Institut de Statistique de l'Université Pierre et Marie Curie (ISUP) : from to

Supervisor(s) : Sylvie Huet, Sandra Plancade -
Team(s): StatInfOmics

NARCI Romain
: Inférence par des processus de diffusion des paramètres clés des dynamiques épidémiques partiellement observées - M2 MathSV - Université Paris Saclay : from to

Supervisor(s) : Maud Delattre, Catherine Larédo, Elisabeta Vergu -
Team(s): Dynenvie

MATRAS Cassandre
: Définition d'une typologie des échanges d'animaux en élevages bovins - Master 1 - AgroSup Dijon : from to

Supervisor(s) : Elisabeta Vergu (MaIAGE), Aurélie Courcoul (ANSES) -
Team(s): Dynenvie

YAGDJIAN Armen
: Modélisation de dynamiques d’interactions spatiales en biologie cellulaire à partir de trajectoires 3D+temps mesurées en microscopie - M1 - Université Paris Saclay - Orsay : from to

Supervisor(s) : Béatrice Laroche ; Simon Labarthe ; Alain Trubuil -
Team(s): BioSys /Dynenvie

ANTHONY Eric
: Adaptation, mise en œuvre et comparaison d’algorithmes de recherche de centralité des nœuds dans des graphes temporellement dynamique - M2 Bioinformatique - Université Paris Saclay : from to

Supervisor(s) : Patrick Hoscheit, Elisabeta Vergu -
Team(s): Dynenvie

EL-KHIARI Slim
: Génomique comparée et reconstruction de voies métaboliques pour le développement d’un milieu de culture sélectif de Enterococcus cecorum - M2 Analyse des génomes - Université UPMC/Institut Pasteur : from to

Supervisor(s) : Valentin Loux (MaIAGE), Pascale Serror (Micalis) -
Team(s): Migale

2016


FROUIN Arthur
: Modèle de recombinaison dépendente de la distance phylogénétique - M2 Ingéniérie Statistique et Génome - UPSay : from to

Supervisor(s) : Pierre NICOLAS -
Team(s): StatInfOmics

JANICOT Stéphane
: Modélisation statistique de l’évolution temporelle d’un réseau de commerce : application aux mouvements commerciaux de bovins - Master 2 - Université : from to

Supervisor(s) : Elisabeta Vergu, Benoît Durand (Laboratoire Santé Animale, ANSES Maisons-Alfort) -
Team(s): Dynenvie

RASENDRA Marie-Ange
: Modélisation de la diffusion dans un biofilm - M1 - Ecole Centrale Marseille : from to

Supervisor(s) : Simon Labarthe, Béatrice Laroche, Alain Trubuil -
Team(s): Dynenvie

STRAFELLA Loïc
: Simulateur de paroi bactérienne - Master 2 - Université Rennes 1 : from to

Supervisor(s) : Marc Dinh, Pierre Flores, Vincent Fromion -
Team(s): BioSys

NARCI Romain
: Analyse de sensibilité et méta-modélisation, par simulation, de modèles à sorties spatiales et dynamiques. Application en agronomie. - Master 1 - Université Paris Sud : from to

Supervisor(s) : Hervé Monod, Caroline Bidot -
Team(s): Dynenvie

LADMIRAL Charles
: Modélisation de l'évolution des populations d'un programme de sélection décentralisée et participative sur le blé - Master "Analyse numérique et équations aux dérivées partielles". - Ecole Nationale des Ponts et Chaussées - PariTech : from to

Supervisor(s) : Olivier David -
Team(s): Dynenvie

CHAPUIS Emile
: Etude d'un jeu de données méta-protéomiques - M1 Mathématiques Appliquées - Université Paris Sud : from to

Supervisor(s) : Sandra Plancade, Sylvie Huet -
Team(s): StatInfOmics

CHARPIGNY Noé
: Prise en main de MATLAB. Etude d'une bibliothèque de fonctions sur les graphes. Programmation d'un algorithme de partitionnement de volume. Application à la division cellulaire - BAC +3 - Ecole Centrale de Lille : from to

Supervisor(s) : Alain Trubuil -
Team(s): BioSys

DEDECKER Anatole
: Stagiaire de 3ème - Collège - Collège Evariste Galois : from to

Supervisor(s) : Eric Monvert -
Team(s): LogInf

2015


PATERNINA Janio
: Caractérisation in silico du récepteur olfactif PSGR - M1 BSSM - Génie Physiologique, Biotechnologique Informatique - Université de Poitiers : from to

Supervisor(s) : Gwenaëlle André-Leroux -
Team(s): StatInfOmics

MERMER Feyza
: Stage M1 : Analyse bayésienne des données d'un projet de sélection décentralisée et participative sur le blé tendre - M1 Ingénierie Mathématique - Université Paris Sud : from to

Supervisor(s) : O. David (MaIAGE), I. Goldringer et P. Rivière (INRA Moulon) -
Team(s): Dynenvie

TOMASEVIC Milica
: Analyse de sensibilité et méta-modélisation par simulation, de modèles à sorties spatiales et dynamiques - Application en Agronomie - Master 2 Mathématiques - Université de Nice : from to

Supervisor(s) : Sylvie Huet, Marie-Luce Taupin -
Team(s): Dynenvie

SHI Xiaohan
: Modélisation et estimation de l'abondance d'hippocampes sur le bassin d'Arcachon et l'étang de Thau en fonction de l'habitat - Master 2 Mathématiques appliquées - Ecole Polytechnique : from to

Supervisor(s) : Sylvie Huet -
Team(s): StatInfOmics

REZGUI Imane
: Collaboration avec l'Université de Mentouri à Constantine en Algérie - Etudiante en thèse - Université de Constantine : from to

Supervisor(s) : Hervé Monod (MaIAGE) -
Team(s): Dynenvie

2014


PEILLET Stéphane
: Intégration d'outils et de workflows dans Galaxy : contrôle qualité et amélioration de la reproductibilité - Master 2 CI - ESME SUDRIA : from to

Supervisor(s) : Sandra Derozier, Valentin Loux, Franck Samson -
Team(s): Migale /StatInfOmics

GEERAERT Sébastien
: Construction et implémentation d’un modèle d’épidémiologie économique fondé sur des réseaux dynamiques et adaptatifs - 3ème année (M1) - Ecole Polytechnique : from to

Supervisor(s) : Mathieu Moslonka-Lefebvre, Patrick Hoscheit, Elisabeta Vergu -
Team(s): Dynenvie

PRIVAT Martin
: Logiques cis-régulatrices dans le développement du cerveau moyen - Licence 3 - ENS - Lyon : from to

Supervisor(s) : Pierre Nicolas, Sophie Schbath -
Team(s): StatInfOmics

GEERAERT Sébastien
: Construction et implémentation d’un modèle d’épidémiologie économique fondé sur des réseaux dynamiques et adaptatifs - 3ème année (M1) - Ecole Polytechnique : from to

Supervisor(s) : Mathieu Moslonka-Lefebvre, Patrick Hoscheit, Elisabeta Vergu -
Team(s): Dynenvie

2013


GUARRACINO Yann
: Implémentation de workflows ngs dans un environnement galaxy - Master 1 : Biologie - Informatique - Université Paris Diderot - Paris7 : from to

Supervisor(s) : Sandra Derozier, Valentin Loux -
Team(s): Migale /StatInfOmics

2012


PAIN Adrien
: Typage Bactérien basé sur le pan-génome - Master 2 - Université Paris Diderot : from to

Supervisor(s) : Mahendra Mariadassou, Philippe Bessières -
Team(s): StatInfOmics

BEN HASSINE Najla
: Etude de l'influence du microbiote intestinal sur l'axe hypothalamo-hypophyso-surrénalien dans le cas du stress aigu chez le rat par des approches : protéomique, transcriptomique et bioinformatique - Master 2 Génomique et Post Génomique Spécialité Génie Biologique et Informatique - Université d'Evry Val d'Essonne : from to

Supervisor(s) : Sandra Derozier, Franck Samson -
Team(s): Migale

BLIN Camille
: Étude de la diversité génétique de souches de Lactobacillus delbrueckii et Propionibacterium Freudenreichii et lien avec leurs propriétés probiotiques - Master Biosciences - ENS Lyon : from to

Supervisor(s) : Mahendra Mariadassou, Philippe Bessières -
Team(s): StatInfOmics

REBOUL Guillaume
: Implémentation et mise en place d'un Genome Browser pour la truite arc-en-ciel - DUT Génie biologique, option Bio-informatique - IUT Aurillac : from to

Supervisor(s) : Sandra Derozier -
Team(s): Migale