Former internship projects

2023

LEGRAS Mia : Identification of strain fluxes in a dairy food chain - Master 2 - Université Paris-cité : from 2023-01-23 to 2023-07-31

Supervisor(s) : Anne-Laure Abraham, Guillaume Kon Kam King - Team(s): StatInfOmics

2019

BENOIST Joffrey : Développement d'un pipeline pour la détection de pseudogènes - Master 1 - Master Bio-informatique/Bio-statistiques et Magistère de biologie, Université Paris Sud Orsay : from 2019-06-01 to 2019-08-31

Supervisor(s) : C. Coluzzi, V. Loux et H. Chiapello - Team(s): Migale /StatInfOmics

KOUYE Henri Mermoz : Analyse de sensibilité pour modeles stochastiques - M2 MathSV - Université Paris-Saclay : from 2019-04-01 to 2019-08-31

Supervisor(s) : Gildas Mazo, Elisabeta Vergu - Team(s): Dynenvie

MOLODIJ Victor : Modélisation de l'hétérogénéité de transmission d'un pathogène dans une population due aux interactions entre le pathogène, l'hôte et son microbiote - M1 Mathématiques Appliquées - Université Paris Sud - Paris Saclay : from 2019-06-01 to 2019-08-31

Supervisor(s) : Béatrice Laroche - Team(s): Dynenvie

TANNEUR Irène : Contrôle du taux de mutation spontanée dans la bactérie Bacillus subtilis - 5e année - INSA Lyon : from 2019-02-01 to 2019-08-31

Supervisor(s) : Pierre Nicolas (MaIAGE), Matthieu Jules (MICALIS) - Team(s): StatInfOmics

TORELINO Krystel : Modélisation du comportement du virus de la sharka chez l’abricotier sauvage dans le cadre d’études de génétique d’association génotype/phénotype - Master 2 Mathématiques et Applications - Spécialité Ingénierie Mathématique et Biostatistique - Université Paris Descartes : from 2019-02-01 to 2019-08-31

Supervisor(s) : Estelle Kuhn, Véronique Decroocq (UMR BFR INRA, Bordeaux) - Team(s): Dynenvie

EL DJOUDI Yassin : Etude des polymorphismes intraspécifiques des espèces majoritaires du microbiote intestinal à partir de génomes séquencés - L3 sciences de la vie parcours bio-informatique - Université de Poitiers : from 2019-06-01 to 2019-07-31

Supervisor(s) : Anne-Laure Abraham, Hélène Chiapello, Pierre Nicolas - Team(s): StatInfOmics

GHOUL Amina : Etude de la distribution de longueurs des lectures produites par les technologies de séquençage de 3ème génération - Master 1 Mathématiques et interactions - Université d'Evry Val d'Essonne : from 2019-04-01 to 2019-07-31

Supervisor(s) : Jean-François Gibrat - Team(s): StatInfOmics

GHOULI Zakia : Interface graphique pour l'annotation de films en biologie du développement - DUT informatique 2ème année - Université Paris Sud - Paris Saclay : from 2019-04-01 to 2019-07-31

Supervisor(s) : Alain Trubuil - Team(s): BioSys

NGUYEN-PHAM Khanh-Chi : La caractérisation moléculaire de l’interaction Mfd -Mutation frequency decline et facteur de virulence- avec sa partenaire UvrA, deux protéines bactériennes. - M1 bioinformatique - Université Paris-Diderot : from 2019-04-01 to 2019-07-31

Supervisor(s) : Gwenaelle Andre-Leroux - Team(s): StatInfOmics

PAULAY Amandine : Modélisation de la dégradation des protéines par le microbiote intestinal humain - Master 2 Génomique et Environnement - Université Paris-Saclay : from 2019-01-01 to 2019-07-31

Supervisor(s) : Beatrice Laroche, Marion Leclerc, Simon Labarthe - Team(s): Dynenvie

PINSARD Etienne : Grands graphes aléatoires : simulation et analyse de données pour l'étude d'épidémies - Master 2 systèmes complexes - Université Paris Sud : from 2019-03-01 to 2019-07-31

Supervisor(s) : Elisabeta Vergu - Team(s): Dynenvie

SOUILLOT Mathilde : Modélisation et estimation de l'effet du paysage sur la densité et la diversité d'espèces - M2 - AGROCAMPUS Ouest, Rennes : from 2019-01-01 to 2019-06-30

Supervisor(s) : Florence Carpentier, Katarzyna Adamczyk - Team(s): Dynenvie

MENDOZA Chloe : Modélisation conjointe des différentes voies de transmission spatio-temporelle des maladies infectieuses chez les animaux d’élevages. - 2ème année - INSA : from 2019-04-01 to 2019-07-31

Supervisor(s) : Elisabeta Vergu, Simon Labarthe - Team(s): Dynenvie

2018

BEN SAMIR Inès : Visual representation of resource allocation in living cells - Final project (informatics engineer) - Institut Supérieur des Sciences Appliquées et de Technologie de Sousse : from 2018-03-01 to 2018-09-30

Supervisor(s) : Wolfram Liebermeister - Team(s): BioSys

MESSOUDI Soundouss : Utilisation de méthodes d'apprentissage pour la prédiction de viabilité d'embryons bovins à partir de films révélant le développement précoce des embryons - Master 2 Informatique des Organisations - Informatique. Systèmes Intelligents - Université Paris Dauphine : from 2018-04-01 to 2018-09-30

Supervisor(s) : Alain Trubuil, Alline Paula-Reis - Team(s): BioSys

BRANGER Maxime : Génomique évolutive des souches de Mycobacterium bovis en France depuis 1978. Séquençage et assemblage d'un génome de référence français de Mycobacterium bovis - Licence professionelle génomique - CNAM - ENCPB : from 2017-10-01 to 2018-08-31

Supervisor(s) : Valentin Loux - Team(s): Migale

CHERAL Alann : Inférence par des modèles à effets mixtes d’un modèle de réponse fonctionnelle en écologie - M1 Mathématiques Appliquées - Université Paris Saclay (Univ. Orsay) : from 2018-05-01 to 2018-08-31

Supervisor(s) : Maud Delattre ; Elisabeta Vergu - Team(s): Dynenvie

LASGUIGNES Emilien : Allocations des ressources pour les souches de Streptomyces productrices d'antibiotiques - M2 BioInfo - Université Touloiuse III -Paul Sabatier : from 2018-03-01 to 2018-08-31
Team(s): BioSys

PAME Kévin : Clustering auto-organisé dans un grand réseau dynamique - M2 Ingénierie Mathématique pour les Sciences du Vivant - Université Paris 5 : from 2018-03-01 to 2018-08-31

Supervisor(s) : Madalina Olteanu, Elisabeta Vergu - Team(s): Dynenvie

HARDY Clément : Exploration des Méthodes d'analyse de données compositionnelles pour l'étude du lien entre microbiote instestinal et santé - Master 1 Mathématiques Appliquées - Université Paris Sud : from 2018-05-01 to 2018-08-01

Supervisor(s) : Mahendra Mariadassou, Magali Berland - Team(s): StatInfOmics

BANKOLE Alexia : Programmation d’un outil de construction de matrices d’occurrences de gènes dans des populations de génomes microbiens - L3 en double licence Sciences de la vie et informatique - Université Paris Saclay - Université Evry : from 2018-05-01 to 2018-07-31

Supervisor(s) : Hélène Chiapello, Olivier Inizan - Team(s): StatInfOmics

CHAPUT Maxime : Structure du microbiote intestinal relativement aux fonctions impactant la cholesterolémie de l’hôte - M2 - Master Bioinformatique Paris Saclay : from 2018-02-01 to 2018-07-31

Supervisor(s) : Simon Labarthe, Moez Rhimi (Micalis) - Team(s): Dynenvie

DE MURAT Daniel : Etude comparative d’outils d’analyses de données de séquençage métagénomiques - Master 1 de bioinformatique - Université Paris 7 : from 2018-03-01 to 2018-07-31

Supervisor(s) : Anne-Laure Abraham, Olivier Rué - Team(s): Migale /StatInfOmics

SAMSON Samantha : Identification des homologues structuraux de PknB chez S. thermophilus. Validation in vitro. - Master 1 - Université des Sciences et Techniques de Paris Diderot : from 2018-03-01 to 2018-07-31

Supervisor(s) : Véronqiue Monnet (MICALIS) et Gwenaëlle André-Leroux - Team(s): StatInfOmics

ALBERT Solène : Caractérisation in silico de la structure/fonction/pathogénie de Mfd -Mutation frequency decline- chez diverses souches de B. cereus. Validation in vitro. - Master 2 - Université des Sciences et Techniques de Paris Diderot : from 2017-12-01 to 2018-06-30

Supervisor(s) : Nalini RamaRao (MICALIS) ; Gwenaëlle André-Leroux - Team(s): StatInfOmics

LAYAN Maylis : Induction and mitigation of durable dysbiosis in the gut ecosystem - M2 - ENS Cachan : from 2018-01-01 to 2018-06-30

Supervisor(s) : Maarten Van de Guchte, Béatrice Laroche - Team(s): Dynenvie

DUBUS Nuno : Etude de la transition florale du maïs - L2 Biologie - Paris Sud : from 2018-04-01 to 2018-05-31

Supervisor(s) : Sylvie Huet, Sandra Plancade - Team(s): Dynenvie

DENOEUD Alexis : Caractérisation structurale in silico de FstA de Streptococcus thermophilus - Licence L3 - Faculté des Sciences d'Orsay - Université Paris Sud : from 2018-04-01 to 2018-05-01

Supervisor(s) : Gwenaëlle André-LerouxGwenaëlle André-Leroux - Team(s): StatInfOmics

2017

BELGHITI Mounia : Modélisation prédictive du développemen embryonnaire in vitro et automatisation de l'analyse d'images - Master 2 - Université de Strasbourg : from 2017-03-01 to 2017-09-30

Supervisor(s) : Alain Trubuil (MaIAGE, INRA), Alline de Paula Reis (ENVA/BDR) - Team(s): BioSys

BRAUNE Arthur : Evaluation de l'impact de mélanges de bactéries nageuses sur la diffusion-réaction au sein d'un biofilm - M1 - Centrale Lille : from 2017-05-01 to 2017-09-30

Supervisor(s) : Alain Trubuil, Simon Labarthe, Béatrice Laroche - Team(s): BioSys

DAOUDA OUMOU SALAMA Abdourahim : Modélisation et estimation du phyllochrone du maïs. Etude des effets du génotype et de l'environnement - Master 1 - Institut de Statistique de l'Université Pierre et Marie Curie (ISUP) : from 2017-05-01 to 2017-09-30

Supervisor(s) : Sylvie Huet, Sandra Plancade - Team(s): StatInfOmics

SOLDATKINA Oleksandra : Inférence de modèles d'interactions en écologie microbienne: application aux bactéries du microbiote intestinal - Master 2 - Université Paris Saclay - Orsay : from 2017-05-01 to 2017-09-30

Supervisor(s) : Béatrice Laroche - Team(s): Dynenvie

XIE Hengjia : Analyse statistique des changements métaboliques suite à une perturbation chez la chèvre - M2 - Université Paris-Descartes : from 2017-03-01 to 2017-09-30

Supervisor(s) : Masoomeh Taghipoor, Sandra Plancade, Céline Domange - Team(s): StatInfOmics

ANTHONY Eric : Adaptation, mise en œuvre et comparaison d’algorithmes de recherche de centralité des nœuds dans des graphes temporellement dynamique - M2 Bioinformatique - Université Paris Saclay : from 2017-03-01 to 2017-08-31

Supervisor(s) : Patrick Hoscheit, Elisabeta Vergu - Team(s): Dynenvie

MATRAS Cassandre : Définition d'une typologie des échanges d'animaux en élevages bovins - Master 1 - AgroSup Dijon : from 2017-03-01 to 2017-08-31

Supervisor(s) : Elisabeta Vergu (MaIAGE), Aurélie Courcoul (ANSES) - Team(s): Dynenvie

NARCI Romain : Inférence par des processus de diffusion des paramètres clés des dynamiques épidémiques partiellement observées - M2 MathSV - Université Paris Saclay : from 2017-04-01 to 2017-08-31

Supervisor(s) : Maud Delattre, Catherine Larédo, Elisabeta Vergu - Team(s): Dynenvie

YAGDJIAN Armen : Modélisation de dynamiques d’interactions spatiales en biologie cellulaire à partir de trajectoires 3D+temps mesurées en microscopie - M1 - Université Paris Saclay - Orsay : from 2017-05-01 to 2017-08-31

Supervisor(s) : Béatrice Laroche ; Simon Labarthe ; Alain Trubuil - Team(s): BioSys /Dynenvie

EL-KHIARI Slim : Génomique comparée et reconstruction de voies métaboliques pour le développement d’un milieu de culture sélectif de Enterococcus cecorum - M2 Analyse des génomes - Université UPMC/Institut Pasteur : from 2017-01-01 to 2017-06-30

Supervisor(s) : Valentin Loux (MaIAGE), Pascale Serror (Micalis) - Team(s): Migale

2016

FROUIN Arthur : Modèle de recombinaison dépendente de la distance phylogénétique - M2 Ingéniérie Statistique et Génome - UPSay : from 2016-04-01 to 2016-09-30

Supervisor(s) : Pierre NICOLAS - Team(s): StatInfOmics

JANICOT Stéphane : Modélisation statistique de l’évolution temporelle d’un réseau de commerce : application aux mouvements commerciaux de bovins - Master 2 - Université : from 2016-04-01 to 2016-09-30

Supervisor(s) : Elisabeta Vergu, Benoît Durand (Laboratoire Santé Animale, ANSES Maisons-Alfort) - Team(s): Dynenvie

RASENDRA Marie-Ange : Modélisation de la diffusion dans un biofilm - M1 - Ecole Centrale Marseille : from 2016-06-01 to 2016-09-30

Supervisor(s) : Simon Labarthe, Béatrice Laroche, Alain Trubuil - Team(s): Dynenvie

NARCI Romain : Analyse de sensibilité et méta-modélisation, par simulation, de modèles à sorties spatiales et dynamiques. Application en agronomie. - Master 1 - Université Paris Sud : from 2016-05-01 to 2016-08-31

Supervisor(s) : Hervé Monod, Caroline Bidot - Team(s): Dynenvie

STRAFELLA Loïc : Simulateur de paroi bactérienne - Master 2 - Université Rennes 1 : from 2016-03-01 to 2016-08-31

Supervisor(s) : Marc Dinh, Pierre Flores, Vincent Fromion - Team(s): BioSys

CHAPUIS Emile : Etude d'un jeu de données méta-protéomiques - M1 Mathématiques Appliquées - Université Paris Sud : from 2016-05-01 to 2016-07-31

Supervisor(s) : Sandra Plancade, Sylvie Huet - Team(s): StatInfOmics

LADMIRAL Charles : Modélisation de l'évolution des populations d'un programme de sélection décentralisée et participative sur le blé - Master "Analyse numérique et équations aux dérivées partielles". - Ecole Nationale des Ponts et Chaussées - PariTech : from 2016-04-01 to 2016-07-31

Supervisor(s) : Olivier David - Team(s): Dynenvie

CHARPIGNY Noé : Prise en main de MATLAB. Etude d'une bibliothèque de fonctions sur les graphes. Programmation d'un algorithme de partitionnement de volume. Application à la division cellulaire - BAC +3 - Ecole Centrale de Lille : from 2016-01-01 to 2016-02-29

Supervisor(s) : Alain Trubuil - Team(s): BioSys

DEDECKER Anatole : Stagiaire de 3ème - Collège - Collège Evariste Galois : from 2016-02-01 to 2016-02-01

Supervisor(s) : Eric Monvert - Team(s): LogInf

2015

MERMER Feyza : Stage M1 : Analyse bayésienne des données d'un projet de sélection décentralisée et participative sur le blé tendre - M1 Ingénierie Mathématique - Université Paris Sud : from 2015-04-01 to 2015-08-31

Supervisor(s) : O. David (MaIAGE), I. Goldringer et P. Rivière (INRA Moulon) - Team(s): Dynenvie

PATERNINA Janio : Caractérisation in silico du récepteur olfactif PSGR - M1 BSSM - Génie Physiologique, Biotechnologique Informatique - Université de Poitiers : from 2015-06-01 to 2015-08-31

Supervisor(s) : Gwenaëlle André-Leroux - Team(s): StatInfOmics

SHI Xiaohan : Modélisation et estimation de l'abondance d'hippocampes sur le bassin d'Arcachon et l'étang de Thau en fonction de l'habitat - Master 2 Mathématiques appliquées - Ecole Polytechnique : from 2015-03-01 to 2015-07-31

Supervisor(s) : Sylvie Huet - Team(s): StatInfOmics

TOMASEVIC Milica : Analyse de sensibilité et méta-modélisation par simulation, de modèles à sorties spatiales et dynamiques - Application en Agronomie - Master 2 Mathématiques - Université de Nice : from 2015-03-01 to 2015-07-31

Supervisor(s) : Sylvie Huet, Marie-Luce Taupin - Team(s): Dynenvie

REZGUI Imane : Collaboration avec l'Université de Mentouri à Constantine en Algérie - Etudiante en thèse - Université de Constantine : from 2015-05-01 to 2015-06-30

Supervisor(s) : Hervé Monod (MaIAGE) - Team(s): Dynenvie

2014

PEILLET Stéphane : Intégration d'outils et de workflows dans Galaxy : contrôle qualité et amélioration de la reproductibilité - Master 2 CI - ESME SUDRIA : from 2014-04-01 to 2014-09-30

Supervisor(s) : Sandra Derozier, Valentin Loux, Franck Samson - Team(s): Migale /StatInfOmics

GEERAERT Sébastien : Construction et implémentation d’un modèle d’épidémiologie économique fondé sur des réseaux dynamiques et adaptatifs - 3ème année (M1) - Ecole Polytechnique : from 2014-04-01 to 2014-08-31

Supervisor(s) : Mathieu Moslonka-Lefebvre, Patrick Hoscheit, Elisabeta Vergu - Team(s): Dynenvie

PRIVAT Martin : Logiques cis-régulatrices dans le développement du cerveau moyen - Licence 3 - ENS - Lyon : from 2014-06-01 to 2014-08-31

Supervisor(s) : Pierre Nicolas, Sophie Schbath - Team(s): StatInfOmics

2013

GUARRACINO Yann : Implémentation de workflows ngs dans un environnement galaxy - Master 1 : Biologie - Informatique - Université Paris Diderot - Paris7 : from 2013-03-01 to 2013-05-31

Supervisor(s) : Sandra Derozier, Valentin Loux - Team(s): Migale /StatInfOmics

2012

PAIN Adrien : Typage Bactérien basé sur le pan-génome - Master 2 - Université Paris Diderot : from 2012-03-01 to 2012-08-31

Supervisor(s) : Mahendra Mariadassou, Philippe Bessières - Team(s): StatInfOmics

BEN HASSINE Najla : Etude de l'influence du microbiote intestinal sur l'axe hypothalamo-hypophyso-surrénalien dans le cas du stress aigu chez le rat par des approches : protéomique, transcriptomique et bioinformatique - Master 2 Génomique et Post Génomique Spécialité Génie Biologique et Informatique - Université d'Evry Val d'Essonne : from 2012-01-01 to 2012-07-31

Supervisor(s) : Sandra Derozier, Franck Samson - Team(s): Migale

BLIN Camille : Étude de la diversité génétique de souches de Lactobacillus delbrueckii et Propionibacterium Freudenreichii et lien avec leurs propriétés probiotiques - Master Biosciences - ENS Lyon : from 2012-02-01 to 2012-06-30

Supervisor(s) : Mahendra Mariadassou, Philippe Bessières - Team(s): StatInfOmics

REBOUL Guillaume : Implémentation et mise en place d'un Genome Browser pour la truite arc-en-ciel - DUT Génie biologique, option Bio-informatique - IUT Aurillac : from 2012-04-01 to 2012-06-30

Supervisor(s) : Sandra Derozier - Team(s): Migale