Post-doc

Description du projet ou de l’opération de recherche : 

L’enjeu de ce postdoctorat porte sur l’optimisation du ciblage de mesures préventives, avec un accent spécifique mis sur la vaccination et les levées de restrictions associées. Dans ce cadre, je voudrais profiter de l’accès à une structuration des liens entre individus bien plus détaillée, en m'appuyant sur les derniers modèles individu-centrés proposés dans l'élan de recherche contre la Covid.

Le projet porte sur l'extension de l'outil de recherche et d'analyse des éléments mobiles conjugatifs "ICEScreen".

L'extension portera sur une recherche d'éléments plus diverses (éléments conjugatifs, IME et ICE) au delà du phylum des Firmicutes (Bacillota), ainsi que sur l'étude du bornage de ces éléments dans leur contexte génomique.

Il s'agit ici d'aborder différentes questions liées à la stabilité des réseaux métaboliques présents dans les bactéries, en intégrant explicitement les aspects touchant à la régulation  génétique.

Développement d'une méthode semi-supervisée pour étiqueter des termes de textes par les concepts d'une ontologie. La méthode génère par word embeddings des représentations vectorielles continues des termes complexes dans un espace sémantiquement structuré par l'ontologie du domaine. Ces vecteurs sont plongés dans l'espace vectoriel construit à partir de la structure de l’ontologie. Le plongement est obtenu par entraînement d’un modèle. Le calcul de distance entre vecteurs de termes et vecteurs de concepts détermine ensuite l'étiquetage ontologique des termes.