Contexte scientifique Accompagner le changement des pratiques agricoles vers une moindre dépendance aux pesticides nécessite d’identifier les déterminants de stratégies de gestion durable des maladies. Pour ce faire, il apparaît comme nécessaire de changer d’échelles : passer de l’étude d’une maladie à l’ensemble du cortège d’agents pathogènes touchant une culture et de considérer la parcelle au sein de son paysage environnant.
Les insectes pollinisateurs sauvages assurent une fonction essentielle au sein des agroécosystèmes : la pollinisation des plantes à fleurs et des cultures. Cependant, les populations d’insectes sont en fort déclin, déclin imputé à différents facteurs anthropiques. Parmi les facteurs anthropiques, l’utilisation de pesticides serait un des facteurs majeurs. Les connaissances sur l’exposition des pollinisateurs sauvages aux pesticides et les effets de cette exposition en conditions naturelles restent cependant éparses.
Contexte Le stage fait partie du projet d’épidémiosurveillance «PHEROSENSOR » 1. Ce projet a pour l’objectif le développement des capteurs innovants pour la détection des insectes nuisibles, basés sur des récepteurs phéromonaux.
Contexte scientifique
Les récents progrès des technologies de séquençage ont permis des avancées importantes dans l’étude du rôle des communautés microbiennes. Les analyses de gènes marqueurs de ces communautés, tel que le gène de l’ARN ribosomique 16S chez les bactéries, permettent d’explorer cette diversité microbienne et mettent en évidence leur rôle au sein des environnements. Dans ce contexte, l’outil FROGS a été développé afin de pouvoir exécuter l’ensemble des étapes de traitement de ces données.