Les objectifs de l'École-Chercheurs sont de (1) s’approprier les concepts d’écologie et plus particulièrement d’écologie microbienne et les partager grâce à un vocabulaire commun, (2) d'optimiser l’exploitation des données massives hétérogènes et proposer des approches d’analyse génériques et enfin (3) stimuler l’émergence de nouveaux projets transdisciplinaires.