Mathématiques et Informatique Appliquées
du Génome à l'Environnement

 


Gestionnaire de données du projet Ferments du Futur

Durée
6 ans 1/2 (contrat de mission scientifique)
Date de début
Date limite de candidature

Contexte :

Votre mission, les objectifs qui vous seront fixés et les activités qui en découlent s’inscrivent principalement dans le cadre du projet Grand Défi Ferments du Futur, dont la durée prévisionnelle est de 10 ans, un programme de recherche-innovation ambitieux de la stratégie nationale d’accélération « alimentation durable et favorable à la santé » de France 2030 (https://www.fermentsdufutur.eu). Co-piloté par INRAE et doté de financements publics à hauteur de 48,3 millions d’euros, ce consortium public-privé de 42 partenaires réunit des établissements d’enseignement supérieur et de recherche et des partenaires industriels dans le domaine des ferments et des aliments fermentés. 

Sous le pilotage fonctionnel du responsable du projet Ferments du Futur, vous serez rattaché-e administrativement à l’unité de recherche MaIAGE dans laquelle vous exercerez vos missions au sein de la plateforme bioinformatique plateforme bioinformatique Migale. Migale opère l’infrastructure informatique du projet Ferments du Futur et coordonne le développement informatique de l’entrepôt de données visant à rassembler toutes les informations sur les micro-organismes et les consortia microbiens pouvant intervenir dans la fermentation des aliments. Ces données sont de nature variée --- omiques, phénotypiques, capacités métaboliques, etc. --- et alimenteront les approches prédictives développées dans le projet pour la conception de nouveaux aliments fermentés. Cet entrepôt de données sera accompagné d’une interface conviviale permettant une intégration simple des données, une exploration fine des données par les biologistes et un requêtage efficace pour les algorithmes d’apprentissage.

Missions :

Sous la responsabilité scientifique du responsable opérationnel de la plateforme Migale, vous serez principalement en charge de la gestion des données produites dans le projet. Vous travaillerez en étroite collaboration avec les deux développeurs de l’entrepôt et avec l’ingénieur-e en bioinformatique en charge de développer des pipelines pour la production de données secondaires. Vous aurez en charge de définir les processus d’alimentation et de curation des données de l’entrepôt.

Vos principales activités seront :

  • Participer à l’élaboration et piloter la stratégie de gestion des données de l’entrepôt. 
  • Évaluer, comparer et choisir, éventuellement faire évoluer les ontologies métiers nécessaires à la description des données produites dans les projets Ferments du Futur. 
  • Accompagner les porteurs de projets financés par le Grand Défi dans la gestion de leurs données et la mise en place de leur Plan de Gestion de Données. 
  • Rédiger et mettre à niveau les documentations techniques et fonctionnelles concernant l’alimentation de l’entrepôt. 
  • Organiser le suivi de la qualité des données dans l’entrepôt. 
  • Participer à la conception et à la conduite des actions de formation.

Vous serez amené-e à interagir régulièrement avec les groupes de travail autour des données qui centralisent les besoins en termes de gestion des données produites et traitées dans Ferments du Futur. Vous interagirez également avec les autres personnels Ferments du Futur au sein des unités de la plateforme distribuée et du centre d’innovation Ferments du Futur, sous la coordination du directeur des opérations et technologies Ferments du Futur. 

Vous consacrerez environ 20% de votre temps sur des activités de la plateforme Migale en lien avec vos compétences et affinités, afin de garantir une bonne articulation entre vos activités Ferments du Futur et votre équipe d’accueil. À ce titre, vous serez intégré dans le CATI BOOM et serez encouragé-e à participer aux réseaux métiers nationaux.

Compétences :

Formation recommandée : Master en informatique/bioinformatique avec un fort intérêt pour la gestion de données, ou Master en biologie ou sciences documentaires avec une forte appétence pour l’informatique.

Connaissances souhaitées : 

  • Gestion des flux, des imports et exports des données. 
  • Formats de données et des règles. 
  • Administration et curation d’entrepôt de données : validation des métadonnées, des données déposées par les utilisateurs ; gérer les droits et autorisations des utilisateurs. 
  • Méthode de gestion de projets 
  • Principes de la science ouverte : aspects réglementaires, RGDP, cyber-sécurité 
  • Maîtrise du français, de l’anglais (C1)

Expérience appréciée : 

  • Participation au développement de systèmes d’information. 
  • Projets pluridisciplinaires si possible en biologie, microbiologie ou génomique.

Aptitudes recherchées : 

  • Curiosité pour la donnée scientifique 
  • Capacité à travailler en équipe, y compris à distance 
  • Sens de l’écoute, bon relationnel 
  • Bonne gestion de son temps 
  • Bonnes capacités rédactionnelles + vulgarisation + esprit de synthèse 
  • Communication 
  • Rigueur

Modalités d'accueil :

  • Unité de rattachement (lieu d’exercice) : UR1404 MaIAGE (Mathématiques et Informatique Appliquées, du Génome à l’Environnement), Centre INRAE, Domaine de Vilvert, bât 233, 78350 Jouy-en-Josas 
  • Département de rattachement : Mathématiques et Sciences du Numérique (MathNum) 
  • Unité de pilotage fonctionnel : Unité de service Ferments du Futur 
  • Type de contrat : Contrat de mission scientifique 
  • Date d’entrée en fonction : à partir du 1er juillet 2024 
  • Durée du recrutement : 6,5 ans 
  • Rémunération : à partir de 2245€ brut mensuel (négociable selon expérience) 
  • Catégorie : A 
  • Corps : IE 

Modalités pour postuler :

  • Envoyer un CV détaillé et une lettre de motivation expliquant en quoi votre profil correspond parfaitement au poste ; vous mettrez en exergue vos compétences et expériences passées qui vous semblent être des atouts indéniables pour le poste. 
  • Par mail à Valentin Loux, responsable de la plateforme Migale : valentin.loux@inrae.fr 
  • Date limite pour postuler : 30 juin 2024 

En savoir plus : 

Contact
Valentin Loux, valentin.loux@inrae.fr
Sophie Schbath, sophie.schbath@inrae.fr