Mathématiques et Informatique Appliquées
du Génome à l'Environnement

 


Bioinformaticien-ne au sein du projet Ferments du Futur

Durée
8 ans (contrat de mission scientifique)
Date de début
Date limite de candidature

Contexte :

Votre mission, les objectifs qui vous seront fixés et les activités qui en découlent s’inscrivent principalement dans le cadre du projet Grand Défi Ferments du Futur, dont la durée prévisionnelle est de 10 ans, un programme de recherche-innovation ambitieux de la stratégie nationale d’accélération « alimentation durable et favorable à la santé » de France 2030 (https://www.fermentsdufutur.eu). Co-piloté par INRAE et doté de financements publics à hauteur de 48,3 millions d’euros, ce consortium public-privé de 42 partenaires réunit des établissements d’enseignement supérieur et de recherche et des partenaires industriels dans le domaine des ferments et des aliments fermentés. 

Sous le pilotage fonctionnel du responsable du projet Ferments du Futur, vous serez rattaché-e administrativement à l’unité de recherche MaIAGE dans laquelle vous exercerez vos missions au sein de la plateforme bioinformatique Migale. Migale opère l’infrastructure informatique du projet Ferments du Futur et coordonne le développement informatique de l’entrepôt de données visant à rassembler toutes les informations sur les micro-organismes et les consortia microbiens pouvant intervenir dans la fermentation des aliments. Ces données sont de nature variée --- omiques, phénotypiques, capacités métaboliques, etc. --- et alimenteront les approches prédictives développées dans le projet pour la conception de nouveaux aliments fermentés. Cet entrepôt de données sera accompagné d’une interface conviviale permettant une intégration simple des données, une exploration fine des données par les biologistes et un requêtage efficace pour les algorithmes d’apprentissage. 

Missions :

Sous la responsabilité scientifique du responsable opérationnel de la plateforme Migale, vous serez principalement en charge de la mise en place des procédures d’analyses bioinformatiques standardisées proposées aux utilisateurs de l’entrepôt.

Vous travaillerez en étroite collaboration avec les deux développeurs de l’entrepôt et avec le data steward en charge de la gestion et de la curation des données du projet. Vous aurez en charge de concevoir, tester et mettre à disposition les workflows d’analyse, de visualisation et de production de données secondaires de l’entrepôt. 

Vos principales activités seront :

  • Identifier les types d’analyses à mettre à disposition des utilisateurs de l’entrepôt.
  • Choisir, adapter ou développer, puis appliquer les méthodes, outils et workflows d'analyses bioinformatiques sur des jeux de données publics, de test ou générés dans les projets de Ferments du Futur.
  • Mettre à disposition ces workflows dans des interfaces accessibles à des utilisateurs non experts.
  • Rédiger et mettre à niveau les documentations techniques et fonctionnelles concernant la mise à disposition de workflows au sein de l’entrepôt.
  • Accompagner des développeurs extérieurs dans l’interfaçage de leurs workflows avec l’entrepôt.
  • Participer à la conception et au développement des interfaces de mise à disposition des résultats.
  • Participer à la conception et à la conduite des actions de formation à destination des utilisateurs des workflows proposés.

Vous serez amené-e à interagir régulièrement avec les groupes de travail autour des données qui centralisent les besoins en termes de gestion des données produites et traitées dans Ferments du Futur. Vous interagirez également avec les autres personnels Ferments du Futur au sein des unités de la plateforme distribuée et du centre d’innovation Ferments du Futur, sous la coordination du directeur des opérations et technologies Ferments du Futur. 

Vous consacrerez environ 20% de votre temps sur des activités de la plateforme Migale en lien avec vos compétences et affinités, afin de garantir une bonne articulation entre vos activités Ferments du Futur et votre équipe d’accueil. À ce titre, vous serez intégré dans le CATI BOOM et serez encouragé-e à participer aux réseaux métiers nationaux.

Compétences :

Formation recommandée : Master 2 en bioinformatique. 

Connaissances souhaitées : 

  • Analyse bioinformatique de données omiques (principalement génomiques, transcriptomiques et métabolomiques) ; une expérience dans la reconstruction de voies métaboliques serait un plus. 
  • Maîtrise d’au moins un langage de programmation (Python, R). 
  • Connaissance d’un outil de gestion de pipelines (Snakemake, Nextflow). 
  • Maîtrise du français, de l’anglais (C1) 

Expérience appréciée : 

  • Projets pluridisciplinaires si possible en biologie, microbiologie ou génomique 
  • Expérience de projet multi-omiques. 
  • Développement de composants ou workflows Galaxy 

Aptitudes recherchées : 

  • Capacité à travailler en équipe, y compris à distance 
  • Sens de l’écoute, bon relationnel 
  • Appétence pour la formation 
  • Bonne gestion de son temps 
  • Rigueur

Modalités d'accueil :

  • Unité de rattachement (lieu d’exercice) : UR1404 MaIAGE (Mathématiques et Informatique Appliquées, du Génome à l’Environnement), Centre INRAE, Domaine de Vilvert, bât 233, 78350 Jouy-en-Josas 
  • Département de rattachement : Mathématiques et Sciences du Numérique (MathNum) 
  • Unité de pilotage fonctionnel : Unité de service Ferments du Futur 
  • Type de contrat : Contrat de mission scientifique 
  • Date d’entrée en fonction : à partir du 1er juillet 2024 
  • Durée du recrutement : 8 ans 
  • Rémunération : à partir de 2245€ brut mensuel (négociable selon expérience) 
  • Catégorie : A 
  • Corps : IE 
  • Métier : « Développeur-euse » (emploi-type E2C45) 

Modalités pour postuler :

  • Envoyer un CV détaillé et une lettre de motivation expliquant en quoi votre profil correspond parfaitement au poste ; vous mettrez en exergue vos compétences et expériences passées qui vous semblent être des atouts indéniables pour le poste. 
  • Par mail à Valentin Loux, responsable de la plateforme Migale : valentin.loux@inrae.fr 
  • Date limite pour postuler : 30 juin 2024 

En savoir plus : 

Contact
Valentin Loux, valentin.loux@inrae.fr
Sophie Schbath, sophie.schbath@inrae.fr