Contexte scientifique Accompagner le changement des pratiques agricoles vers une moindre dépendance aux pesticides nécessite d’identifier les déterminants de stratégies de gestion durable des maladies. Pour ce faire, il apparaît comme nécessaire de changer d’échelles : passer de l’étude d’une maladie à l’ensemble du cortège d’agents pathogènes touchant une culture et de considérer la parcelle au sein de son paysage environnant. Si de nombreuses études ont montré l’intérêt de ces approches pour la gestion des ravageurs, les co-occurrences d’agents pathogènes ont été jusqu’à présent très peu étudiées. Ceci s’explique à la fois par la difficulté d’obtenir des données d’observation simultanées des différentes maladies à une échelle spatiale et temporelle suffisamment fine mais aussi par la complexité d’analyse de telles données. L’objectif de ce stage est de comparer les résultats issus de différentes méthodes d’analyse permettant de comprendre le rôle des facteurs influant sur les patrons de co-occurrences. Les déterminants de la cooccurence de pathogènes peuvent être analysés avec des méthodes simples où l’information est résumée, i.e. des modèles de régression expliquant des indices univariés représentant la distribution multivariée des espèces (indices de diversité des communautés). Il existe aussi des méthodes plus complexes modélisant les abondances dans le temps et l’espace de manière indépendante entre espèces (modèle de distribution d’une espèce) ou non (modèles de distribution jointes d’espèce ou de multi-espèces, JDSM ou mJDSM). Le ou la stagiaire mobilisera des données simulées de cooccurrence de maladies pour comparer les résultats de méthodes simples et plus complexes afin de comparer la puissance de ses méthodes à identifier les facteurs influents, dans le cas d’un échantillonnage distribué dans un espace partiellement observé. Ces méthodes seront ensuite appliquée à des données de terrains originales regroupant l’observation de 8 maladies observées sur 58 parcelles, trois fois dans l’année dans le but (1) d’identifier les cooccurrences des maladies fongiques et virales dans les systèmes céréaliers, d’analyser les effets (2) des pratiques agricoles locales et (3) du paysage sur ces cooccurrences.