Durée
5 à 6 mois
Date de début
Date limite de candidature

Contexte :

L'Armillaire du pin maritime est un champignon-parasite observé dans
la forêt des Landes.  Parmi les espèces d'Armillaire, Armillaria
 ostoyae
constitue une menace importante pour les forêts de
résineux, en infectant les racines de ces arbres et provoquant leur
mort à plus ou moins brève échéance. Compte tenu de forts enjeux
économiques, l'élaboration des stratégies de lutte contre le
champignon est à l'origine de la démarche scientifique pour comprendre
les mécanismes de propagation de la maladie. La proposition de stage s'inscrit dans cette optique.

Missions :

Un modèle de champs aléatoires de Gibbs est proposé pour décrire la propagation de la maladie
et fera l'objet de l'analyse statistique à partir de données expérimentales. Le travail de stage consistera tout d'abord à préciser le modèle : spécifier la notion de voisinage et proposer les termes de la fonction de potentiel qui tiennent compte des hypothèses biologiques sur le mode de propagation
de l'armillaire.  Les paramètres du modèle seront estimés par la méthode de maximum de
pseudo-vraisemblance  et les tests d'hypothèses basés sur les résultats asymptotiques  seront effectués.  Le simulateur du modèle basé sur les algorithmes MCMC sera mis en place. Il sera utilisé pour valider le modèle sur l'ensemble de données de propagation de l'armillaire récemment acquises.

Compétences :

Une formation en mathématiques appliquées/statistiques ou une
formation en agronomie avec des bonnes connaissances en statistiques.
La connaissance de R ou un autre langage de programmation est
demandée.  L'expérience dans l'analyse des données spatiales (spatio-temporelles) sera un atout.

Laboratoire d'accueil Le stage sera réalisé à l'Institut Ellie Cartan de Lorraine, localisé à Nancy.
Il sera encadré par Katarzyna Adamczyk (INRAE/Inria-Pasta) et Radu Stoica (IECL/Inria-Pasta).  Les interactions fortes sont à prévoir  avec les chercheurs de l'équipe``Génétique
et écologie des maladies des forêts'' de l'UMR BIOGECO à Bordeaux.

En savoir plus
Contact
Katarzyna.Adamczyk@inrae.fr