Sujet
Etude des flux de souches bactériennes et de gènes d'antibiorésistance dans des données métagénomiques de microbiote de poulet
Date de début
Date de fin
Encadrant(s)
Anne-Laure Abraham, Guillaume Kon-Kam-King, Hélène Chiapello, Pierre Nicolas

Equipe(s)

Contrat de recherche
Consortium industriel MetaChick
Description/résumé

Ce projet a pour objectif l’étude des transmissions verticales et horizontales de gènes de résistance aux antibiotiques du microbiote intestinal, par le suivi de 12 familles sur trois générations successives de poulets de chair issus du même lot parental et élevés dans deux environnements expérimentaux différents (dits « reproduction » ou « testage ») calqués sur la structuration de la filière avicole. Ce design expérimental nous permettra d’établir quelles sont les sources majoritaires dans la constitution du microbiote aviaire, en comparant les microbiotes d’individus d’une même famille (transmission verticale) aux microbiotes animaux élevés dans le même environnement (source environnementale géographique, par exemple liée à la persistance dans les bâtiments d’élevage) et aux microbiotes d’animaux de générations successives (source environnementale temporelle, par exemple liée aux manipulateurs). Cette étude des flux au sein de la filière sera menée d’une part pour le microbiote en général et d’autre part pour les gènes de résistance aux antibiotiques, dont les modalités sont légèrement différentes.