Equipe(s)

Agence de moyen

Etat

Titre du projet
Mieux comprendre les émergences virales : analyse phylodynamique de deux virus de plantes
Nom de l'appel d'offre
Appel à propositions SumCrop 2020
Coordinateur.trice
P. Hoscheit (MaIAGE)
Participants de MaIAGE
P. Hoscheit
Partenaires (hors MaIAGE)
Pathologie Végétale (INRAE Avignon)
Année de démarrage - Année de fin de projet
2020-2021
Date de fin du projet
Résumé
Ce projet interdisciplinaire vise à étudier la propagation de deux virus de plantes : le cucumber mosaic virus (CMV) et le watermelon mosaic virus (WMV). En utilisant les approches phylodynamiques récemment développées en épidémiologie humaine, nous voulons comprendre l'impact des différents facteurs affectant la propagation du virus (dynamique spatiotemporelle, la biodiversité des espèces infectées et la présence de facteurs de résistance chez certaines espèces) sur la diversité génétique observée. Dans le cas du WMV, le projet se focalisera sur l'invasion récente du Sud de la France par des souches très agressives. Pour le CMV, nous étudierons les différentes introductions de souches dites 1B hors d'Asie. D'un point de vue méthodologique, ce projet vise également à identifier les obstacles à la généralisation de telles méthodes statistiques au cas d'autres phytovirus, notamment les problèmes posés par l’existence de génomes segmentés et de réassortiment viral (chez le CMV).
Année de soumission
2020