TANDEM
- INRAE Métaprogramme- projets-phares HOLOFLUX- (2021-2023)
Titre : TrAnfers iN Dairy systEM
Participants : M. Mariadassou, A-L. Abraham, H. Chiapello, P. Nicolas, G. Kon-Kam-King - Equipe(s) : Migale / StatInfOmics
Partenaires : UR OPAALE, UMR Agroécologie, UREP, UMRH, UMR MEDIS, UMRF, UR LBE, UE Herbipôle, UMR Territoires, UMR Innovation
Coordinateur : C. Delbès, UMR Fromage, Aurillac

COOPERATE
- UPSACLAY : POC IN LABS- (2020-2021)
Titre : Bactéries COmmensales en mélange pour améliorer la résistance à la cOlonisation du
microbiote intestinal afin de Prévenir ou limiter la prolifération et la persistance des Entérocoques dont
ceux Résistants à la vancomycine après dysbiose AnTibiotiquE

Participants : B. Laroche, V. Loux, O. Rué - Equipe(s) : Dynenvie / Migale
Partenaires : MICALIS
Coordinateur : L. Rigottier-Gois (MICALIS, INRAE, Jouy)

BEYOND
- ANR- Programme Prioritaire de Recherche Cultiver et protéger autrement- (2020-2024)
Titre : Building epidemiological surveillance and prophylaxis with observations both near and distant
Participants : C. Nédellec, R. Bossy, L. Deléger, V. Loux, M. Ba - Equipe(s) : Bibliome / Migale
Partenaires : INRAE BioSP, INRAE Ecodev, IRSTEA-Montpellier Tetis, IRSTEA-Clermont-Ferrand TSCF, CIRAD/SupAgro/INRAE: Biology and Genetics of Plant-Pathogen Interaction, INRAE-Bordeaux: Fruit Biology and Pathology, .......
Coordinateur : Cindy Morris, (Plant Pathology Research Unit 407 INRAE, Avignon)

cAVIAR
- Appel à projets 2018 du plan Ecoantibio 2- (2019-2022)
Titre : cAVIAR : Enterococcus cecorum : Analyse de la VIrulence et de l’AntibioRésistance
Participants : V. Loux - Equipe(s) : Migale
Partenaires : Unité Mycoplasmologie Bactériologie et Antibiorésistance (Ploufragan), Micalis (Jouy en Josas)
Coordinateur : I. Kempf (Anses, Ploufragan)

CARE
- H2020- European Joint project One Health- (2020-2022)
Titre : Cross-sectoral framework for quality Assurance Resources for countries in the European Union
Participants : Michel-Yves Mistou, Forum Shah - Equipe(s) : Migale / StatInfOmics
Partenaires : DTU (Copenhage), Institut Pasteur (Pasteur), ANSES (Maisons-Alfort), PIWET (Varsaw),
Coordinateur : Rene Hendriksen

MuDiS4LS
- ANR- PIA3 / Appel à manifestations d’intérêt ESR-EquipEx+- (2021-2028)
Titre : Espaces numériques mutualisés pour des données FAIR en biologie-santé
Participants : V. Loux, O. Rué, D. Berry, M. Ba, H. Chiapello, C. Midoux - Equipe(s) : Migale
Partenaires : 17 partenaires
Coordinateur : J. van Helden (IFB)

EggToMeat
- INRAE Métaprogramme- HOLOFLUX (2021-2023)
Titre : Impact de l’environnement d’élevage sur les flux bactériens en lien avec la santé, la robustesse des animaux et la qualité des produits chez le poulet de chair
Participants : B. Laroche, M. Mariadassou, V. Loux - Equipe(s) : Dynenvie / Migale / StatInfOmics
Partenaires : MICALIS, GABI, BOA, PEAT, EASM, ITAVI, ISP, SECALIM
Coordinateur : M. Zagorec (SECALIM, Nantes)

MetaSimFood
- ANR- ANR Blanche
Défi et/ou Axe : Axe 1.5 Alimentation et Systèmes Alimentaires
(2021 - 2025)
Titre : Improving the quality, safety and sustainability of fermented vegetable food and fruit beverage using a knowledge-driven synthetic ecology and modelling approach

Participants : M. Mariadassou, V. Loux, O. Rué - Equipe(s) : Migale / StatInfOmics
Partenaires : Micalis (INRAE Jouy-en-Josas), SayFood (INRAE Versailles), Aérial (ITAI, Illkirch), UR Oenologie (Univ. Bordeaux), STLO-CIRM (INRAE, Rennes)
Coordinateur : S. Chaillou (Micalis, INRAE)

Meta PDO cheeses
- France Génomique- (2017-2021)
Titre : Nature et rôle des moteurs biotiques dans la construction des communautés microbiennes des fromages traditionnels
Participants : A.-L. Abraham, V. Loux, M. Mariadassou, O. Rué - Equipe(s) : Migale / StatInfOmics
Partenaires : INRA GMPA, INRA URF, INRA MICALIS, Genoscope, RMT Fromages de Terroir, CNAOL , CNIEL
Coordinateur : F. Irlinger (INRA, Grignon) ; C. Delbès (INRA, Aurillac)

µFlyAdapt
- INRAE Métaprogramme- AMI 2019 Holoflux - lettre d'intention- (2020-2021)
Titre : Rôle des interactions plantes-microbiotes dans l’adaptation d’un insecte ravageur à son hôte
Participants : V. Loux, O. Rué - Equipe(s) : Migale
Partenaires : IGEPP (Rennes), GenoSol (Dijon)
Coordinateur : C. Mougel (IGEPP, Rennes)

HoloOligo
- ANR- Biologie des animaux, des organismes photosynthétiques et des microorganismes(2021-2024)
Défi et/ou Axe : CE20
(2022-2025)
Titre : Structure diversity, functionality and modulation of milk oligosaccharides in monogastric livestock species: towards optimal development of rabbit and pig holobionts
Participants : Valentin Loux, Mouhamadou Ba, Claire Nédellec, Robert Bossy, Louise Deléger - Equipe(s) : Bibliome / Migale
Partenaires : GenPhySE, PEGASE, MICALIS, GABI, LEMM-CEA, IE PECTOUL, UE3P
Coordinateur : Sylvie Combes (GenPhySE, INRAE)

TIERS-ESV
- INRAE- IB2021- (2021)
Titre : Traitement de l’Information et Expertise des Risques Sanitaires pour l’Epidémiosurveillance en Santé Végétal
Participants : Claire Nédellec, Louise Deléger, Robert Bossy, Mouhamadou Ba - Equipe(s) : Bibliome / Migale
Partenaires : BioSP, PV SPE, DipSO Num4Sci
Coordinateur : Marie Grosdidier