Mathématiques et Informatique Appliquées
du Génome à l'Environnement

 

 

  1. Accueil

Vergu Elisabeta

 

Coordonnées

  Email : elisabeta.vergu at inrae.fr
Adresse : INRAE - Unité MaIAGE
                 Bâtiment 210
                 Domaine de Vilvert
                 78350 Jouy-en-Josas
Tél : +33 (0)1 34 65 29 48
Secrétariat : +33 (0)1 34 65 28 86		 Elisabeta Vergu

Cursus

Après des études d'ingénieur à l'INSA-Lyon (département biosciences) et de mathématiques à l'Université Claude Bernard-Lyon 1, j'ai obtenu mon doctorat en biomathématiques en 2003 de l'Université Pierre et Marie Curie, Paris 6 et j'ai poursuivi mes recherches en tant que post-doctorante à l'Inserm, dans l'unité qui est devenue aujourd'hui l'Institut Pierre Louis d'Épidémiologie et de Santé Publique, Paris.

J'ai intégré l'INRA en 2005 en tant que chargée de recherche dans l'unité MIA de Jouy-en-Josas, devenue après fusion l'unité MaIAGE. Depuis janvier 2018 je suis DR2 dans cette unité, où je suis responsable depuis 2014 de l'équipe Dynenvie.

Thèmes de recherche

Modélisation dynamique et mécaniste en biologie des populations : aspects méta-populationnels liés à l’intégration de phénomènes à différentes échelles ; processus stochastiques sur réseaux de contact dynamiques ; inférence. Applications en épidémiologie, écologie, agronomie.

Projets de recherche financés (en cours)

  • MIDIIVEC (Modélisation et inférence de la dynamique d’infection intra-vecteur à partir de données expérimentales), MP INRAE DigitBio, 2022-2024. (responsables G. Beaunée, INRAE-Oniris Nantes et V. Raquin EPHE-PSL Lyon).
  • PARTHAGE (Predicting antibiotic resistance transmission within and between humans by combining mathematical modelling, genomics and epidemiology), ANR, 2022-2027. (responsable L. Opatowski, UVSQ, Institut Pasteur). Responsable de WP.
  • MICROMOD (Modelling the role of microbiota in the acquisition and transmission of antibiotic resistant pathogenic bacteria), IC INCEPTION, 2022-2024. Co-responsable du projet avec L. Opatowski (UVSQ, Institut Pasteur).
  • PheroSensor (Early detection of pest insects using pheromone receptor-based olfactory sensors), ANR "Protéger et cultiver autrement", 2021-2026. (responsable P. Lucas, INRAE Versailles).

Encadrement de doctorants

  • Andrée Barnier (2022-2025) Modèles probabilistes spatialisés pour la propagation de pathogènes par les mouvements commerciaux d’animaux. Université Paris-Saclay, ED Mathématiques Hadamard. Co-encadrement avec P. Hoscheit (INRAE, Jouy-en-Josas).
  • Madeleine Kubasch (2021-2024) Modèles structurés multi-niveaux de dynamiques épidémiques. Institut Ppolytechnique de Paris, ED Mathématiques Hadamard. Co-encadrement avec V. Bansaye (École Polytechnique).
  • Henri Mermoz Kouye (2019-2022) Analyse de sensibilité basée sur les indices de Sobol pour modèles à sorties stochastiques et fonctionnelles. Université Paris-Saclay, ED Mathématiques Hadamard. Co-encadrement avec G. Mazo (INRAE, Jouy-en-Josas) et C. Prieur (Université Grenoble Alpes).
  • Lina Cristancho Fajardo (2019-2022) Modélisation des épidémies se propageant sur des réseaux de commerce d'animaux, intégrant la prise de décision par les éleveurs, pour évaluer des stratégies de lutte contre les maladies enzootiques. AgroParisTech, ED ABIES. Co-encadrement avec P. Ezanno (INRAE-Oniris, Nantes).
  • Romain Narci (2018-2021). Inférence dans des modèles de diffusion à effets mixtes pour des dynamiques épidémiques récurrentes et multisite. Université Paris-Saclay, ED Mathématiques Hadamard. Co-encadrement avec C. Larédo et M. Delattre (INRAE, Jouy-en-Josas).
  • Pierre Montagnon (2016-2019). Dynamiques de populations et propagation d’épidémies sur des graphes dynamiques. Université Paris-Saclay, ED Mathématiques Hadamard. Co-encadrement avec V. Bansaye (École Polytechnique).
  • Gaël Beaunée (2012-2015). Propagation et contrôle de la paratuberculose dans une région d'élevage bovin. Université Nantes-Angers-Le Mans, ED Biologie Santé. Co-encadrement avec P. Ezanno (INRA-Oniris, Nantes).
  • Mathieu Moslonka-Lefebvre (2011-2014). Épidémiologie économique des marchés agricoles – Une approche par réseaux et métapopulations. AgroParisTech, ED ABIES. Co-encadrement avec H. Monod (INRA, Jouy-en-Josas),  J. Filipe et C. Gilligan (Cambridge University).
  • Bhagat Lal Dutta (2011-2014). Modélisation spatio-temporelle de la propagation d'un agent pathogène dans une métapopulation bovine : application au virus de la diarrhée virale bovine. Université Nantes-Angers-Le Mans, ED Biologie Santé. Co-encadrement avec P. Ezanno (INRA-Oniris, Nantes).
  • Romain Guy (2009-2013). Inférence dans le cadre de maladies transmissibles par des diffusions et processus apparentés. Université Paris Diderot, Paris 7, ED Sciences Mathématiques de Paris Centre. Co-encadrement avec C. Larédo (INRA, Jouy-en-Josas).
  • Aurélie Courcoul (2007-2010). Modélisation et estimation des paramètres de la propagation de la fièvre Q, au sein d’un troupeau bovin laitier en prenant en compte l’hétérogénéité de l’excrétion. Université Rennes 1, ED Vie Agro Santé. Co-encadrement avec F. Beaudeau (INRA-Oniris, Nantes).

Publications (articles récents)

  • Beaunée G., Deslandes F., Vergu E. (2023) Inferring ASF transmission in domestic pigs and wild boars using a paired model iterative approach. Epidemics
  • Haschka T., Vergu E., Poletto C., Roche B., Opatowski L. (2022) Retrospective analysis of SARS-CoV-2 omicron invasion over delta in French regions in 2021-22: a status-based multi-variant model. BMC Inf Dis, 22:815, https://doi.org/10.1186/s12879-022-07821-5
  • Marsot M*., Canini L*., Janicot S., Lambert J., Vergu E., Durand B. (2022) Predicting veal-calf trading events in France. Prev Vet Med, 209:105782, https://doi.org/10.1016/j.prevetmed.2022.105782.
  • Narci R., Delattre M., Larédo C., Vergu E. (2022) Inference in Gaussian state-space models with mixed effects for multiple epidemic dynamics. J Math Biol, 85:40, https://doi.org/10.1007/s00285-022-01806-3
  • Ezanno P., Picault S., Bareille S., [13 authors], Vergu E., Vignes M., Vergne T. (2022) The ASF modelling challenge: model comparison and lessons learnt. Epidemics, 100615, https://doi.org/10.1016/j.epidem.2022.100615
  • Cristancho Fajardo L., Vergu, E., Beaunée G., Arnoux S., Ezanno P. (2022) Learning and strategic imitation in modelling farmers’ dynamic decisions on Bovine Viral Diarrhoea vaccination. Vet Res, 53-102, https://doi.org/10.1186/s13567-022-01112-2
  • Cristancho Fajardo L., Ezanno P., Vergu, E. (2022) Dynamic resource allocation for controlling pathogen spread on a large metapopulation network. Journal of Royal Society Interface, 19:20210744, https://doi.org/10.1098/rsif.2021.0744<
  • Cazelles B., Champagne C., Nguyen Van Yen B., Comiskey C., Vergu E.*, Roche B.* (2021) A mechanistic and data-driven reconstruction of the time-varying reproduction number: Application to the COVID-19 epidemic, PLoS Computational Biology, 17(7): e1009211, https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1009211
  • Narci R., Delattre M., Larédo C., Vergu E (2021) Inference for partially observed epidemic dynamics guided by Kalman filtering techniques. Computational Statistics & Data Analysis, 164:107319, https://doi.org/10.1016/j.csda.2021.107319
  • Cristancho Fajardo L., Ezanno P., Vergu, E (2021) Accounting for farmers’ control decisions in a model of pathogen spread through animal trade. Scientific Reports, 11, 17032, https://doi.org/10.1038/s41598-021-96499-x
  • Hoscheit P., Anthony É.,Vergu E.(2021) Dynamic centrality measures for cattle trade networks. Applied Network Science, 6, 26, https://doi.org/10.1007/s41109-021-00368-5
  • Morel-Journel T., Vergu E., Mercier JB., Bareille N., Ezanno P. (2021) Selecting sorting centres to avoid long distance transport of weaned beef calves. Scientific Reports, 11, 1289, https://doi.org/10.1038/s41598-020-79844-4
  • Morel-Journel T., Assié S., Vergu E., Mercier J-B., Bonnet-Beaugrand F., Ezanno P. (2021) Minimizing the number of origins in batches of weaned calves to reduce their risks of developing bovine respiratory diseases. Veterinary Research, 52, 5, https://doi.org/10.1186/s13567-020-00872-z
  • EzannoP., Andraud M., Beaunée G., Hoch T., Krebs S., Rault A., Touzeau S., Vergu E., Widgren S. (2020). How mechanistic modelling supports decision making for the control of enzootic infectious diseases. Epidemics, 32:100398, https://doi.org/10.1016/j.epidem.2020.100398
  • Qi-Gautier L., Beaunée, G., Arnoux, S., Dutta B.L., Joly A., Vergu E.*, Ezanno P*. (2019) Neighbourhood contacts and trade movements drive the regional spread of bovine viral diarrhoea virus (BVDV). Veterinary Research, 50:30. https://doi.org/10.1186/s13567-019-0647-x