Hommage à Philippe Bessières

 

C'est avec une profonde tristesse que nous vous faisons part du décès soudain de Philippe Bessières survenu le 18 août 2017 à l'âge de 62 ans.

Après un doctorat d'enzymologie en 1982 (Univ. Paris Sud), Philippe est recruté comme Maître de Conférences de la chaire de Biochimie de l'INA-PG (1982-1985). Il démissionne pour partir un an à Chicago dans la Division de Biologie de l'Argonne National Laboratory du Department of Energy (DOE) pour travailler sur les méthodes d'analyse automatique de l'électrophorèse bidimensionnelle des protéines appliquées au marquage génétique des plantes. De retour en France, il collabore avec les mathématiciens de l'unité de Biométrie de l'INRA de Jouy-en-Josas afin de concevoir une plateforme d'analyse d'images d'électrophorèses en une dimension pour le marquage génétique (1986-1988). Philippe passe ensuite un an comme chercheur invité au Département de Biologie Moléculaire de l'Université d'Aarhus au Danemark, à créer un environnement bioinformatique partagé en réseau. Puis il est recruté en 1990 comme Ingénieur de Recherche au laboratoire de Génétique Microbienne de l'INRA de Jouy-en-Josas pour mettre en place la bioinformatique du projet de séquençage du génome de Bacillus subtilis. Il joue alors un rôle clé dans le développement de ressources bioinformatiques dédiées à la génomique microbienne en France et à l'étranger et s'implique dans plusieurs projets européens pionniers dans ce domaine. En 2000, il crée avec F. Rodolphe, J.-F. Gibrat et S. Schbath la première unité de bioinformatique de l'Inra, l'unité Mathématique, Informatique & Génome (MIG) et devient DR2 en 2004. Dans MIG puis MaIAGE, il s'implique dans la mise en place de nouvelles approches et ressources bioinformatiques dédiées à l'analyse et l'interprétation des données génomiques microbiennes et anime l'équipe "Génome et Evolution" de 2012 à 2014.

Ces quinze dernières années, ses activités de recherche suivaient deux principaux axes : l'annotation des génomes et transcriptomes bactériens et la fouille de texte en microbiologie. Si ces deux axes pointent des approches méthodologiques très différentes, Philippe les considérait comme complémentaires dans la mesure où ses contributions s'inscrivaient dans la perspective globale de développement de nouvelles approches bioinformatiques visant à enrichir les connaissances sur les microorganismes. Ses contributions majeures concernent la caractérisation structurale et fonctionnelle de nouveaux gènes, notamment chez la bactérie modèle Bacillus subtilis, mais aussi une meilleure compréhension de leurs origines, régulations transcriptionnelles et modalités d'interactions. Il a aussi conduit des travaux précurseurs sur la représentation formelle des données omiques et le développement de ressources bioinformatiques visant à faciliter l'intégration et l'accès à ces données ainsi qu'aux connaissances associées dans la littérature scientifique. Plus récemment, il s'intéressait aux évènements évolutifs à l'origine de la diversité et de l'adaptation des microorganismes.

Philippe était une personnalité atypique, alliant détermination, discrétion, humour et gentillesse. Il était curieux et lisait en permanence des articles, lui donnant une grande culture scientifique, mais aussi une ouverture d'esprit remarquable et beaucoup d'imagination. Ses collègues se souviendront de son enthousiasme et des nombreuses discussions scientifiques qu'ils ont pu avoir avec lui et qui ont souvent débouché sur une idée, un stage, un projet. Philippe a aussi eu un rôle pionner dans le développement de collaborations entre mathématiciens, informaticiens et microbiologistes, jouant souvent un rôle d'initiateur et d'interprète entre disciplines. Son rôle a été majeur dans la réussite de l'unité MIG et le développement de liens forts entre les départements MIA et MICA de l'Inra. Bioinformaticien avant l'heure, ses compétences et qualités scientifiques étaient largement reconnues dans la communauté bioinformatique à l'Inra et bien au-delà.

Nos pensées vont à sa famille et ses proches.

Ses collègues de l'unité MaIAGE.