Anciens.nes post-doctorants.tes


BIOTEAU Audrey
: du au
Annotation d'éléments génétiques de type ICE/IME et extension de l'outil ICEScreen

Encadrant(s) : Hélène Chiapello
- Equipes : StatInfOmics
Description :

Le projet porte sur l'extension de l'outil de recherche et d'analyse des éléments mobiles conjugatifs "ICEScreen".

L'extension portera sur une recherche d'éléments plus diverses (éléments conjugatifs, IME et ICE) au delà du phylum des Firmicutes (Bacillota), ainsi que sur l'étude du bornage de ces éléments dans leur contexte génomique.


CHAMPION Camille
: du au
Reconstruction de réseaux microbien robustes

Encadrant(s) : Mahendra Mariadassou, Magali Berland
- Equipes : Migale, - Equipes : StatInfOmics

LAO Julie
: du au
Développement d'un outil de recherche et d'analyse des éléments mobiles conjugatifs dans les génomes de Firmicutes

Encadrant(s) : Hélène Chiapello
- Equipes : StatInfOmics

LIPEZ-ZAZUETA Claudia
: du au
Analyse de stabilité de systèmes métaboliques singulièrement perturbés

Contrat : FMJH - bourse jeune mathématicien
- Equipes : BioSys
Description :

Il s'agit ici d'aborder diffĂ©rentes questions liĂ©es Ă  la stabilitĂ© des rĂ©seaux mĂ©taboliques prĂ©sents dans les bactĂ©ries, en intĂ©grant explicitement les aspects touchant Ă  la rĂ©gulation  gĂ©nĂ©tique. Sur la base d'une modĂ©lisation de type ODE, il s'agit de tirer parti  de la structure spĂ©cifique du système dynamique pour Ă©tudier ses propriĂ©tĂ©s qualitatives, comme,  par exemple,  l'existence de point d'Ă©quilibre et de leur stabilitĂ©, etc.  En effet, ces systèmes dynamiques peuvent ĂŞtre dĂ©composĂ©s en sous-systèmes  qui ont des dynamiques Ă  des Ă©chelles de temps bien diffĂ©rentes.  En dĂ©pit de cette propriĂ©tĂ© forte, il n'est gĂ©nĂ©ralement pas possible d'utiliser les rĂ©sultats  classiquement appelĂ©s pour traiter des systèmes multi Ă©chelle. En effet, la dynamique la plus rapide, celle attachĂ©e aux rĂ©actions enzymatiques,  n'est gĂ©nĂ©ralement pas stable (cette partie du système est a priori oscillante). L'objet de ce travail est donc de dĂ©velopper une approche permettant de traiter cette première difficultĂ© et de l'Ă©tendre progressivement d'une voie au rĂ©seau global. Ce travail profitera des modèles qui sont disponibles au sein de BioySys, en particulier celui de Bacillus subtilis.


MOMAL Raphaëlle
: du au
Reconstruction de réseaux microbien robustes

Encadrant(s) : Mahendra Mariadassou, Magali Berland
- Equipes : Migale, - Equipes : StatInfOmics

GARNAULT Maxime
: du au
Étude de l'évolution des résistances aux fongicides chez Zymoseptoria tritici

Encadrant(s) : Anne-Sophie Walker (Bioger), Florence Carpentier (MaIAGE), Olivier David (MaIAGE)
- Equipes : Dynenvie

MOREL-JOURNEL Thibault
: du au
Modélisation en épidémiologie et analyse de réseaux

Encadrant(s) : Pauline Ezanno (BIOEPAR, INRA-Oniris, Nantes) et Elisabeta Vergu (MaIAGE, INRA)

Contrat : Sant'Innov (coord. N. Bareille et F. Beaugrand, BIOEPAR, Nantes)
- Equipes : Dynenvie
Description :

Thibault effectue son post-doctorat au sein de l'unité BIOEPAR à Nantes, en collaboration avec l'équipe Dynenvie.


FERRE Arnaud
: du au
Normalisation de termes par des concepts

Encadrant(s) : Louise Deléger, Robert Bossy, Claire Nédellec

Contrat : Visa TM, OpenMinTeD, OntoBeddings
- Equipes : Bibliome
Description :

DĂ©veloppement d'une mĂ©thode semi-supervisĂ©e pour Ă©tiqueter des termes de textes par les concepts d'une ontologie. La mĂ©thode gĂ©nère par word embeddings des reprĂ©sentations vectorielles continues des termes complexes dans un espace sĂ©mantiquement structurĂ© par l'ontologie du domaine. Ces vecteurs sont plongĂ©s dans l'espace vectoriel construit Ă  partir de la structure de l’ontologie. Le plongement est obtenu par entraĂ®nement d’un modèle. Le calcul de distance entre vecteurs de termes et vecteurs de concepts dĂ©termine ensuite l'Ă©tiquetage ontologique des termes.


HODARA Pierre
: du au
Analyse du trafic intra-cellulaire d'endocytose Ă  partir d'observations en microscopie LLSM

Encadrant(s) : BĂ©atrice Laroche (MaIAGE), Alain Trubuil (MaIAGE)

Contrat : ANR Dallish
- Equipes : BioSys

DAHMANE Narimane
: du au
Analyse méta-transcriptomique d'un biofilm modèle

Encadrant(s) : Pierre Nicolas (MaIAGE, INRA), Stéphane Aymerich (MICALIS,INRA)

Contrat : ANR ACToP (coord. Nelly Henry, UPMC)
- Equipes : StatInfOmics

COLUZZI Charles
: du au
Conception et mise en œuvre de stratégies bioinformatiques pour l’analyse du contenu de génomes de salmonelles

Encadrant(s) : Hélène Chiapello

Contrat : Projet Européen SalHostTrop
- Equipes : StatInfOmics

BA Mouhamadou
: du au
Text-mining infrastructure

Encadrant(s) : Robert Bossy (MaIAGE, Inra),Claire NĂ©dellec (MaIAGE, Inra)

Contrat : OpenMinTeD
- Equipes : Bibliome
Description :

Contribution to the specification and development of the OpenMinTeD text-mining infrastructure starting from Alvis Suite principles (mainly WP5 and WP9)


SALVI Michele
: du au
Dynamiques de populations et épidémies sur grands graphes aléatoires

Encadrant(s) : Elisabeta Vergu (MaIAGE, INRA), Vincent Bansaye (CMAP Ă  l'Ecole Polytechnique)

Contrat : Cadence
- Equipes : Dynenvie

DESLANDES François
: du au
CJS-Post-Doc au sein de l'Unité Génial puis de 6 mois à la KU de Leuven en Belgique (Modélisation multi-échelle d'une suspension d'amidon dans une échangeur de chaleur)

Encadrant(s) : A. Trubuil et B. Laroche
- Equipes : Dynenvie

CHAIX Estelle
: du au
OpenMinTeD Text-mining Use Cases on Plant Biology and Microbial Biodiversity

Encadrant(s) : Claire NĂ©dellec (MaIAGE, INRA)

Contrat : OpenMinTeD
- Equipes : Bibliome
Description :

Contribution to the requirement analysis, specification and development of the use cases Agriculture and Biodiversity scenario of the Text-Mining infrastructure OpenMinTeD H2020 project (WP4 and WP9 mainly).


DESSALLES Renaud
: du au
CJS Post-Doc au département de Biomathématiques de l'Université de Californie, Los Angeles (EU)

Encadrant(s) : V. Fromion
- Equipes : BioSys

RABIET Victor
: du au
Méthodes statistiques pour la prédiction de variables à partir d'un modèle dynamique. Application à la prédiction d'interaction génotype-environnement à partir de données de phénotypage et d'un modèle écophysiologique de la plante.

Encadrant(s) : Kuhn Estelle (MaIAGE), Monod Hervé (MaIAGE)

Contrat : Projet AMAIZING
- Equipes : Dynenvie

KARMAKAR Saurav
: du au
Text-mining infrastructure

Encadrant(s) : Robert Bossy (MaIAGE, Inra),Claire NĂ©dellec (MaIAGE, Inra)

Contrat : OpenMinTeD
- Equipes : Bibliome
Description :

Contribution to the development of the OpenMinTeD European text-mining infrastructure and Alvis Suite deployment.


FISCHER Stephan
: du au
Développement d’un modèle systémique multi-échelle de la plante

Encadrant(s) : Anne Goelzer, Vincent Fromion (MaIAGE)

Contrat : IMSV
- Equipes : BioSys

HENRY Vincent
: du au
Développement d’une ontologie associée à la représentation systémique des cellules eucaryotes

Encadrant(s) : Anne Goelzer, Vincent Fromion (MaIAGE)

Contrat : IMSV
- Equipes : BioSys

BEAUNEE Gaël
: du au
Modélisation multi-échelle, de l'intra-hôte animal à la métapopulation, des mécanismes de propagation d'agents pathogènes pour évaluer des stratégies de maîtrise.

Encadrant(s) : E. Vergu (MaIAGE, INRA Jouy en Josas)

Contrat : Mihmes
- Equipes : Dynenvie

BENSADOUN Arnaud
: du au
Analyse de sensibilité et métamodélisation d'un modèle mécaniste complexe décrivant les effets des systèmes de culture sur la dynamique de la flore adventice.

Encadrant(s) : Jean-Pierre Gauchi (MaIAGE, INRA Jouy en Josas)
- Equipes : Dynenvie
Description :

Ce travail sera centré sur le modèle FLORSYS de dynamique pluri-annuelle de la flore adventice, qui a pour objectif d'aider au développement de nouvelles stratégies de gestion des adventices. D'un point de vue méthodologique, il nécessitera de mettre en place des méthodes nouvelles pour le traitement d'entrées dépendantes.
Cette première phase de post-doc sera suivi par un séjour de longue durée (1 an) au James Hutton Institute (Dundee, Ecosse), et se terminera par un retour au sein de l'Unité MaIAGE.
Plus d'infos sur:  http://genome.jouy.inra.fr/~abensadoun/


LEGER Jean-Benoist
: du au
Méthodes Statitstiques pour la prédiction de variables à partir dun modèle dynamique

Encadrant(s) : Hervé Monod (MaIAGE, INRA Jouy en Josas), Estelle Kuhn (MaIAGE, INRA Jouy en Josas)

Contrat : Projet Amaizing
- Equipes : Dynenvie
Description :

Développer de nouvelles variétés de maïs pour une agriculture durable : une approche intégrée de la génomique à la sélection.


SUEZ Marie
: du au
Domestication du poulet (projet Domestichik)

Encadrant(s) : Mahendra Mariadassou (MaIAGE, INRA Jouy en Josas), Pierre Laurent (MaIAGE, INRA Jouy en Josas)
- Equipes : StatInfOmics

ARCA Mariangela
: du au
De la génomique du genre Gallus à l'histoire de la domestication du poulet

Encadrant(s) : M. Mariadassou
- Equipes : StatInfOmics
Description :

Le projet domestichick a pour ambition d'étudier l'histoire évolutive du genre Gallus et plus particulièrement les mécanismes à l'oeuvre lors de la domestication de Gallus gallus (poule domestique) par des approches de reséquençages. Dans ce cadre le travail du post-doc consiste à faire de la bioanalyse de données de séquençage pour étudier la structure des populations de poules et détecter des introgressions de matériel génétique issu de poules sauvages dans le génome de la poule domestique, à l'exemple du gène de peau jaune.


CHAIX Estelle
: du au
Annotation manuelle d'un corpus pour l'entrainement de méthodes informatiques d'extraction d'information

Encadrant(s) : Claire NĂ©dellec

Contrat : Lidex CDS - Center for Data Science, Paris-Saclay
- Equipes : Bibliome
Description :

Annotation de régulations génétiques chez l'arabette :
Le projet vise à organiser une des tâches d’extraction d’information (EI) de la prochaine édition de la Shared Task” de BioNLP en 2015 sur le thème “Gene Regulation Network in Arabidopsis thaliana”. Il mobilise trois laboratoires de l’IDEX : MIG (INRA) et le LIMSI (CNRS) du CDS, et l’IJPB (INRA) du Labex SPS (Saclay Plant Data Science) et de l’IMSV.

 


FERRER SAVALL Jordi
: du au
Modélisation de la propagation de salmonelles en filière porcine

Encadrant(s) : Caroline BIDOT, Catherine BELLOC (UMR1300 BioEpAR, Oniris & INRA, Nantes), Suzanne TOUZEAU (UMR1355 ISA, INRA & BIOCORE, Inria, Sophia Antipolis)

Contrat : Mihmes
- Equipes : Dynenvie
Description :

Le projet MIHMES vise à produire des connaissances et des méthodes pour la gestion des maladies animales infectieuses endémiques et des risques en santé publique vétérinaire. Dans ce cadre, ce travail post-doctoral s'intéresse à la modélisation de la propagation de salmonelles en filière porcine (de l'élevage à l'abattoir). Ses objectifs sont les suivants :
   - reprĂ©senter la contamination des carcasses en sortie d'abattoir en fonction des sorties d'Ă©levage;
   - reprĂ©senter les mesures de contrĂ´les de l'Ă©levage Ă  l'abattoir permettant de rĂ©duire la contamination des carcasses;
   - rĂ©aliser une analyse coĂ»ts-bĂ©nĂ©fices de ces mesures de contrĂ´les.

 


DERGAOUI Hilel
: du au
Simulation numérique et expérimentation virtuelle pour des modèles d'épidémiologie végétale sur paysages spatialement explicites

Encadrant(s) : Hervé Monod, Christian Lannou (BIOGER, INRA, Versailles-Grignon)

Contrat : GESTER
- Equipes : Dynenvie

LI Yingbo
: du au
Analyses d'images

Encadrant(s) : Alain TRUBUIL (Unité MIA, INRA, Jouy-en-Josas)
- Equipes : BioSys

CRISCUOLO Alexis
: du au
Evolution clonale et recombinaison homologue chez Propionibacterium freudenreichii

Encadrant(s) : Mahendra Mariadassou , Valentin Loux , Pierre Nicolas

Contrat : SURFING
- Equipes : StatInfOmics
Description :

Propionibacterium freudenreichii est une espèce bactérienne souvent utilisée pour la fermentation des produits laitiers. Dans le cadre du projet ANR SURFING, plusieurs génomes de ces bactéries ont été séquencés, assemblés, alignés et annotés. Une analyse plus fine de ces séquences étant nécessaire pour mieux comprendre les événements évolutifs qui ont façonné la diversité de cette espèce d'intérêt agronomique, une étape indispensable passe par l'inférence d'un arbre phylogénétique robuste modélisant l'histoire évolutive clonale de ces souches hautement recombinantes. Basé sur le développement de nouvelles méthodes d'inférence phylogénomique, cet arbre clonal servira de support pour caractériser les mécanismes évolutifs (recombinaison homologue, sélection positive, transferts ou pertes de gènes) ayant conduits à la diversité des souches actuelles de P. freudenreichii.