Liste des post-doctorants précédents



FERRE_Arnaud
: du au
Normalisation de termes par des concepts

Encadrant(s) : Louise Deléger, Robert Bossy, Claire Nédellec

Contrat : Visa TM, OpenMinTeD, OntoBeddings
- Equipes : Bibliome
Description :

Développement d'une méthode semi-supervisée pour étiqueter des termes de textes par les concepts d'une ontologie. La méthode génère par word embeddings des représentations vectorielles continues des termes complexes dans un espace sémantiquement structuré par l'ontologie du domaine. Ces vecteurs sont plongés dans l'espace vectoriel construit à partir de la structure de l’ontologie. Le plongement est obtenu par entraînement d’un modèle. Le calcul de distance entre vecteurs de termes et vecteurs de concepts détermine ensuite l'étiquetage ontologique des termes. 

 


HODARA Pierre
: du au
Analyse du trafic intra-cellulaire d'endocytose à partir d'observations en microscopie LLSM

Encadrant(s) : Béatrice Laroche (MaIAGE), Alain Trubuil (MaIAGE)

Contrat : ANR Dallish
- Equipes : BioSys

DAHMANE Narimane
: du au
Analyse méta-transcriptomique d'un biofilm modèle

Encadrant(s) : Pierre Nicolas (MaIAGE, INRA), Stéphane Aymerich (MICALIS,INRA)

Contrat : ANR ACToP (coord. Nelly Henry, UPMC)
- Equipes : StatInfOmics

COLUZZI Charles
: du au
Conception et mise en œuvre de stratégies bioinformatiques pour l’analyse du contenu de génomes de salmonelles

Encadrant(s) : Hélène Chiapello

Contrat : Projet Européen SalHostTrop
- Equipes : StatInfOmics

BA Mouhamadou
: du au
Text-mining infrastructure

Encadrant(s) : Robert Bossy (MaIAGE, Inra),Claire Nédellec (MaIAGE, Inra)

Contrat : OpenMinTeD
- Equipes : Bibliome
Description :

Contribution to the specification and development of the OpenMinTeD text-mining infrastructure starting from Alvis Suite principles (mainly WP5 and WP9)


SALVI Michele
: du au
Dynamiques de populations et épidémies sur grands graphes aléatoires

Encadrant(s) : Elisabeta Vergu (MaIAGE, INRA), Vincent Bansaye (CMAP à l'Ecole Polytechnique)

Contrat : Cadence
- Equipes : Dynenvie

DESLANDES François
: du au
CJS-Post-Doc au sein de l'Unité Génial puis de 6 mois à la KU de Leuven en Belgique (Modélisation multi-échelle d'une suspension d'amidon dans une échangeur de chaleur)

Encadrant(s) : A. Trubuil et B. Laroche
- Equipes : Dynenvie

CHAIX Estelle
: du au
OpenMinTeD Text-mining Use Cases on Plant Biology and Microbial Biodiversity

Encadrant(s) : Claire Nédellec (MaIAGE, INRA)

Contrat : OpenMinTeD
- Equipes : Bibliome
Description :

Contribution to the requirement analysis, specification and development of the use cases Agriculture and Biodiversity scenario of the Text-Mining infrastructure OpenMinTeD H2020 project (WP4 and WP9 mainly).


DESSALLES Renaud
: du au
CJS Post-Doc au département de Biomathématiques de l'Université de Californie, Los Angeles (EU)

Encadrant(s) : V. Fromion
- Equipes : BioSys

RABIET Victor
: du au
Méthodes statistiques pour la prédiction de variables à partir d'un modèle dynamique. Application à la prédiction d'interaction génotype-environnement à partir de données de phénotypage et d'un modèle écophysiologique de la plante.

Encadrant(s) : Kuhn Estelle (MaIAGE), Monod Hervé (MaIAGE)

Contrat : Projet AMAIZING
- Equipes : Dynenvie

KARMAKAR Saurav
: du au
Text-mining infrastructure

Encadrant(s) : Robert Bossy (MaIAGE, Inra),Claire Nédellec (MaIAGE, Inra)

Contrat : OpenMinTeD
- Equipes : Bibliome
Description :

Contribution to the development of the OpenMinTeD European text-mining infrastructure and Alvis Suite deployment.


FISCHER Stephan
: du au
Développement d’un modèle systémique multi-échelle de la plante

Encadrant(s) : Anne Goelzer, Vincent Fromion (MaIAGE)

Contrat : IMSV
- Equipes : BioSys

HENRY Vincent
: du au
Développement d’une ontologie associée à la représentation systémique des cellules eucaryotes

Encadrant(s) : Anne Goelzer, Vincent Fromion (MaIAGE)

Contrat : IMSV
- Equipes : BioSys

BEAUNEE Gaël
: du au
Modélisation multi-échelle, de l'intra-hôte animal à la métapopulation, des mécanismes de propagation d'agents pathogènes pour évaluer des stratégies de maîtrise.

Encadrant(s) : E. Vergu (MaIAGE, INRA Jouy en Josas)

Contrat : Mihmes
- Equipes : Dynenvie

BENSADOUN Arnaud
: du au
Analyse de sensibilité et métamodélisation d'un modèle mécaniste complexe décrivant les effets des systèmes de culture sur la dynamique de la flore adventice.

Encadrant(s) : Jean-Pierre Gauchi (MaIAGE, INRA Jouy en Josas)
- Equipes : Dynenvie
Description :

Ce travail sera centré sur le modèle FLORSYS de dynamique pluri-annuelle de la flore adventice, qui a pour objectif d'aider au développement de nouvelles stratégies de gestion des adventices. D'un point de vue méthodologique, il nécessitera de mettre en place des méthodes nouvelles pour le traitement d'entrées dépendantes.
Cette première phase de post-doc sera suivi par un séjour de longue durée (1 an) au James Hutton Institute (Dundee, Ecosse), et se terminera par un retour au sein de l'Unité MaIAGE.
Plus d'infos sur:  http://genome.jouy.inra.fr/~abensadoun/


LEGER Jean-Benoist
: du au
Méthodes Statitstiques pour la prédiction de variables à partir dun modèle dynamique

Encadrant(s) : Hervé Monod (MaIAGE, INRA Jouy en Josas), Estelle Kuhn (MaIAGE, INRA Jouy en Josas)

Contrat : Projet Amaizing
- Equipes : Dynenvie
Description :

Développer de nouvelles variétés de maïs pour une agriculture durable : une approche intégrée de la génomique à la sélection.


SUEZ Marie
: du au
Domestication du poulet (projet Domestichik)

Encadrant(s) : Mahendra Mariadassou (MaIAGE, INRA Jouy en Josas), Pierre Laurent (MaIAGE, INRA Jouy en Josas)
- Equipes : StatInfOmics

ARCA Mariangela
: du au
De la génomique du genre Gallus à l'histoire de la domestication du poulet

Encadrant(s) : M. Mariadassou
- Equipes : StatInfOmics
Description :

Le projet domestichick a pour ambition d'étudier l'histoire évolutive du genre Gallus et plus particulièrement les mécanismes à l'oeuvre lors de la domestication de Gallus gallus (poule domestique) par des approches de reséquençages. Dans ce cadre le travail du post-doc consiste à faire de la bioanalyse de données de séquençage pour étudier la structure des populations de poules et détecter des introgressions de matériel génétique issu de poules sauvages dans le génome de la poule domestique, à l'exemple du gène de peau jaune.


CHAIX Estelle
: du au
Annotation manuelle d'un corpus pour l'entrainement de méthodes informatiques d'extraction d'information

Encadrant(s) : Claire Nédellec

Contrat : Lidex CDS - Center for Data Science, Paris-Saclay
- Equipes : Bibliome
Description :

Annotation de régulations génétiques chez l'arabette :
Le projet vise à organiser une des tâches d’extraction d’information (EI) de la prochaine édition de la Shared Task” de BioNLP en 2015 sur le thème “Gene Regulation Network in Arabidopsis thaliana”. Il mobilise trois laboratoires de l’IDEX : MIG (INRA) et le LIMSI (CNRS) du CDS, et l’IJPB (INRA) du Labex SPS (Saclay Plant Data Science) et de l’IMSV.

 


FERRER SAVALL Jordi
: du au
Modélisation de la propagation de salmonelles en filière porcine

Encadrant(s) : Caroline BIDOT, Catherine BELLOC (UMR1300 BioEpAR, Oniris & INRA, Nantes), Suzanne TOUZEAU (UMR1355 ISA, INRA & BIOCORE, Inria, Sophia Antipolis)

Contrat : Mihmes
- Equipes : Dynenvie
Description :

Le projet MIHMES vise à produire des connaissances et des méthodes pour la gestion des maladies animales infectieuses endémiques et des risques en santé publique vétérinaire. Dans ce cadre, ce travail post-doctoral s'intéresse à la modélisation de la propagation de salmonelles en filière porcine (de l'élevage à l'abattoir). Ses objectifs sont les suivants :
   - représenter la contamination des carcasses en sortie d'abattoir en fonction des sorties d'élevage;
   - représenter les mesures de contrôles de l'élevage à l'abattoir permettant de réduire la contamination des carcasses;
   - réaliser une analyse coûts-bénéfices de ces mesures de contrôles.

 


DERGAOUI Hilel
: du au
Simulation numérique et expérimentation virtuelle pour des modèles d'épidémiologie végétale sur paysages spatialement explicites

Encadrant(s) : Hervé Monod, Christian Lannou (BIOGER, INRA, Versailles-Grignon)

Contrat : GESTER
- Equipes : Dynenvie

LI Yingbo
: du au
Analyses d'images

Encadrant(s) : Alain TRUBUIL (Unité MIA, INRA, Jouy-en-Josas)
- Equipes : BioSys

CRISCUOLO Alexis
: du au
Evolution clonale et recombinaison homologue chez Propionibacterium freudenreichii

Encadrant(s) : Mahendra Mariadassou , Valentin Loux , Pierre Nicolas

Contrat : SURFING
- Equipes : StatInfOmics
Description :

Propionibacterium freudenreichii est une espèce bactérienne souvent utilisée pour la fermentation des produits laitiers. Dans le cadre du projet ANR SURFING, plusieurs génomes de ces bactéries ont été séquencés, assemblés, alignés et annotés. Une analyse plus fine de ces séquences étant nécessaire pour mieux comprendre les événements évolutifs qui ont façonné la diversité de cette espèce d'intérêt agronomique, une étape indispensable passe par l'inférence d'un arbre phylogénétique robuste modélisant l'histoire évolutive clonale de ces souches hautement recombinantes. Basé sur le développement de nouvelles méthodes d'inférence phylogénomique, cet arbre clonal servira de support pour caractériser les mécanismes évolutifs (recombinaison homologue, sélection positive, transferts ou pertes de gènes) ayant conduits à la diversité des souches actuelles de P. freudenreichii.