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Contribution to the requirement analysis, specification and development of the use cases Agriculture and Biodiversity scenario of the Text-Mining infrastructure OpenMinTeD H2020 project (WP4 and WP9 mainly).

L'augmentation considérable de la quantité des données textuelles rend aujourd’hui difficile leur analyse sans l’assistance d’outils. Or, un texte rédigé en langue naturelle est une donnée non-structurée, c’est-à-dire qu’elle n’est pas interprétable par un programme informatique spécialisé, sans lequel les informations des textes restent largement sous-exploitées.

Annotation de régulations génétiques chez l'arabette :
Le projet vise à organiser une des tâches d’extraction d’information (EI) de la prochaine édition de la Shared Task” de BioNLP en 2015 sur le thème “Gene Regulation Network in Arabidopsis thaliana”. Il mobilise trois laboratoires de l’IDEX : MIG (INRA) et le LIMSI (CNRS) du CDS, et l’IJPB (INRA) du Labex SPS (Saclay Plant Data Science) et de l’IMSV.

 

 La personne recrutée contribuera à l'implémentation de trois applications dans les domaines de l'agriculture et de la biodiversité (microbiologie et aliment, phénotypage du blé et developement des plantes), à leur intégration dans des applications clientes sur des infrastructures bioinformatiques, l'automatisation du moissonnage et de la mise à jour de la collection documentaire et des resources (ontologies, nomenclatures et lexiques). Elle collaborera avec les membres de l'équipe et les partenaires à travers l'Europe, principalement Grèce et Grande-Bretagne.