L'unité met aussi un certain nombre de logiciels sous la forme de services web utilisable directement à partir d'un navigateur.
 

• Cocitations est un service en ligne équipé d'une base de données indexant les phrases issues des références PubMed et mentionnant au moins deux noms de gènes. Un utilisateur peut interroger la base en donnant un nom de gène dans une espèce données (seule Bacillus subtilis est actuellement disponible), et sélectionne le second gène en parcourant la liste des gènes cocités. Les références ou phrases correspondantes sont alors affichées, et les occurrences des noms de gènes sont surlignées.
   
• CompaGB est une application web qui permet d'évaluer et de comparer les Genomes Browsers sous forme de tableaux ou de graphiques radar. L'utilisateur a également la possibilité de pondérer la liste des critères pour adapter sa recherche à un contexte spécifique. Ce projet est ouvert à toute la communauté, les contributions de nouvelles évaluations sont les bienvenues. La liste des critères vise à être polyvalente et répondre aussi bien aux besoins d'un biologiste qui s'intéresse à des fonctionnalités conviviales qu'à un bioinformaticien qui veut intégrer le Genome Browser dans un cadriciel plus large, ou à un informaticien qui regarde les caractéristiques plus techniques.
   
• DOMIRE (DOMain Identification from REcurrence) est un serveur utilisant le programme VAST ( comparaison des structures 3D des protéines, téléchargeable librement ici) pour définir les limites des domaines structuraux dans les proteines à partir de leurs coordonnées atomiques (Samson, F., Shrager, R., Tai, C.-H., Sam, V., Lee, B.-K., Munson, P., Gibrat, J.-F. and Garnier, J. (2012). Domire: a web server for identifying structural domains and their neighbors in proteins. Bioinformatics. 28 (7) 1040-1041. [ DOI ]). Il fournit aussi pour chaque structure requête une liste de voisins structuraux.
   
• Insyght est un outil de visualisation, s'appuyant sur un entrepôt de données génomiques, qui permet d'analyser les homologies, les synthénies et les régions génomiques idiosyncratiques à l'échelle de plusieurs organismes. Son originalité est d'associer une représentation symbolique et une représentation proportionnelle. La représentation symbolique améliore la lisibilité de la région d'intérêt, alors que la représentation proportionnelle permet de localiser les réarrangements complexes éparpillés dans le génome et se produisant à différente échelle. Une deuxième vue est consacrée à l'analyse exhaustive d'un jeu de gènes d'intérêts. Par exemple il est possible d’analyser les gènes niche-spécifique ou core-génome correspondant à une fonction ou un processus biologique particulier. Domaines d’application: profilage phylogénétique, annotation de la fonction des gènes, détection des évènements d'évolutions (ex: transfert horizontal) et analyse de gènes niche-spécifique ou core-génome.
   
• FROST (Fold Recognition Oriented Search Tool) est un outil de reconnaissance de repliements d'une protéine à partir de sa séquence en amino acides (Marin, J. Pothier, K. Zimmermann and J.-F. Gibrat. FROST: a filter-based fold recognition method. Proteins, 2002 Dec 1; 49(4): 493-509 [PubMed]).
   
• GPCRautomodel : Les récepteurs couplés aux protéines G sont des composants essentiels dans les mécanismes de réponse aux facteurs environnementaux. Le serveur GPCRautomodel a pour but de modéliser les récepteurs olfactifs à partir de leur séquence en acides aminés et d'effectuer des simulations d'amarrage de ligands sur les structures résultantes (Launay et al., PEDS 2012).