ABIM - ANR- Jeunes chercheurs et jeunes chercheuses (2017-2021) Title : Approximations and Behavior of stochastic Individual-based Models Coordinator : V. Bansaye (CMAP, Ecole Polytechnique) Partners : Ecole Polytechnique (CMAP, CPHT); Univ. Lille; IRMES MaIAGE Participants : E. Vergu - Team(s) : Dynenvie
ACToP - ANR- ANR blanche Challenge and/or Axis : DEFI 1 – G ESTION SOBRE DES RESSOURCES ET ADAPTATION AU CHANGEMENT CLIMATIQUE Axe : Axe 1 : Comprendre et prévoir les évolutions de notre environnement (2015-2019) Title : Adaptation of a bacterial multispecies biofilm community to perturbations: a pluridisciplinary approach Coordinator : Nelly Henry (Laboratoire Jean Perrin, CNRS UMR 8237) Partners : Laboratoire Jean Perrin (CNRS UMR 8237), Institut MICALIS (INRA UMR1319) MaIAGE Participants : P. Nicolas, C. Guérin, P. Hoscheit, C. Larédo, G. André-Leroux, H. Chiapello, V. Fromion, A. Goelzer - Team(s) : StatInfOmics
AMAIZING - ANR- Investissement d'avenir - Initiatives d'Excellence "Biotechnologies et Bioressources" (2011-2019) Title : Développer de nouvelles variétés de maïs pour une agriculture durable: une approche intégrée de la génomique à la sélection Coordinator : A. Charcosset (INRA, Le Moulon) Partners : UMR GV du Moulon, LEPSE Montpellier, UMR MIA Paris, ... MaIAGE Participants : H. Monod, E. Kuhn - Team(s) : Dynenvie
API-SMAL - Labex- BASC- (2017-2020) Title : Agroecology and policy instruments for sustainable multifunctional agricultural landscapes Coordinator : V.Martinet (INRA, Economie Publique)MaIAGE Participants : S.Labarthe, K.Admaczyk, H. Monod - Team(s) : Dynenvie
Articulate - France-Berkeley Fund- (2019-2020) Title : Experimental and mathematical models articulation: a bifocal lens to study the ecology of the colonic microbiota Coordinator : A.Bäumler (UC Davis) and S.Labarthe (MaIAGE) Partners : UC Davis (Davis, USA) MaIAGE Participants : B.Laroche, L.Darrigade, S. Labarthe - Team(s) : Dynenvie
BioBrickEvolver - ANR- AAPG2018 - PRC Challenge and/or Axis : Vie, Santé et Bien-être / CES - Bioéconomie : technologies (chimie, biotechnologie, procédés) spécifiques et approches système (01/2019-12/2022) Title : Développement d'un système pour la production de biobriques par évolution dirigée dans la bactérie Bacillus subtilis. Coordinator : P. Nicolas (INRA, MaIAGE) Partners : INRA MaIAGE, CNRS I2BC (Equipe P. Tavares), INRA MICALIS (Equipe M. Jules), CEA Cadarache (Eq. C. Berthomieu), TWB (O. Galy)))MaIAGE Participants : P. Nicolas, C. Guérin, P. Hoscheit, C. Larédo, G. André-Leroux, H. Chiapello, V. Fromion, A. Goelzer - Team(s) : BioSys / Dynenvie / StatInfOmics
Cecotype - INRAE Métaprogramme- GISA- (2018-2019) Title : Intensive genomic and phenotypic characterization of Enterococcus cecorum isolates Coordinator : P. Serror (INRA, Micalis) Partners : INRA Micalis, INRA ISP, INRA URA MaIAGE Participants : V. Loux, A.-L. Abraham - Team(s) : Migale / StatInfOmics
CoNoCo - ANR- ANR blanche Challenge and/or Axis : Vie, Santé et Bien-étre Axe : CES – Génétique, génomique, ARN (2019-2023) Title : Controlling non-coding pervasive transcription to ensure fine-tuning of gene expression in Bacillus subtilis and Staphylococcus aureus. Coordinator : E. Bidnenko (INRA Micalis) Partners : Micalis (Jouy); IBPC (Paris), IBMC (Strasbourg), CBM (Orléans).MaIAGE Participants : C. Guérin, P. Nicolas - Team(s) : StatInfOmics
COSAC - ANR- productions durables (2014-2019) Title : Évaluation et Conception de Stratégies durables de gestion des Adventices dans un contexte de Changement Coordinator : Nathalie Colbach (INRA / EA - Dijon) Partners : INRA 1347 Agroécologie (Dijon), INRA 1240 ECO-INNOV (Versailles), INRA 1132 LAE (Colmar), INRA 1115 PSH (Avignon), ACTA, ARVALIS, CETIOM, INVIVO AGROSOLUTIONS,MaIAGE Participants : JP Gauchi - Team(s) : Dynenvie
D2KAB - ANR- ANR blanche- Challenge and/or Axis : Défi : B.7 Axe : axe 4 (06/2019-05/2023) Title : Data to Knowledge in Agriculture and Biodiversity Coordinator : C. Jonquet (LIRMM, Montpellier) Partners : UM-LIRMM, CNRS-I3S, INRA-DIST, INRA-URGI, INRA-IATE, INRA-URFM ,IRSTEA-TSCF, CNRS-CEFE, ACTA, STANFORD-BMIRMaIAGE Participants : R. Bossy, C. Nédellec, L. Deléger - Team(s) : Bibliome
Dallish - ANR- ANR blanche- Challenge and/or Axis : éfi : Société de l'information et de la communication Axe : Données, Connaissances , Données massives (2016-2019) Title : Data Assimilation and Lattice Light Sheet Imaging for endocytosis/exocytosis pathway modeling in the whole cell Coordinator : C. Kervrann (INRIA Rennes) Partners : INRIA-SERPICO, Institut CurieMaIAGE Participants : A. Trubuil, S. Laparthe, B. Laroche - Team(s) : BioSys / Dynenvie
Domestichick - ANR- ANR blanche (2013-2016) Title : Génétique des populations de poules sauvages et domestiques. Coordinator : M. Tixier-Boichard (GA)MaIAGE Participants : F. Rodolphe, M. Mariadassou - Team(s) : StatInfOmics
ECONET - ANR- ANR blanche Challenge and/or Axis : Sober management of resources and adaptation to climatic changes: towards an under- standing of global changes Axe : Fundamental knowledge on natural environments and biodiversity (2018-2022) Title : Advanced statistical modelling of ecological networks Coordinator : C. Matias (CNRS - UPMC, LPSM) Partners : LPSM (UPMC), MIA-Paris (INRA), LBBE (Univ. Lyon), ISEM (Univ. Montpellier), IEES (MNHN), EEP (Univ. Lille) MaIAGE Participants : M. Mariadassou - Team(s) : StatInfOmics
ESPACE - INRAE Métaprogramme- SMaCH- (2018-2022) Title : Estimer les effets des variables paysagères sur les bioagresseurs et auxiliaires des cultures Coordinator : Florence Carpentier (Bioger, SPE), Olivier Martin (BioSP,MIA) Partners : BioSP (MIA, Avignon), Bioger (Grignon), PSH (SPE, Avignon), UMR Agroécologie (Dijon), IGEPP (Rennes) MaIAGE Participants : Katarzyna Adamczyk - Team(s) : Dynenvie
FlavoPatho - ANR- Jeunes chercheurs, jeunes chercheuses Challenge and/or Axis : Défi : 5 - "Sécurité alimentaire et défi démographique" (2018-2022-2022) Title : Investigation of salmonid fish infection by Flavobacterium psychrophilum: from genes to the ecology of the disease. Coordinator : T. Rochat (INRA VIM) Partners : INRA VIM (Jouy-en-Josas)MaIAGE Participants : C. Guérin, P. Nicolas - - Team(s) : StatInfOmics
France Génomique - ANR- Investissement d'avenir (2013-2019) Title : France Génomique Coordinator : P. Le Ber Partners : La majorité des plateformes de séquençage et de bioinformatiques en France MaIAGE Participants : V. Loux, V. Martin, J.-F. Gibrat, S. Schbath, V. Martin - Team(s) : Migale
GFLS - IFB- (2016-2019) Title : Galaxy For Life Science Coordinator : O. Inizan (MaIAGE) Partners : URGI, CATI Bios4Biol, Cirad, IRD, GABI MaIAGE Participants : Olivier Inizan Valentin Marcon - Team(s) : Migale
GutMicrobiotaSpodo - INRAE Métaprogramme- MEM- (2017-2019) Title : Description of the Gut Microbiota of a Lepidoptera pest, Spodoptera exigua Coordinator : S. Gaudriault Partners : INRA DGIMI (team BIBINE), INRA DGIMI (team DIDI), INRA MICALIS (team GME), INRA MICALIS (team B2L/DivY), CNRS IRBI MaIAGE Participants : V. Loux, O. Rué - Team(s) : Migale
ICycle - ANR- ANR blanche- Challenge and/or Axis : Défi 7: Société de l'information et de la communication. Axe : Axe 2: Théorie du contrôle (2017-01/2020) Title : Interconnexion et contrôle de deux oscillateurs biologiques dans des cellules mammaliennes / Interconnection and feedback control of two cyclic modules in mammalian cells Coordinator : M. Chaves (Inria, Sophia-Antipolis) Partners : Inria (Sophia-Antipolis), IBV (Institut de Biologie de Valrose, Nice) MaIAGE Participants : L. Tournier, V. Fromion, A. Goelzer - Team(s) : BioSys
IRONMANOMICS - INRAE Métaprogramme- MEM- (2018-2020) Title : Exploring omics data for evaluating microbial interactions for iron Coordinator : MC Champomier-Verges (Micalis, Jouy) Partners : MICALIS, MGP, MaIAGE, UMRF (Aurillac), ETH Zurich MaIAGE Participants : S Labarthe, B Laroche, V Loux - Team(s) : Dynenvie / Migale
ITEMAIZE - Labex BASC (2016-2019) Title : Integrative Approaches to Investigate Maize Floral Transition Network and its Evolution Coordinator : C. DIllmann (INRA, GQE Le Moulon) Partners : INRA GQE Le Moulon, IJPB, LEGS MaIAGE Participants : E. Chaix, S. Huet, E. Kuhn (resp. MaIAGE), B. Laroche, C. Nédellec, O. David, S. Plancade, M.L. Taupin - Team(s) : Bibliome / Dynenvie
KINETICS - INRAE Métaprogramme- MEM- (2018-2020) Title : Network and modelling analyses to describe the dynamics of the Ixodes ricinus microbiome and its influence in pathogen dynamics Coordinator : T Pollet (INRA UMR BIPAR, Maisons Alfort) Partners : BIPAR (Maisons Alfort), EPIA (Theix), MIA Paris MaIAGE Participants : B Laroche, S Labarthe - Team(s) : Dynenvie
List_MAPS - H2020- ITN (10/2015-12/2019) Title : Training and research in Listeria monocytogenes Adaptation through Proteomic and Transcriptome deep Sequencing Analysis Coordinator : P. Piveteau (Univ. Bourgogne, Dijon) Partners : Univ. Bourgogne (Dijon), Univ. College Cork (Ireland), KOBENHAVNS Univ., NATIONAL UNIVERSITY OF IRELAND, Wageningen Univ (Netherland), SYDDANSK UNIV, ...MaIAGE Participants : P. Nicolas, V. Fromion, S. Schbath - Team(s) : BioSys / StatInfOmics
Meta PDO cheeses - France Génomique- (2017-2021) Title : Nature et rôle des moteurs biotiques dans la construction des communautés microbiennes des fromages traditionnels Coordinator : F. Irlinger (INRA, Grignon) ; C. Delbès (INRA, Aurillac) Partners : INRA GMPA, INRA URF, INRA MICALIS, Genoscope, RMT Fromages de Terroir, CNAOL , CNIEL MaIAGE Participants : A.-L. Abraham, V. Loux, M. Mariadassou, O. Rué - Team(s) : Migale / StatInfOmics
MetaSimFood - ANR- ANR Blanche Challenge and/or Axis : Axe 1.5 Alimentation et Systèmes Alimentaires (2020 - 2023) Title : Anticipating the impact of food societal transitions and climate change on the quality and diversity of vegetable fermented food through synthetic ecology approaches
Coordinator : S. Chaillou (Micalis, INRAE) Partners : Micalis (INRA Jouy-en-Josas), GMPA (INRA Versailles), Aérial (CRT, Illkirch), UR Oenologie (Univ. Bordeaux), UR SIG (MNHN), STLO (INRA Rennes)MaIAGE Participants : M. Mariadassou, V. Loux, O. Rué - Team(s) : Migale / StatInfOmics
MoMIR-PPC - H2020- EJP MedVet - (2018-2020) Title : Monitoring the gut microbiota and immune response to predict, prevent and control zoonoses in humans and livestock in order to minimize the use of antimicrobials Coordinator : P. Velge (ISP, Tours) Partners : 41 partenaires européens dont ISP (INRA Tours), ANSES MaIAGE Participants : C. Bidot, S. Labarthe, B. Laroche, E. Vergu - Team(s) : Dynenvie
OpenMinTeD - H2020- E-INFRA- (06/2015-05/2018) Title : Open Mining INfrastructure for TExt and Data Coordinator : Natalia Manola (ATHENA RESEARCH AND INNOVATION CENTER IN INFORMATION COMMUNICATION & KNOWLEDGE) Partners : ARC, UNIVERSITY OF MANCHESTER, UKP-TUDA, INRA, EMBL, Agro-Know I.K.E, LIBER, UNIVERSITEIT VAN AMSTERDAM, Open University, EPFL, CNIO, USFD, GESIS, GRNET, FrontiersMaIAGE Participants : C. Nédellec, R. Bossy, L. Deléger - Team(s) : Bibliome
PathoBactEvol - ANR (2013-2016) Title : Adaptation des bactéries pathogènes à des conditions particulières Coordinator : V. Sanchis (INRA - MICA)MaIAGE Participants : F. Rodolphe, P. Nicolas, M. Maridassou - Team(s) : StatInfOmics
PREDIGE - INRAE Métaprogramme- SELGEN (2018-2019) Title : Prédiction des Interactions Génotype x Environnement Coordinator : R. Rincent (INRA Génétique, Diversité et Ecophysiologie des Céréales, Clermont-Ferrand) Partners : INRA Génétique, Diversité et Ecophysiologie des Céréales, Clermont-Ferrand MaIAGE Participants : E. Kuhn, M. Delattre - Team(s) : Dynenvie
ProtéoCArdis - ANR- ANR blanche- Challenge and/or Axis : Vie Santé Bien-être (2015-2019) Title : FONCTIONALITES DU MICROBIOTE INTESTINAL ET MALADIE CARDIOMETABOLIQUE: APPROCHE PROTEOMIQUE Coordinator : C. Juste (INRA, Jouy-en-Josas), C. Carapito (CNRS, Strasbourg) Partners : MICALIS-PAPPSO (Jouy-en-Josas), LSBMO (Strasbourg), MetaGenoPolis-IBS (Jouy-en-Josas), ICAN (Paris), MaIAGE Participants : O. David, A.-L. Abraham, S. Plancade, S. Huet - Team(s) : Dynenvie / StatInfOmics
REDLOSSES - ANR- ANR blanche- Challenge and/or Axis : Sécurité alimentaire et défi démographique (2016-2020) Title : Réduction des pertes alimentaires par la prédiction des altérations microbiologiques Coordinator : Monique Zagorec (INRA-SECALIM) Partners : INRA-SECALIM, IFIP, INRA-MICALIS, Lubem, AERIAL, ITAVI, Cooperl Innovation, LDC, ULg-DDA MaIAGE Participants : V. Loux, O. Rué - Team(s) : Migale
REMOVE - INRAE- Département MICA- (2018-2020) Title : Improving the colonization REsistance of the gut MicrobiOta against Vancomycin-resistant Enterococci Coordinator : L Rigottier (Micalis, Jouy) Partners : MICALIS (Jouy); IBPC (Paris), IBMC (Strasbourg), CBM (Orléans).MaIAGE Participants : B Laroche, S Labarthe - Team(s) : Dynenvie
SANT'Innov - INRAE- PSDR GO- (11/2015-11/2019) Title : Innover dans les filières de produits animaux pour concilier écologisation et compétitivité : perspective santé animale Coordinator : F. Beaugrand (UMR BioEpAr, INRA-Oniris Nantes) Partners : INRA-Oniris UMR 1300 BioEpAR Nantes; 8 autres partenairesMaIAGE Participants : E. Vergu - Team(s) : Dynenvie
TANGO - CNIEL- (2018-2020) Title : Impact du procédé technologique sur l’expression des potentiels bactériens en fermentation laitière : exemple du fromage. Coordinator : H. Falentin (STLO, Rennes) Partners : STLO (Rennes)MaIAGE Participants : S. Labarthe, B. Laroche - Team(s) : Dynenvie