Contracts and completed projects


ABIM
- ANR- Jeunes chercheurs et jeunes chercheuses (2017-2021)
Title : Approximations and Behavior of stochastic Individual-based Models
Coordinator : V. Bansaye (CMAP, Ecole Polytechnique)
Partners : Ecole Polytechnique (CMAP, CPHT); Univ. Lille; IRMES
MaIAGE Participants : E. Vergu - Team(s) : Dynenvie

ACToP
- ANR- ANR blanche
Challenge and/or Axis : DEFI 1 – G ESTION SOBRE DES RESSOURCES ET ADAPTATION AU CHANGEMENT CLIMATIQUE Axe : Axe 1 : Comprendre et prévoir les évolutions de notre environnement
(2015-2019)
Title : Adaptation of a bacterial multispecies biofilm community to perturbations: a pluridisciplinary approach
Coordinator : Nelly Henry (Laboratoire Jean Perrin, CNRS UMR 8237)
Partners : Laboratoire Jean Perrin (CNRS UMR 8237), Institut MICALIS (INRA UMR1319)
MaIAGE Participants : P. Nicolas, C. Guérin, P. Hoscheit, C. Larédo, G. André-Leroux, H. Chiapello, V. Fromion, A. Goelzer - Team(s) : StatInfOmics

AMAIZING
- ANR- Investissement d'avenir - Initiatives d'Excellence "Biotechnologies et Bioressources" (2011-2019)
Title : Développer de nouvelles variétés de maïs pour une agriculture durable: une approche intégrée de la génomique à la sélection
Coordinator : A. Charcosset (INRA, Le Moulon)
Partners : UMR GV du Moulon, LEPSE Montpellier, UMR MIA Paris, ...
MaIAGE Participants : H. Monod, E. Kuhn - Team(s) : Dynenvie

API-SMAL
- Labex- BASC- (2017-2020)
Title : Agroecology and policy instruments for sustainable multifunctional agricultural landscapes
Coordinator : V.Martinet (INRA, Economie Publique)MaIAGE Participants : S.Labarthe, K.Admaczyk, H. Monod - Team(s) : Dynenvie

Articulate
- France-Berkeley Fund- (2019-2020)
Title : Experimental and mathematical models articulation: a bifocal lens to study the ecology of the colonic microbiota
Coordinator : A.Bäumler (UC Davis) and S.Labarthe (MaIAGE)
Partners : UC Davis (Davis, USA)
MaIAGE Participants : B.Laroche, L.Darrigade, S. Labarthe - Team(s) : Dynenvie

BioBrickEvolver
- ANR- AAPG2018 - PRC
Challenge and/or Axis : Vie, Santé et Bien-être / CES - Bioéconomie : technologies (chimie, biotechnologie, procédés) spécifiques et approches système
(01/2019-12/2022)
Title : Développement d'un système pour la production de biobriques par évolution dirigée dans la bactérie Bacillus subtilis.
Coordinator : P. Nicolas (INRA, MaIAGE)
Partners : INRA MaIAGE, CNRS I2BC (Equipe P. Tavares), INRA MICALIS (Equipe M. Jules), CEA Cadarache (Eq. C. Berthomieu), TWB (O. Galy)))
MaIAGE Participants : P. Nicolas, C. Guérin, P. Hoscheit, C. Larédo, G. André-Leroux, H. Chiapello, V. Fromion, A. Goelzer - Team(s) : BioSys / Dynenvie / StatInfOmics

Cecotype
- INRAE MĂ©taprogramme- GISA- (2018-2019)
Title : Intensive genomic and phenotypic characterization of Enterococcus cecorum isolates
Coordinator : P. Serror (INRA, Micalis)
Partners : INRA Micalis, INRA ISP, INRA URA
MaIAGE Participants : V. Loux, A.-L. Abraham - Team(s) : Migale / StatInfOmics

CoNoCo
- ANR- ANR blanche
Challenge and/or Axis : Vie, Santé et Bien-étre Axe : CES – Génétique, génomique, ARN
(2019-2023)
Title : Controlling non-coding pervasive transcription to ensure fine-tuning of gene expression in Bacillus subtilis and Staphylococcus aureus.
Coordinator : E. Bidnenko (INRA Micalis)
Partners : Micalis (Jouy); IBPC (Paris), IBMC (Strasbourg), CBM (Orléans).
MaIAGE Participants : C. Guérin, P. Nicolas - Team(s) : StatInfOmics

COSAC
- ANR- productions durables (2014-2019)
Title : Évaluation et Conception de Stratégies durables de gestion des Adventices dans un contexte de Changement
Coordinator : Nathalie Colbach (INRA / EA - Dijon)
Partners : INRA 1347 Agroécologie (Dijon), INRA 1240 ECO-INNOV (Versailles), INRA 1132 LAE (Colmar), INRA 1115 PSH (Avignon), ACTA, ARVALIS, CETIOM, INVIVO AGROSOLUTIONS,
MaIAGE Participants : JP Gauchi - Team(s) : Dynenvie

D2KAB
- ANR- ANR blanche-
Challenge and/or Axis : DĂ©fi : B.7 Axe : axe 4
(06/2019-05/2023)
Title : Data to Knowledge in Agriculture and Biodiversity
Coordinator : C. Jonquet (LIRMM, Montpellier)
Partners : UM-LIRMM, CNRS-I3S, INRA-DIST, INRA-URGI, INRA-IATE, INRA-URFM ,IRSTEA-TSCF, CNRS-CEFE, ACTA, STANFORD-BMIR
MaIAGE Participants : R. Bossy, C. Nédellec, L. Deléger - Team(s) : Bibliome

Dallish
- ANR- ANR blanche-
Challenge and/or Axis : éfi : Société de l'information et de la communication Axe : Données, Connaissances , Données massives
(2016-2019)
Title : Data Assimilation and Lattice Light Sheet Imaging for endocytosis/exocytosis pathway modeling in the whole cell
Coordinator : C. Kervrann (INRIA Rennes)
Partners : INRIA-SERPICO, Institut Curie
MaIAGE Participants : A. Trubuil, S. Laparthe, B. Laroche - Team(s) : BioSys / Dynenvie

Domestichick
- ANR- ANR blanche (2013-2016)
Title : Génétique des populations de poules sauvages et domestiques.
Coordinator : M. Tixier-Boichard (GA)MaIAGE Participants : F. Rodolphe, M. Mariadassou - Team(s) : StatInfOmics

ECONET
- ANR- ANR blanche
Challenge and/or Axis : Sober management of resources and adaptation to climatic changes: towards an under- standing of global changes Axe : Fundamental knowledge on natural environments and biodiversity
(2018-2022)
Title : Advanced statistical modelling of ecological networks
Coordinator : C. Matias (CNRS - UPMC, LPSM)
Partners : LPSM (UPMC), MIA-Paris (INRA), LBBE (Univ. Lyon), ISEM (Univ. Montpellier), IEES (MNHN), EEP (Univ. Lille)
MaIAGE Participants : M. Mariadassou - Team(s) : StatInfOmics

ESPACE
- INRAE MĂ©taprogramme- SMaCH- (2018-2022)
Title : Estimer les effets des variables paysagères sur les bioagresseurs et auxiliaires des cultures
Coordinator : Florence Carpentier (Bioger, SPE), Olivier Martin (BioSP,MIA)
Partners : BioSP (MIA, Avignon), Bioger (Grignon), PSH (SPE, Avignon), UMR Agroécologie (Dijon), IGEPP (Rennes)
MaIAGE Participants : Katarzyna Adamczyk - Team(s) : Dynenvie

FlavoPatho
- ANR- Jeunes chercheurs, jeunes chercheuses
Challenge and/or Axis : Défi : 5 - "Sécurité alimentaire et défi démographique"
(2018-2022-2022)
Title : Investigation of salmonid fish infection by Flavobacterium psychrophilum: from genes to the ecology of the disease.
Coordinator : T. Rochat (INRA VIM)
Partners : INRA VIM (Jouy-en-Josas)
MaIAGE Participants : C. Guérin, P. Nicolas - - Team(s) : StatInfOmics

France GĂ©nomique
- ANR- Investissement d'avenir (2013-2019)
Title : France GĂ©nomique
Coordinator : P. Le Ber
Partners : La majorité des plateformes de séquençage et de bioinformatiques en France
MaIAGE Participants : V. Loux, V. Martin, J.-F. Gibrat, S. Schbath, V. Martin - Team(s) : Migale

GFLS
- IFB- (2016-2019)
Title : Galaxy For Life Science
Coordinator : O. Inizan (MaIAGE)
Partners : URGI, CATI Bios4Biol, Cirad, IRD, GABI
MaIAGE Participants : Olivier Inizan Valentin Marcon - Team(s) : Migale

GutMicrobiotaSpodo
- INRAE MĂ©taprogramme- MEM- (2017-2019)
Title : Description of the Gut Microbiota of a Lepidoptera pest, Spodoptera exigua
Coordinator : S. Gaudriault
Partners : INRA DGIMI (team BIBINE), INRA DGIMI (team DIDI), INRA MICALIS (team GME), INRA MICALIS (team B2L/DivY), CNRS IRBI
MaIAGE Participants : V. Loux, O. Rué - Team(s) : Migale

ICycle
- ANR- ANR blanche-
Challenge and/or Axis : Défi 7: Société de l'information et de la communication. Axe : Axe 2: Théorie du contrôle
(2017-01/2020)
Title : Interconnexion et contrĂ´le de deux oscillateurs biologiques dans des cellules mammaliennes / Interconnection and feedback control of two cyclic modules in mammalian cells
Coordinator : M. Chaves (Inria, Sophia-Antipolis)
Partners : Inria (Sophia-Antipolis), IBV (Institut de Biologie de Valrose, Nice)
MaIAGE Participants : L. Tournier, V. Fromion, A. Goelzer - Team(s) : BioSys

IRONMANOMICS
- INRAE MĂ©taprogramme- MEM- (2018-2020)
Title : Exploring omics data for evaluating microbial interactions for iron
Coordinator : MC Champomier-Verges (Micalis, Jouy)
Partners : MICALIS, MGP, MaIAGE, UMRF (Aurillac), ETH Zurich
MaIAGE Participants : S Labarthe, B Laroche, V Loux - Team(s) : Dynenvie / Migale

ITEMAIZE
- Labex BASC (2016-2019)
Title : Integrative Approaches to Investigate Maize Floral Transition Network and its Evolution
Coordinator : C. DIllmann (INRA, GQE Le Moulon)
Partners : INRA GQE Le Moulon, IJPB, LEGS
MaIAGE Participants : E. Chaix, S. Huet, E. Kuhn (resp. MaIAGE), B. Laroche, C. NĂ©dellec, O. David, S. Plancade, M.L. Taupin - Team(s) : Bibliome / Dynenvie

KINETICS
- INRAE MĂ©taprogramme- MEM- (2018-2020)
Title : Network and modelling analyses to describe the dynamics of the Ixodes ricinus microbiome and its influence in pathogen dynamics
Coordinator : T Pollet (INRA UMR BIPAR, Maisons Alfort)
Partners : BIPAR (Maisons Alfort), EPIA (Theix), MIA Paris
MaIAGE Participants : B Laroche, S Labarthe - Team(s) : Dynenvie

List_MAPS
- H2020- ITN (10/2015-12/2019)
Title : Training and research in Listeria monocytogenes Adaptation through Proteomic and Transcriptome deep Sequencing Analysis
Coordinator : P. Piveteau (Univ. Bourgogne, Dijon)
Partners : Univ. Bourgogne (Dijon), Univ. College Cork (Ireland), KOBENHAVNS Univ., NATIONAL UNIVERSITY OF IRELAND, Wageningen Univ (Netherland), SYDDANSK UNIV, ...
MaIAGE Participants : P. Nicolas, V. Fromion, S. Schbath - Team(s) : BioSys / StatInfOmics

Meta PDO cheeses
- France GĂ©nomique- (2017-2021)
Title : Nature et rôle des moteurs biotiques dans la construction des communautés microbiennes des fromages traditionnels
Coordinator : F. Irlinger (INRA, Grignon) ; C. Delbès (INRA, Aurillac)
Partners : INRA GMPA, INRA URF, INRA MICALIS, Genoscope, RMT Fromages de Terroir, CNAOL , CNIEL
MaIAGE Participants : A.-L. Abraham, V. Loux, M. Mariadassou, O. Rué - Team(s) : Migale / StatInfOmics

MetaSimFood
- ANR- ANR Blanche
Challenge and/or Axis : Axe 1.5 Alimentation et Systèmes Alimentaires
(2020 - 2023)
Title : Anticipating the impact of food societal transitions and climate change on the quality and diversity of vegetable fermented food through synthetic ecology approaches

Coordinator : S. Chaillou (Micalis, INRAE)
Partners : Micalis (INRA Jouy-en-Josas), GMPA (INRA Versailles), AĂ©rial (CRT, Illkirch), UR Oenologie (Univ. Bordeaux), UR SIG (MNHN), STLO (INRA Rennes)
MaIAGE Participants : M. Mariadassou, V. Loux, O. Rué - Team(s) : Migale / StatInfOmics

Mfd Profiling
- TWB 2019- (2019-2021)
Title : Mfd profiling
Coordinator : Gwenaëlle andré-Leroux (INRA, MaIAGE) et Nalini Rama Rao (INRA, Micalis)
Partners : Micalis
MaIAGE Participants : Gwenaëlle andré-Leroux - Team(s) : StatInfOmics

MoMIR-PPC
- H2020- EJP MedVet - (2018-2020)
Title : Monitoring the gut microbiota and immune response to predict, prevent and control zoonoses in humans and livestock in order to minimize the use of antimicrobials
Coordinator : P. Velge (ISP, Tours)
Partners : 41 partenaires européens dont ISP (INRA Tours), ANSES
MaIAGE Participants : C. Bidot, S. Labarthe, B. Laroche, E. Vergu - Team(s) : Dynenvie

OpenMinTeD
- H2020- E-INFRA- (06/2015-05/2018)
Title : Open Mining INfrastructure for TExt and Data
Coordinator : Natalia Manola (ATHENA RESEARCH AND INNOVATION CENTER IN INFORMATION COMMUNICATION & KNOWLEDGE)
Partners : ARC, UNIVERSITY OF MANCHESTER, UKP-TUDA, INRA, EMBL, Agro-Know I.K.E, LIBER, UNIVERSITEIT VAN AMSTERDAM, Open University, EPFL, CNIO, USFD, GESIS, GRNET, Frontiers
MaIAGE Participants : C. Nédellec, R. Bossy, L. Deléger - Team(s) : Bibliome

PathoBactEvol
- ANR (2013-2016)
Title : Adaptation des bactéries pathogènes à des conditions particulières
Coordinator : V. Sanchis (INRA - MICA)MaIAGE Participants : F. Rodolphe, P. Nicolas, M. Maridassou - Team(s) : StatInfOmics

PREDIGE
- INRAE MĂ©taprogramme- SELGEN (2018-2019)
Title : Prédiction des Interactions Génotype x Environnement
Coordinator : R. Rincent (INRA Génétique, Diversité et Ecophysiologie des Céréales, Clermont-Ferrand)
Partners : INRA Génétique, Diversité et Ecophysiologie des Céréales, Clermont-Ferrand
MaIAGE Participants : E. Kuhn, M. Delattre - Team(s) : Dynenvie

ProtéoCArdis
- ANR- ANR blanche-
Challenge and/or Axis : Vie Santé Bien-être
(2015-2019)
Title : FONCTIONALITES DU MICROBIOTE INTESTINAL ET MALADIE CARDIOMETABOLIQUE: APPROCHE PROTEOMIQUE
Coordinator : C. Juste (INRA, Jouy-en-Josas), C. Carapito (CNRS, Strasbourg)
Partners : MICALIS-PAPPSO (Jouy-en-Josas), LSBMO (Strasbourg), MetaGenoPolis-IBS (Jouy-en-Josas), ICAN (Paris),
MaIAGE Participants : O. David, A.-L. Abraham, S. Plancade, S. Huet - Team(s) : Dynenvie / StatInfOmics

REDLOSSES
- ANR- ANR blanche-
Challenge and/or Axis : Sécurité alimentaire et défi démographique
(2016-2020)
Title : Réduction des pertes alimentaires par la prédiction des altérations microbiologiques
Coordinator : Monique Zagorec (INRA-SECALIM)
Partners : INRA-SECALIM, IFIP, INRA-MICALIS, Lubem, AERIAL, ITAVI, Cooperl Innovation, LDC, ULg-DDA
MaIAGE Participants : V. Loux, O. Rué - Team(s) : Migale

REMOVE
- INRAE- DĂ©partement MICA- (2018-2020)
Title : Improving the colonization REsistance of the gut MicrobiOta against Vancomycin-resistant Enterococci
Coordinator : L Rigottier (Micalis, Jouy)
Partners : MICALIS (Jouy); IBPC (Paris), IBMC (Strasbourg), CBM (Orléans).
MaIAGE Participants : B Laroche, S Labarthe - Team(s) : Dynenvie

SANT'Innov
- INRAE- PSDR GO- (11/2015-11/2019)
Title : Innover dans les filières de produits animaux pour concilier écologisation et compétitivité : perspective santé animale
Coordinator : F. Beaugrand (UMR BioEpAr, INRA-Oniris Nantes)
Partners : INRA-Oniris UMR 1300 BioEpAR Nantes; 8 autres partenaires
MaIAGE Participants : E. Vergu - Team(s) : Dynenvie

TANGO
- CNIEL- (2018-2020)
Title : Impact du procédé technologique sur l’expression des potentiels bactériens en fermentation laitière : exemple du fromage.
Coordinator : H. Falentin (STLO, Rennes)
Partners : STLO (Rennes)
MaIAGE Participants : S. Labarthe, B. Laroche - Team(s) : Dynenvie