CRISCUOLO Alexis

Type
Title
Evolution clonale et recombinaison homologue chez Propionibacterium freudenreichii
Start date
End date
Supervisor(s)
Mahendra Mariadassou , Valentin Loux , Pierre Nicolas
Team(s)
Contract
SURFING
Description/résumé

Propionibacterium freudenreichii est une espĂšce bactĂ©rienne souvent utilisĂ©e pour la fermentation des produits laitiers. Dans le cadre du projet ANR SURFING, plusieurs gĂ©nomes de ces bactĂ©ries ont Ă©tĂ© sĂ©quencĂ©s, assemblĂ©s, alignĂ©s et annotĂ©s. Une analyse plus fine de ces sĂ©quences Ă©tant nĂ©cessaire pour mieux comprendre les Ă©vĂ©nements Ă©volutifs qui ont façonnĂ© la diversitĂ© de cette espĂšce d'intĂ©rĂȘt agronomique, une Ă©tape indispensable passe par l'infĂ©rence d'un arbre phylogĂ©nĂ©tique robuste modĂ©lisant l'histoire Ă©volutive clonale de ces souches hautement recombinantes. BasĂ© sur le dĂ©veloppement de nouvelles mĂ©thodes d'infĂ©rence phylogĂ©nomique, cet arbre clonal servira de support pour caractĂ©riser les mĂ©canismes Ă©volutifs (recombinaison homologue, sĂ©lection positive, transferts ou pertes de gĂšnes) ayant conduits Ă  la diversitĂ© des souches actuelles de P. freudenreichii.