JUNKER Romane

Title
DiversitƩ gƩnomique et fonctionnelle des communautƩs bactƩriennes associƩes aux produits vƩgƩtaux fermentƩs : une approche interdisciplinaire incluant mƩtagƩnomique et bioinformatique dans un contexte de recherche-action participative
Start date
End date
Supervisor(s)
HĆ©lĆØne Chiapello, StĆ©phane Chaillou, Michel-Yves Mistou, Florence Valence-Bertel
Team(s)
Description/rƩsumƩ

Le projet de theĢ€se proposeĢ sā€™inscrit dans une deĢmarche interdisciplinaire et un contexte de sciences ouvertes et participatives. Il vise aĢ€ concevoir et mettre en œuvre des approches bioinformatiques et numeĢriques innovantes pour analyser, comparer, interpreĢter et diffuser des jeux de donneĢes de donneĢes (meta)geĢnomiques dā€™eĢcosysteĢ€mes alimentaires fermentaires. La theĢ€se sā€™appuiera pour ce travail sur les donneĢes du projet de science participative FLEGME (2019-2022) qui a pour objectif (i) dā€™eĢvaluer la diversiteĢ des eĢcosysteĢ€mes microbiens associeĢs aux leĢgumes fermenteĢs fournis par des citoyens- fermenteurs et (ii) de documenter lā€™impact des pratiques de transformation sur la composition de lā€™eĢcosysteĢ€me fermentaire aĢ€ partir dā€™eĢchantillons produits par des petitesĀ entreprises speĢcialiseĢes. Une premieĢ€re partie de la theĢ€se consistera aĢ€ travailler sur la conception dā€™un workflow bioinformatique ouvert et reproductible permettant de deĢcrire, comparer et repreĢsenter la diversiteĢ des espeĢ€ces et souches microbiennes preĢsentes dans les eĢchantillons de microbiotes dā€™aliments fermenteĢs du projet Flegme en utilisant des modes de repreĢsentations adapteĢs aĢ€ diffeĢrents publics cibles (scientifiques, citoyens, professionnels du secteur). Une deuxieĢ€me partie de la theĢ€se ciblera la constitution de jeux de donneĢes geĢnomiques de reĢfeĢrence sur des espeĢ€ces cleĢ de la fermentation veĢgeĢtale aĢ€ partir de donneĢes publiques ou produites dans le cadre de la theĢ€se. Ce travail, qui sā€™inscrit dans une deĢmarche dā€™ouverture des donneĢes de la recherche, s'accompagnera dā€™une reĢflexion sur la publication des meĢtadonneĢes associeĢes aĢ€ ces jeux de donneĢes. La troisieĢ€me partie de la theĢ€se sā€™appuiera sur les jeux de donneĢes construits preĢceĢdemment pour caracteĢriser le potentiel meĢtabolique des microbiotes associeĢs aĢ€ des fermentations alimentaires en reliant les informations phylogeĢneĢtiques, les donneĢes geĢnomiques et les analyses de meĢtabolites produites sur les eĢchantillons du projet Flegme. Enfin, la dernieĢ€re partie de la theĢ€se sera consacreĢe aĢ€ la mise en place dā€™une deĢmarche geĢneĢrique pour travailler avec un public non speĢcialiste sur les modaliteĢs de diffusion des reĢsultats des analyses de diversiteĢ microbienne et du potentiel meĢtabolique associeĢ obtenus dans le projet FLEGME, dans une deĢmarche de meĢdiation des sciences et un contexte de sciences participatives.

Ecole doctorale (pour les thĆØses)
SDSV
Directeur.trice (pour les thĆØses)
HĆ©lĆØne Chiapello, StĆ©phane Chaillou
AnnĆ©e de soutenance (pour les thĆØses ou les stages)
2024
Ecole/universitĆ© (pour les thĆØses et les stages)
ENS UniversitƩ Paris Saclay