Former post-doctoral fellows

 


HODARA Pierre
: from to
Analyse du trafic intra-cellulaire d'endocytose à partir d'observations en microscopie LLSM

Supervisor(s) : Béatrice Laroche (MaIAGE), Alain Trubuil (MaIAGE)

Contract : ANR Dallish
- Team(s) : BioSys

DAHMANE Narimane
: from to
Analyse méta-transcriptomique d'un biofilm modèle

Supervisor(s) : Pierre Nicolas (MaIAGE, INRA), Stéphane Aymerich (MICALIS,INRA)

Contract : ANR ACToP (coord. Nelly Henry, UPMC)
- Team(s) : StatInfOmics

COLUZZI Charles
: from to
Conception et mise en œuvre de stratégies bioinformatiques pour l’analyse du contenu de génomes de salmonelles

Supervisor(s) : Hélène Chiapello

Contract : Projet Européen SalHostTrop
- Team(s) : StatInfOmics

BA Mouhamadou
: from to
Text-mining infrastructure

Supervisor(s) : Robert Bossy (MaIAGE, Inra),Claire Nédellec (MaIAGE, Inra)

Contract : OpenMinTeD
- Team(s) : Bibliome
Description :

Contribution to the specification and development of the OpenMinTeD text-mining infrastructure starting from Alvis Suite principles (mainly WP5 and WP9)


SALVI Michele
: from to
Dynamiques de populations et épidémies sur grands graphes aléatoires

Supervisor(s) : Elisabeta Vergu (MaIAGE, INRA), Vincent Bansaye (CMAP à l'Ecole Polytechnique)

Contract : Cadence
- Team(s) : Dynenvie

DESLANDES François
: from to
CJS-Post-Doc au sein de l'Unité Génial puis de 6 mois à la KU de Leuven en Belgique (Modélisation multi-échelle d'une suspension d'amidon dans une échangeur de chaleur)

Supervisor(s) : A. Trubuil et B. Laroche
- Team(s) : Dynenvie

CHAIX Estelle
: from to
OpenMinTeD Text-mining Use Cases on Plant Biology and Microbial Biodiversity

Supervisor(s) : Claire Nédellec (MaIAGE, INRA)

Contract : OpenMinTeD
- Team(s) : Bibliome
Description :

Contribution to the requirement analysis, specification and development of the use cases Agriculture and Biodiversity scenario of the Text-Mining infrastructure OpenMinTeD H2020 project (WP4 and WP9 mainly).


RABIET Victor
: from to
Méthodes statistiques pour la prédiction de variables à partir d'un modèle dynamique. Application à la prédiction d'interaction génotype-environnement à partir de données de phénotypage et d'un modèle écophysiologique de la plante.

Supervisor(s) : Kuhn Estelle (MaIAGE), Monod Hervé (MaIAGE)

Contract : Projet AMAIZING
- Team(s) : Dynenvie

KARMAKAR Saurav
: from to
Text-mining infrastructure

Supervisor(s) : Robert Bossy (MaIAGE, Inra),Claire Nédellec (MaIAGE, Inra)

Contract : OpenMinTeD
- Team(s) : Bibliome
Description :

Contribution to the development of the OpenMinTeD European text-mining infrastructure and Alvis Suite deployment.


FISCHER Stephan
: from to
Développement d’un modèle systémique multi-échelle de la plante

Supervisor(s) : Anne Goelzer, Vincent Fromion (MaIAGE)

Contract : IMSV
- Team(s) : BioSys

HENRY Vincent
: from to
Développement d’une ontologie associée à la représentation systémique des cellules eucaryotes

Supervisor(s) : Anne Goelzer, Vincent Fromion (MaIAGE)

Contract : IMSV
- Team(s) : BioSys

BEAUNEE Gaël
: from to
Modélisation multi-échelle, de l'intra-hôte animal à la métapopulation, des mécanismes de propagation d'agents pathogènes pour évaluer des stratégies de maîtrise.

Supervisor(s) : E. Vergu (MaIAGE, INRA Jouy en Josas)

Contract : Mihmes
- Team(s) : Dynenvie

BENSADOUN Arnaud
: from to
Analyse de sensibilité et métamodélisation d'un modèle mécaniste complexe décrivant les effets des systèmes de culture sur la dynamique de la flore adventice.

Supervisor(s) : Jean-Pierre Gauchi (MaIAGE, INRA Jouy en Josas)
- Team(s) : Dynenvie
Description :

Ce travail sera centré sur le modèle FLORSYS de dynamique pluri-annuelle de la flore adventice, qui a pour objectif d'aider au développement de nouvelles stratégies de gestion des adventices. D'un point de vue méthodologique, il nécessitera de mettre en place des méthodes nouvelles pour le traitement d'entrées dépendantes.
Cette première phase de post-doc sera suivi par un séjour de longue durée (1 an) au James Hutton Institute (Dundee, Ecosse), et se terminera par un retour au sein de l'Unité MaIAGE.
Plus d'infos sur:  http://genome.jouy.inra.fr/~abensadoun/


LEGER Jean-Benoist
: from to
Méthodes Statitstiques pour la prédiction de variables à partir dun modèle dynamique

Supervisor(s) : Hervé Monod (MaIAGE, INRA Jouy en Josas), Estelle Kuhn (MaIAGE, INRA Jouy en Josas)

Contract : Projet Amaizing
- Team(s) : Dynenvie
Description :

Développer de nouvelles variétés de maïs pour une agriculture durable : une approche intégrée de la génomique à la sélection.


SUEZ Marie
: from to
Domestication du poulet (projet Domestichik)

Supervisor(s) : Mahendra Mariadassou (MaIAGE, INRA Jouy en Josas), Pierre Laurent (MaIAGE, INRA Jouy en Josas)
- Team(s) : StatInfOmics

ARCA Mariangela
: from to
De la génomique du genre Gallus à l'histoire de la domestication du poulet

Supervisor(s) : M. Mariadassou
- Team(s) : StatInfOmics
Description :

Le projet domestichick a pour ambition d'étudier l'histoire évolutive du genre Gallus et plus particulièrement les mécanismes à l'oeuvre lors de la domestication de Gallus gallus (poule domestique) par des approches de reséquençages. Dans ce cadre le travail du post-doc consiste à faire de la bioanalyse de données de séquençage pour étudier la structure des populations de poules et détecter des introgressions de matériel génétique issu de poules sauvages dans le génome de la poule domestique, à l'exemple du gène de peau jaune.


CHAIX Estelle
: from to
Annotation manuelle d'un corpus pour l'entrainement de méthodes informatiques d'extraction d'information

Supervisor(s) : Claire Nédellec

Contract : Lidex CDS - Center for Data Science, Paris-Saclay
- Team(s) : Bibliome
Description :

Annotation de régulations génétiques chez l'arabette :
Le projet vise à organiser une des tâches d’extraction d’information (EI) de la prochaine édition de la Shared Task” de BioNLP en 2015 sur le thème “Gene Regulation Network in Arabidopsis thaliana”. Il mobilise trois laboratoires de l’IDEX : MIG (INRA) et le LIMSI (CNRS) du CDS, et l’IJPB (INRA) du Labex SPS (Saclay Plant Data Science) et de l’IMSV.

 


FERRER SAVALL Jordi
: from to
Modélisation de la propagation de salmonelles en filière porcine

Supervisor(s) : Caroline BIDOT, Catherine BELLOC (UMR1300 BioEpAR, Oniris & INRA, Nantes), Suzanne TOUZEAU (UMR1355 ISA, INRA & BIOCORE, Inria, Sophia Antipolis)

Contract : Mihmes
- Team(s) : Dynenvie
Description :

Le projet MIHMES vise à produire des connaissances et des méthodes pour la gestion des maladies animales infectieuses endémiques et des risques en santé publique vétérinaire. Dans ce cadre, ce travail post-doctoral s'intéresse à la modélisation de la propagation de salmonelles en filière porcine (de l'élevage à l'abattoir). Ses objectifs sont les suivants :
   - représenter la contamination des carcasses en sortie d'abattoir en fonction des sorties d'élevage;
   - représenter les mesures de contrôles de l'élevage à l'abattoir permettant de réduire la contamination des carcasses;
   - réaliser une analyse coûts-bénéfices de ces mesures de contrôles.

 


DERGAOUI Hilel
: from to
Simulation numérique et expérimentation virtuelle pour des modèles d'épidémiologie végétale sur paysages spatialement explicites

Supervisor(s) : Hervé Monod, Christian Lannou (BIOGER, INRA, Versailles-Grignon)

Contract : GESTER
- Team(s) : Dynenvie

LI Yingbo
: from to
Analyses d'images

Supervisor(s) : Alain TRUBUIL (Unité MIA, INRA, Jouy-en-Josas)
- Team(s) : BioSys

CRISCUOLO Alexis
: from to
Evolution clonale et recombinaison homologue chez Propionibacterium freudenreichii

Supervisor(s) : Mahendra Mariadassou , Valentin Loux , Pierre Nicolas

Contract : SURFING
- Team(s) : StatInfOmics
Description :

Propionibacterium freudenreichii est une espèce bactérienne souvent utilisée pour la fermentation des produits laitiers. Dans le cadre du projet ANR SURFING, plusieurs génomes de ces bactéries ont été séquencés, assemblés, alignés et annotés. Une analyse plus fine de ces séquences étant nécessaire pour mieux comprendre les événements évolutifs qui ont façonné la diversité de cette espèce d'intérêt agronomique, une étape indispensable passe par l'inférence d'un arbre phylogénétique robuste modélisant l'histoire évolutive clonale de ces souches hautement recombinantes. Basé sur le développement de nouvelles méthodes d'inférence phylogénomique, cet arbre clonal servira de support pour caractériser les mécanismes évolutifs (recombinaison homologue, sélection positive, transferts ou pertes de gènes) ayant conduits à la diversité des souches actuelles de P. freudenreichii.