Depuis la publication en 2007 du premier génome de la bactérie pathogène des poissons Flavobacterium psychrophilum, les collaborations entre l’unité VIM (équipe Infection et Immunité des Poissons) et l’unité MaIAGE (équipe Statistique et Bionformatique des données Omiques) ont permis de caractériser et comprendre la diversité génétique de cet important agent pathogène des salmonidés. A travers de nombreuses collaborations internationales (Japon, Chili, Suisse, Scandinavie, États-Unis), nous avons ainsi documenté dans des publications s’échelonnant sur une dizaine d’années la structure de population de cet agent pathogène vis-à-vis des espèces de poisson hôte et mis en évidence le rôle des échanges intercontinentaux dans sa propagation. Ce travail s’est conclu en 2018 par la publication d’une étude de génomes complets s’appuyant sur un modèle de chaîne de Markov cachée qui nous renseigne sur le rôle prépondérant des recombinaisons dans l’évolution de cette bactérie et identifie l’origine géographique et temporelle de la lignée la plus problématique vis-à-vis des piscicultures des truites arc-en-ciel (principal poisson d’élevage en France).
Pierre Nicolas, MaIAGE UR1404, Centre Inra Ile-de-France Jouy-en-Josas
Contenu de la base de données MLST pour Flavobacterium psychrophilum (1097 isolats, 194 ST). On représente ici les relations entre les génotypes (Sequence Type, ST) telles que résumées dans un arbre de single-linkage clustering en utilisant comme distance entre paires de ST le nombre d'allèles qui les distinguent. La taille du cercle associé à chaque ST est proportionelle au nombre d'isolats et le découpage de ce cercle en cadrants reflète leurs provenances géographiques (ici les grandes régions du monde représentées dans l'échantillonnage). On indique aussi, à côté de chaque ST, le poisson hôte majoritaire et la fraction des isolats provenant de ce poisson (entre parenthèses). Les ST inclus dans notre analyse de génomes complets (Duchaud et al., 2018) sont écrits en gras suivi d'une astérisque. Lorsque plusieurs génomes sont inclus dans l'étude, leur nombre est indiqué entre crochets. Extraction des génotypes et des origines des souches réalisée depuis https://pubmlst.org/fpsychrophilum/ en mars 2018. Cette figure n’est pas soumise à copyright.